В Москве следственные мероприятия по делам арестованных старообрядцев находились под личным наблюдением правительницы и ближайших к ней сановников. Князь Василий Голицын лично наблюдал за пытками раскольников, которых сыскные команды приводили в подчиненные ему приказы, а записи расспросных речей старообрядцев передавал на рассмотрение Софьи Алексеевны.
У Софьи не было иного выхода, кроме как уделять пристальное внимание борьбе с расколом: страна, по существу, балансировала на грани гражданской войны, волна социального протеста грозила подорвать устои российской государственности. Облеченная властью женщина благодаря своей твердости и мужеству выполнила задачу по спасению России, непосильную для многих коронованных мужчин. Петр I получил по наследству от Софьи уже более или менее успокоенную в религиозном отношении страну, что позволило ему отказаться от крайних репрессивных мер в отношении раскольников и ограничиться введением для них удвоенных налогов и штрафов.
Важной составной частью религиозной политики Софьи являлась христианизация нерусского населения страны. Правительница отказалась от методов предшественников, преследовавших «иноверцев» за нежелание принимать православие. Тобольский митрополит Павел, проявлявший в этом деле исключительнее усердие, получил 7 февраля 1686 года указ крестить татар и бухарцев только по их желанию: «…буде впредь в Тобольску которые иноземцы похотят быть в православной христианской вере, и тем велеть приносить челобитные в Тобольску в приказную избу, а как они челобитные подадут, и их роспрашивать, добровольно ль они быть хотят в православной христианской вере…»
В целом переход инородцев в православие приобрел в период правления Софьи значительные масштабы. В Москве такие случаи находились под наблюдением начальника Посольского приказа князя Василия Голицына. В делопроизводстве этого учреждения сохранилось достаточно много дел о крещении магометан и язычников. «Новокрещены» получали из казны денежные подарки; кроме того, им предоставлялись временные льготы в налогообложении.
Существенное значение имела политика Софьи в отношении других христианских конфессий — католичества и протестантизма. Противники власти правительницы упрекали ее в симпатиях к католической Польше. Полонофильство проявлялось уже в царствование Алексея Михайловича, претендовавшего на королевский престол Речи Посполитой и приблизившего ко двору известного просветителя Симеона Полоцкого. Еще более заметной стала ориентация на польскую культуру при Федоре Алексеевиче, находившемся под заметным влиянием своей первой супруги Агафьи Грушецкой. Воспитанница Симеона Полоцкого Софья Алексеевна следовала примеру брата. В мае 1684 года прибывшие в Москву австрийские послы Жировский и Блюмберг сумели добиться признания права католиков на отправление своих религиозных обрядов на территории России. Это удалось им тем более легко, что еще годом раньше Софья и Голицын выражали желание пойти на уступки католикам, когда шотландец Патрик Гордон выразил озабоченность отсутствием у маленькой католической общины в Немецкой слободе не только храма, но даже священников.
Окончательное решение об уступках католикам было принято во время переговоров Голицына с имперским секретарем Маврикием Воттой, прибывшим в Москву в июне 1684 года. По его просьбе правительница Софья разрешила постоянно проживать в Москве двум иезуитам под протекцией венского двора. В том же году в Россию приехал первый католический священник — пруссак Иоганн Шмидт. Он начал проводить богослужения в специально отведенном для этого доме. В 1686 году его сменил богемец Иржи Давид.
Появление в Москве иезуитов вызвало крайне негативную реакцию патриарха Иоакима. Давид пишет, что после приезда второго иезуита Тобиаша Тихавского «патриарх перестал разговаривать с князем Голицыным, поскольку был уверен, что мы были допущены в Москву для того, чтобы внедрять союз церквей». Иоаким даже сказал «со вздохом и слезами»:
— После моей смерти вся Москва станет иезуитской!
Патриарх был уверен, что правительница и ее фаворит поощряют «латинскую ересь». Об учителе Софьи Симеоне Полоцком он говорил:
— Хотя бы он был ученым и образованным человеком, он воспитывался у иезуитов и был ими испорчен, поэтому читал он только латинские книги.
Своим главным врагом патриарх считал Сильвестра Медведева — советника царевны в духовных делах. Между Иоакимом и Сильвестром развернулась острая дискуссия по вопросу о моменте пресуществления Святых Даров (превращении хлеба и вина в тело и кровь Христову) в момент причастия. Представители православия считали, что оно происходит после троекратного призывания Святого Духа на словах «И сотвори убо хлеб сей…». «Латинствующие», в соответствии с католическим богословием, утверждали, что евхаристия совершается на возглашении слов Спасителя «Примите, ядите…». Сильвестр Медведев придерживался второй точки зрения, тогда как Иоаким объявил ее «хлебопоклоннической ересью». Патриарха активно поддерживали братья Иоанникий и Софроний Лихуды — греческие монахи, приехавшие в Россию в 1685 году по рекомендации вселенских патриархов, чтобы основать в Москве православную школу. Обе стороны написали по несколько объемных теологических трудов с обоснованием своей точки зрения. В этом споре Софья проявила деликатность — несмотря на симпатию к Сильвестру, уклонилась от выражения своего мнения. Несомненно, ей не хотелось окончательно испортить отношения с патриархом, и без того являвшимся ее политическим противником, поддерживавшим «партию» сторонников царя Петра.
Приближенные правительницы в конфликте с Иоакимом были настроены более решительно. «Патриаршей дурости подивляюсь», — писал Голицын Шакловитому из Крымского похода. Ближайший соратник и друг князя севский воевода Леонтий Романович Неплюев говорил приехавшему в Россию архимандриту афонского Павловского монастыря Исайе:
— Мы от сего нашего патриарха ни благословения, ни клятвы не ищем, плюнь на него.
Но дальше всех пошел Федор Шакловитый, друживший с Сильвестром Медведевым и неоднократно защищавший его от преследований со стороны патриарха.
— Не бойся, — говорил он приятелю, — великая государыня благоверная царевна и великая княжна София Алексеевна тебя не выдаст.
В начале 1689 года в Москве были обнаружены тетради, «приличные к расколу». Подьячий Стрелецкого приказа Петр Исаков, производивший следствие, подвергся давлению со стороны патриаршего служителя Иоакинфа, который потребовал арестовать и допросить близкого к Сильвестру Медведеву дьякона Афанасия, причем распорядился провести дознание без ведома Шакловитого. Исаков не решился противоречить патриарху и добился от арестованного Афанасия признания, что тот получил раскольничьи тетради в Заиконоспасском монастыре у старца Сильвестра.
Шакловитый отреагировал молниеносно: «приехав в Стрелецкий приказ ввечеру пьян», повторно допросил Афанасия и, по всей видимости, отбил у него охоту упоминать имя Сильвестра Медведева, а затем кричал на Исакова и «говорил про святейшего патриарха непристойные слова»:
— Ты с патриархову сторону, а не с государеву! Поди ж скажи посконной той бл… бороде, да Иоакинфу и всем своим тамошним друзьям, что они люторы и кальвины, а я не лютор и не кальвин! Каков Афанасий дьякон? И я каков ж!
