Считается, что папа Пий VI сам инициировал сбор улик на Калиостро и распорядился подослать к нему осведомителя, который написал донос, послуживший основанием для ареста; есть предположения, что другой тайный донос, обвиняющий графа как колдуна и чернокнижника, написала его супруга Лоренца, желая тем самым получить разрешение церкви расторгнуть венчанный брак с осужденным преступником. М. Кузмин не верит в предательство Лоренцы и винит во всем коварного секретаря магистра: "Римская курия… 27 декабря арестовала графа и графиню Калиостро как еретиков, колдунов, масонов и безбожников.
В доносе, на основании которого был произведен этот арест, было так охотно описано все странное, убранство графского помещения и так любовно поставлена каждая мелочь в вину, что сделать это мог только человек, устроивший это убранство, т. е. Франческо ди С. Маурицио, который как раз куда-то исчез.
Так как масоны думали, что арест графа повлияет на их судьбу, то все в ту же ночь бежали: и Вивальди, и Танганелли, и художник Любель; маркиза Вивальди, та даже переоделась венгерским гусаром для бегства. Никто не разделил участи с Калиостро, кроме несчастного приятеля и спутника его на всю жизнь, бедной Лоренцы".
Далее наш рассказ вновь продолжит Елена Петровна Блаватская, которая цитирует уже упоминавшуюся выше переписку посла и канцлера республики Лукка: "В письме от 2 января 1790 года, то есть через год после прибытия Калиостро, утверждается, что: "в последнее воскресенье в совете в Ватикане происходили тайные и совершенно необычные дебаты". Он [совет] состоял из государственного секретаря и Антонелли, Пиллотта и Кампанелли; монтньор Фиггеренти выполнял обязанности секретаря. Предмет рассмотрения этим тайным советом оставался неизвестен, но слухи утверждали, что он был созван по причине внезапного ареста в ночь с субботы на воскресенье графа ди Калиостро, его жены и капуцина Фра Джузеппе Мавриджио. Граф был заключен в форт Сен-Анджело, графиня — в монастырь св. Аполлония, а монах — в тюрьму Арачели. Этот монах, который называл себя "отцом Свиззеро" считался сообщником знаменитого мага…
Суд над Калиостро продолжался в течение долгого времени. В письме от 17 марта Боттини пишет своему корреспонденту в Лукке, что знаменитый "чародей" в конце концов предстал перед святой инквизицией. Действительная причина затягивания судопроизводства была в том, что инквизиция, при всей своей ловкости в фабрикации доказательств, не могла найти веских свидетельств, чтобы доказать вину Калиостро. Тем не менее 7 апреля 1791 года он был приговорен к смерти. Он был обвинен в различных и многочисленных преступлениях, самым главным из которых было то, что он масон, "иллюминат" и "чародей", занимающийся противозаконными и запрещенными исследованиями; он был также обвинен в высмеивании святой Веры, в причинении вреда обществу, в обладании большой суммы денег, полученной неизвестными способами, и в том, что он подстрекал других людей, невзирая на пол, возраст и социальное положение, делать то же самое. Короче говоря, мы видим несчастного оккультиста, приговоренного к позорной смерти за совершенные им дела, подобные которым ежедневно и публично совершаются и по сей день многими великими магистрат масонов, так же как и сотнями тысяч каббалистов и масонов, имеющих предрасположенность к мистике. После этого приговора, "архиеретические" документы, дипломы от иностранных дворов и обществ, масонские регалии и семейные реликвии были торжественно сожжены общественными палачами на пьяцца делла Минерва, перед огромными толпами народа. Сначала быт уничтожены его книги и инструменты. Среди них была рукопись книги о Maconnerie Egyptienne [египетском масонстве], которая, таким образом, не могла больше служить свидетельством в пользу опороченного человека. После этого осужденный оккультист должен был перейти в руки гражданского трибунала, если бы не случилось таинственное событие.
Некий чужестранец, которого никто никогда не видел в Ватикане ни во того, ни после, появился и потребовал личной аудиенции у папы, послав ему через кардинала-секретаря некое слово вместо имени. Он был немедленно принят, но оставался у папы лишь несколько минут. Он ушел не раньше, чем его святейшество отдал распоряжение заменить смертный приговор графу на пожизненное заключение в крепости, называемой замком св. Льва, и чтобы вся эта операция была проведена в великой тайне. Монах Свиззаро был осужден на десятилетнее заключение; а графиня Калиостро была выпущена на свободу, но только для того, чтобы ее снова заключили в монастырь по новому обвинению в ереси".
С изложением Блаватской перекликается версия событий, которую кратко поведал своим читателям далеко не сочувствующий своему персонажу В. Зотов: "Во время следствия и процесса, длившегося пятнадцать месяцев, Калиостро не раз приносил полное раскаяние в своих заблуждениях и со слезами на глазах благодарил своих судей за то, что они дали ему возможность познать свои грехи и искупить их покаянием. Папские судьи не порадовались, однако, возвращению блудного сыт на путь истины, а приговорили его, 21-го марта 1791 года, к смерти. Папа Пий VI, в своем апостольском милосердии, изменил этот приговор на пожизненное заключение в темнице. Рукопись его о египетском масонстве определено было сжечь рукою палача.
Так кончился роман авантюриста. Четыре года еще томился он в папской темнице и умер в 1795 году. Жена его, запертая в монастыре св. Аполинии, умерла прежде него. Слава его умерла еще раньше, сильно потрясенная разоблачениями его фокусов. Но нельзя не повторить, что Калиостро представлял все-таки замечательное явление своего времени".
Современный комментарий к тому периоду жизни Калиостро, когда он оказался под следствием и судом инквизиции, дал и Юрий Каграманов: "Папа Пий VI лично наметил жертву и распорядился учинить суд и расправу без всяких послаблений.
Калиостро был судим в обеих своих ипостасях: мага и "великого кофта". Относительно первой инквизиторы колебались, то ли обвинять Калиостро в занятиях черной магией и, следовательно, в связи с нечистой силой, то ли считать его лжемагом, а значит, мошенником. В конце концов его обвинили и в том, и в другом: и в мошенничестве, и в связи с нечистой силой.
Объявив, что под личиной графа Калиостро скрывается Бальзамо, суд получил основание обвинять его в безнравственности. Об этом Бальзамо папские ищейки выведали все, что только было возможно, и, по-видимому, еще и приписали ему кое-что, чего за ним не водилось. Бальзамо представал беспардонным негодяем, с отроческих лет приохотившимся к разного рода жульническим махинациям, а в бытность странствующим художником, не брезговавшим и кражами и еще приторговывавшим своей собственной красавицей — женой. Трудно сказать, насколько такой портрет соответствовал оригиналу, но, судя по всему, Бальзамо и вправду был весьма сомнительной личностью. Заметим, что прошлое графа Калиостро так и осталось невыясненным до конца. Скорее всего, он действительно был Бальзамо. Но если это и так, остается загадкой история превращения бродячего маляра в того импозантного чародея, каким вдруг объявился он в 1777 г. в Лондоне. Данное "недостающее звено" даже папские ищейки не сумели обнаружить.
