Основной базой являлся Петрозаводск, где, правда, были сожжены все пирсы, портовые сооружения и дома, однако в качестве причала можно было использовать стоявшее в 2 км от него промышленное сооружение в районе Вуселке.
Помимо захваченного в качестве трофея малого торпедного катера, который нельзя было использовать, морской батальон не имел в своем распоряжении, не считая моторной шлюпки, ни одного более крупного корабля. В ноябре, когда Онежское озеро уже замерзло, удалось еще переправить буксир «Вяйнё» со Свири дальше на север, и там он своей противотанковой пушкой поддерживал высадку финских частей на Лимосари. На рассвете финский батальон на моторных шлюпках «легкого флотского батальона» высадился в районе Кулмус.
В то время как захват Онежского полуострова был в полном разгаре, в Тулвоя был послан лейтенант и 12 солдат, чтобы по возможности привести в боевую готовность имеющиеся там корабли. Финны 11 ноября 1941 г. заметили советский конвой, который застрял во льдах из-за возрастающего холода и недостатка горючего между островами Мега и Калга. В ночь на 13 ноября лейтенант Муинонен при поддержке частей 1-го егерского батальона захватил весь советский конвой, состоящий из 1 колесного парохода, 3 буксиров, 3 траулеров, 8 900-тонных лихтеров, нагруженных ценными материалами, 2 лихтеров с подъемными кранами и нескольких небольших судов. Помимо этого, на борту находилось около 1000 человек эвакуированного гражданского населения.
Финны немедленно послали туда свой личный состав, чтобы укомплектовать им взятые в качестве трофея суда, организовали подвоз горючего и постарались увести эти суда, стоящие всего лишь в 3 километрах от русского берега, чему, однако, препятствовали льды. Советская авиация, начиная с 14 ноября, постоянно совершала налеты на эти суда, а ночью команды подрывников пытались взорвать их. Привезенная финская 40-мм зенитная батарея, а также части стрелкового батальона отразили все атаки.
Наконец, саперы проложили фарватер через заграждения, в результате чего 23 ноября суда находились уже в Калгаскиле, где они подвергались сильным налетам русской авиации. Оттуда с 24 до 29 ноября при поддержке четырех буксиров эти суда были перевезены в Вуселке в район Петрозаводска. Взрывы ряда минных заграждений сделали возможным проложить фарватер длиной 1–3 километра и шириной 8 метров, при этом лед имел толщину около 60 см.
После захвата финскими частями Кархумеки и Повенца 5 декабря 1941 г. захватили пять находившихся на верфи в Пиндуси траулеров, большой лихтер, несколько барж, а также 100 гребных шлюпок. Из морского батальона «Онега» были созданы сторожевая флотилия, транспортная флотилия и легкий отряд. В конце 1941 г. капитана 2 ранга А. Ранинена заменил капитан-лейтенант Айнамо; в марте 1942 г. командование на себя принял капитан 2 ранга Р. Гёрансон.
В течение зимы 1941/42 г. финны прежде всего занимались тем, что охраняли замерзшие в некоторых местах суда от суровых воздействий природы и от нападения на них русских. До этого времени советская Онежская флотилия держала себя очень пассивно. Было только известно, что русские сосредоточили около 15 буксиров и 25–30 лихтеров в районе устья Вольды. Попытка финнов переправить по льду боевой патруль, состоящий из 100 человек, и взорвать эти корабли не удалась, и финны понесли при этом большие потери. Во время налетов финской авиации на порт Салпа непосредственно до таяния льда был уничтожен только один лихтер.
Финны тем временем вооружили все трофейные корабли, которые частично имели фундаменты для орудий еще со времен Первой мировой и Гражданской войны.
В начале июня со Свири в Онежское озеро доставили несколько буксиров, а также бронекатер (трофейный, бывший советский), который был введен в строй под названием «VTV 1».
Оживленная деятельность советской авиации не принесла ей успехов. Более того, было сбито два советских самолета. Один финский патруль позднее в ночь на 29 августа 1942 г. захватил у Маасиярви две советские летающие лодки.
Финская сторона также приложила много усилий для организации эффективной обороны побережья береговой артиллерией. Береговая артиллерия состояла из двух полков (4-го и 14-го) по четыре батареи в каждом. Отдельные батареи насчитывали до 13 орудий калибра 75, 122 и 152 мм и устанавливались в пунктах, удаленных друг от друга на значительные расстояния. Всего береговая артиллерия Онежского озера располагала 40 орудиями калибра 75 или 76 мм, 16 — калибра 122 мм и 10 — калибра 152 мм. На берегу в промежутках между батареями было организовано лишь слабое наблюдение и охранение.
В конце июня — начале августа 1942 г. советские канонерские лодки впервые обстреливали финские батареи береговой артиллерии. В отдельных случаях им удавалось прорываться до Кондопоги. Эти действия они производили, как правило, в утренних сумерках, широко используя при этом постановку дымовых завес. В то время как быстроходные канонерские лодки приближались к финскому побережью всего лишь на несколько метров, вооруженные буксиры и пароходы, следовавшие вместе с ними в район боевых действий, обычно не приближались к берегу ближе чем на 20 км и останавливались в ожидании канонерских лодок. Активные действия русских кораблей вынудили финнов к организации охраны осуществляемых на озере перевозок. В конвоях осуществлялись переходы судов по маршруту Петрозаводск — Лимосаари, и вдоль западного побережья до устья Свири для охранения использовались суда сторожевой флотилии. Ядром основных сил финнов оказались колесный пароход «Кархумяки» (на вооружении у него находились две пушки калибра 75 мм), буксир «Илмари» и бронекатер «VTV 1».
Утром 3 сентября 1942 г. произошел бой финского конвоя, который вышел из устья Свири и пошел по направлению к полуострову Андома, с вооруженным советским пароходом. Пароход открыл эффективный огонь по «Кархумяки» с дистанции 10 км, а затем перенес его на «ВТВ-1» и заставил их возвратиться. Требовавшаяся поддержка со стороны финской авиации не последовала, поэтому советский корабль, благодаря более высокой скорости, под дымовой завесой ушел за пределы досягаемости огня финских орудий. В 12.25 советская канонерка и два моторных бронированных катера вышли из Вытегры и атаковали финские корабли в 13.25. Русские корабли были более быстроходными и лучше вооруженными, чем финские. Поэтому финны получили приказ об отходе. После одночасового безрезультатного огневого боя русские тоже вернулись в Вытегру.
Поздним летом 1942 г. русские начали высаживать партизан на западное побережье озера. Партизаны совместно с гражданским населением нападали на изолированные финские опорные пункты. Десантирование проводилось на гребных лодках, сопровождавшихся канонерскими лодками. С подходом к побережью партизаны топили лодки, чтобы замести следы своей высадки.
В связи с этим финны вынуждены были на подходах к побережью на 25-км участке между Тервасое и Соксу организовать корабельные дозоры, для чего использовали мотоботы. Благодаря этому советская высадка на остров Хепосаари была сразу же отражена.
В мае 1942 г. в Петрозаводск было доставлено некоторое количество мин, которых разместили в минном депо № 9 на Лоисаари. Одновременно были вооружены 4 мелких и два крупных тральщика и 2 буевые лодки.
