К началу следующего года относятся последние известные репрессии в отношении лиц, входивших прежде в окружение правительницы Софьи: 10 января у дьяка Разрядного приказа Еремея Полянского «по памяти из Стрелецкого приказа чин за вину отнят и велено жить в деревне».
Князь Борис Алексеевич Голицын, так много сделавший для завоевания власти Петром I, по возвращении двора из Троице-Сергиева монастыря в Москву утратил значение главного фаворита царя. Причинами этому стали заступничество князя за своего двоюродного брата Василия Голицына и происки Нарышкиных, которые явились к молодому государю во главе с его дедом Кириллом Полуектовичем и со слезами умоляли покончить с чрезмерным влиянием Бориса Голицына. Как сообщает Невилль, князь Борис даже подвергся опале, однако она была краткосрочной. Тем не менее позиции правительственного лидера были утрачены Голицыным навсегда. Он сохранил за собой почетную должность кравчего, однако ему не нашлось места ни в Боярской думе, ни в руководстве приказами. В январе 1690 года Патрик Гордон в дневнике назвал Льва Нарышкина «новым любимцем, или первым министром». Софья могла только сетовать по поводу новых правительственных назначений и сожалеть, что важнейшие государственные посты доверены людям, способностями столь явно уступавшим лицам из ее бывшего окружения.
Царевна продолжала интересоваться семейными делами брата Ивана. Невестка Прасковья Федоровна производила на свет только девочек, окончательно развеяв мечты Софьи о продолжении старшей ветви царского рода по прямой мужской линии. После первенца, царевны Марии, прожившей всего три неполных года, родилась Феодосия, умершая в возрасте одиннадцати месяцев. В 1691 году на свет появилась Екатерина, которой суждено было продолжить царский род, хотя и по женской линии. Через полвека она стала бабкой младенца-императора Ивана Антоновича. В 1693 году родилась Анна — будущая герцогиня Курляндская и русская императрица. Так на российском престоле продолжилась линия потомков Милославских, находившихся у власти с февраля 1730 года. Дворцовый переворот в ноябре 1741 года привел к окончательному торжеству отпрысков рода Нарышкиных в лице императрицы Елизаветы Петровны.
В 1694 году родилась последняя дочь Ивана Алексеевича и Прасковьи Федоровны Прасковья. Она прожила 37 лет и была замужем за видным соратником Петра Великого генералом и сенатором Иваном Ильичом Дмитриевым-Мамоновым. Царь дал согласие на этот морганатический брак, но официально он не был объявлен.
Царица Прасковья Федоровна не кичилась положением супруги государя и всячески старалась угождать деверю. Как отмечает историк М. И. Семевский, «она не входила в сношения с нелюбезными ему сестрами, неосторожно судившими и осуждавшими Петра и его сторонников. Имея возможность часто навещать заключенную царевну Софью, Прасковья уклонялась от этих свиданий».
Царь Иван тем временем продолжал формально быть соправителем брата, присутствуя на всевозможных торжествах и церемониях рядом с ним, но не играя при этом никакой реальной роли. Вероятно, старший государь тяготился утомительными обязанностями монаршего сана, которые отвлекали его от излюбленных молитвенных занятий и вынуждали напрягать изнуренный болезнями организм. Он умер 29 января 1696 года в возрасте неполных тридцати лет, страдая, как и его старшие братья, от многочисленных недугов, вызванных наследственной «цинготной хворью». Исследовательница Л. Хьюз пишет: «Хотя он был заложником политических амбиций Софьи, можно с уверенностью сказать, что царевна была искренне привязана к нему и мысленно присутствовала на его похоронах в Архангельском соборе, состоявшихся на следующий день после его кончины».
Трудно сказать, какие чувства испытала Софья Алексеевна, получив 25 января 1694 года известие о смерти 42-летней царицы Натальи Кирилловны. Однако вряд ли уход из жизни давней соперницы обрадовал царевну — она была слишком религиозна и чиста душой, хотя и не имела особых причин скорбеть о мачехе.
В источниках не удалось обнаружить никаких данных о визитах Петра к сестре до сентября 1698 года. Правда, историк С. Ф. Либрович на основании каких-то сведений неустановленного происхождения утверждал, что государь навестил царевну незадолго до своего отъезда в Европу в 1697 году, но «нашел ее до того надменною, холодною и непримиримою, что в крайнем волнении вышел из Новодевичьего монастыря». Однако, думается, это всего лишь легенда. Так же считает Л. Хьюз: «Вряд ли бы Петру захотелось нанести „визит вежливости“ своей сестре, с которой у него были связаны столь неприятные воспоминания».
Вне всякого сомнения, сестры передавали Софье слухи, рассказывали, что народ недоволен поведением царя, пренебрегающего древними традициями и отдающего предпочтение «поганым немецким обычаям». Бывшая правительница отнюдь не придерживалась консервативных убеждений и не считала Европу источником зла, однако ее собственная прозападная ориентация была несравненно мягче, чем грубые и решительные действия Петра в его стремлении к копированию голландской и немецкой жизни. Великого реформатора привлекали образцы протестантской культуры, тогда как Софье и Федору была более близка католическая Польша. Вместе с тем она, возможно, полагала, что настроения народа могут дать ей надежду на возвращение утраченной власти.
Имя бывшей правительницы после восьмилетнего забвения впервые всплыло в политических проектах в феврале 1697 года. Тогда был «раскрыт» мнимый заговор стрелецкого полковника Ивана Цыклера, который из-за «многого нестроения» в государстве якобы намеревался убить царя Петра I и «посадить на царство» Софью, а руководителем правительства «учинить» возвращенного из ссылки князя Василия Голицына. Примечательно, что в роли «доброжелателя» вновь выступил уже известный нам доносчик по делу Шакловитого Ларион Елизарьев — он сообщил Льву Нарышкину и следователям Преображенского приказа о разговоре, который затеял с ним Цыклер.
— Смирно ли у вас в полках? — спросил он.
— Смирно, — ответил Елизарьев.
— Ныне великий государь идет за море, — продолжал полковник, — и как над ним что сделается, кто у нас государь будет?
— У нас есть государь царевич Алексей Петрович.
Тогда Цыклер озвучил крамольную мысль:
— В то время кого Бог изберет, а тщится и государыня царевна Софья Алексеевна, что в Девичьем монастыре.
Елизарьев сослался также на свидетельство пятидесятника своего полка Григория Силина, с которым Цыклер вел еще более откровенный и опасный разговор:
— Можно государя царя Петра Алексеевича изрезать ножей в пять. Хотел государь над моей женою и дочерью учинить блудное дело. И я над ним, государем, знаю, что сделать.
Цыклер был немедленно арестован и под пыткой дал показания против боярина Алексея Прокофьевича Соковнина, который, узнав, что стрельцы ведут себя тихо, возмущался:
— Где они, б… дети, передевались? Знать, спят! Где они пропали? Можно им государя убить, потому что ездит он один, и на пожаре бывает малолюдством, и около Посольского двора ездит одиночеством. Что они спят, по се число ничего не учинят?
— В них малолюдство, — пояснил полковник, — и чаю, что опасаются потешных.
