Принцессе легче было найти общий язык со свёкром. Альфонсо I удалось получить от императора инвеституру (право владения) на герцогство Феррарское. Он узнал об этом 3 мая 1531 года. В тот момент герцог стоял у заброшенной церкви Святого Варнавы, которая ранее была отдана его отцом, Эрколе I, братству Святого Франциска Паолийского. С искренней благодарностью Альфонсо приказал восстановить церковь вместе с монастырём Санта Кроче, к которому присоединил богатый земельный надел и передал всё это вышеупомянутому ордену.
Когда свёкор лично сообщил Рене об указе императора, она разделила его радость и немедленно подарила братству Святого Франциска Паолийского пояс их прославленного основателя, реликвию, которую она, несомненно, унаследовала от своей матери и привезла с собой. Франциск из Паолы был духовным советником королевы Анны Бретонской, которая основала для него монастырь в Лионе, уступила ему свой собственный особняк близ Шайо, а затем построила дом для монахов его ордена недалеко от Парижа.
16 ноября 1531 года Рене родила своего первого ребёнка, но, хотя это была дочь, старый герцог счёл это благоприятным знаком. Альфонсо I попросил папу Климента VII стать крёстным отцом новорожденной принцессы. Святой отец выбрал в качестве своего доверенного лица кардинала Ипполито де Медичи, который, со своей стороны, также выбрал заместителя в лице Франческо Гвиччардини, историка и губернатора Болоньи в то время. Священный обряд был совершён в Ферраре с большой пышностью и младенцу дали имя Анна в память о её бабушке по материнской линии.
Однако после рождения дочери раздоры между Рене и её мужем усилились. Объектом нападок Эрколе стала дама де Субиз, которую принцесса назначила гувернанткой своей дочери. Пожилая женщина могла бы попытаться примирить свою упрямую воспитанницу с её мужем. Но Мишель поступила с точностью до наоборот: часто проявляла недружелюбие по отношению к Эрколе и критиковала его поведение. Он возненавидел Мишель и любой ценой хотел вернуть её в Париж. При обычных обстоятельствах это было бы простым делом, тем не менее, положение дамы де Субиз, которую французский гуманист Гийом Бюде называл «мудрой женщиной с влиятельными связями», было не таким однозначным. Власти Феррары считали, что она действовала как секретный агент Франциска I, поэтому не могли позволить себе оскорбить Францию. Кроме того, Мишель привезла с собой детей: Анну, Рене и Жана V де Партене (младшая, Шарлотта, осталась во Франции), разделявших реформаторские взгляды своей матери. В довершении всего, она внушила те же симпатии своей воспитаннице, для которой переводила псалмы с латыни, и вскоре после своего прибытия в Феррару принцесса была окружена большим количеством людей, исповедующих новую религию. Правда, склонность Рене к Реформации в этот период не приносила ей со стороны Церкви никаких неприятностей, пока не было никаких оснований считать её «убеждённой еретичкой». Тем не менее, семя в её сердце уже было посеяно Маргаритой Валуа и её друзьями-реформаторами.
Постепенно Рене завоевала уважение жителей Феррары своей целомудренностью, добротой и щедростью. А отсутствие красоты компенсировалось её образованностью, хотя литературные способности принцессы, безусловно, не превышали средних. Бернардо Тассо, сам поэт и отец великого Торквато, был назначен её личным секретарем и занимал эту должность с 27 мая 1529 года до конца 1531 года. Двор быстро превратился «в своего рода Пританеум (питание) учёных мужей», а в собственных апартаментах Рене была открыта литературная академия.
—Где,— писал историк Джироламо Баруффальди своей работе «История феррарских академий» в 1787 году,— чтили литературу, но не католическую религию.
Образование в Ферраре с приездом Рене получило новый импульс, который она поддерживала в течение многих лет. Профессора и учёные университета, бежавшие от чумы, были возвращены указом Альфонсо, датированным 14 июня 1529 года, и это знаменитое учебное заведение быстро восстановило свой прежний блеск после того, как сильно пострадало от гражданских войн, в которых семья Эсте участвовала в течение многих лет.
Щедрость Рене искупала другие неприятные черты её характера. Наиболее заметными в книге её ежедневных расходов являются суммы, пожертвованные в той или иной форме на благотворительность. Похоже, она не могла отказать ни одной просьбе о помощи. Так, имя принцессы стоит первым в списке покровителей благотворительного учреждения «Монте-делле-Фарине», основанному в Ферраре в 1533 году. Это сделало её кумиром феррарцев, которые смотрели сквозь пальцы на увлечение принцессы еретическим учением.
22 ноября того же года Рене родила сына, что вызвало бурную радость во всех частях герцогства. При крещении малолетнего принца Ипполито д'Эсте, архиепископ Миланский, выступал в качестве доверенного лица Франциска I, который был одним из крёстных, и ребёнка назвали Альфонсо в честь герцога, его деда. Даже Рене поддалась всеобщей радости. Её наряды во время последовавших за этим торжеств были настолько роскошными, что о них говорила вся Феррара.
Чтобы закрепить дружественные отношения с Венецией, Альфонсо I решил отправить туда с дипломатической миссией Рене. Тем более, что официальные поездки принцесс дома Эсте были в традициях феррарского двора. По сохранившимся актам из архива Светлейшей можно отметить, что на содержание Рене и пиры во время её пребывания сеньория города выделила большую сумму — 2000 золотых дукатов. Феррарский резидент Джакомо сообщил герцогу Альфонсо, что готовится роскошный приём с участием дожа и членов Сената. Сопровождать Рене должен был её деверь Ипполито д`Эсте и феррарские дамы. Герцогиня по-прежнему не знала итальянского и должна была использовать переводчика, чтобы общаться с венецианцами и с собственной свитой. Что же касается Эрколе, то он проводил жену до посадки на корабль, о чём известно из «Анналов святой Родины» Филиппо Родди, феррарского доктора юридических наук:
—10 мая (1534 года) мадам Рене, желая увидеть Венецию, выехала из Феррары с большим количеством дам и лошадей, а также с принцем, своим мужем, и отправилась во Франколино на длинной барже, покрытой парчой и золотом, за которой следовала баржа, похожая на первую, но обтянутая атласом малинового цвета, как и другие баржи. Так направилась она к Кьодже, где была встречена знатью этого города с множеством лодок поменьше, и, чтобы оказать честь столь знатной гостье, в тех водах были устроены скачки и морские игры, что доставило мадам и всем остальным огромное удовольствие, и они высоко оценили изобретателя таких приятных развлечений, а в Маламокко их встретили дож и вся синьория при звуках труб, флейт и барабанов; после высадки с ликованием её проводили в Венецию, где она провела несколько дней в разных дворцах.
Для Рене организовали насыщенную программу с посещением сокровищницы Сан-Марко и арсенала в Мурано. Из счетов дома герцогини известно, что в течение десяти дней пребывания в Венеции она с королевской щедростью тратила немалые суммы. Этот пышный приём стал для венецианцев одним из самых ярких событий и показал уважение не столько к дому Эсте, сколько к Франциску I. Статус французской принцессы делал из Рене удобного переговорщика, демонстрируя, что за Феррарой стоит мощь короля Франции. Хотя по результатам поездки определённых договоренностей достигнуто не было, миссия Рене должна была укрепить дружбу с Венецией и продемонстрировать взаимное великолепие и богатства.
