Осада Албазина продлилась десять месяцев. К весне 1687 года положение маленького гарнизона стало критическим: осажденные голодали, не было дров, началась цинга. К маю в живых осталось только 70 человек, которые продолжали обороняться. Цинским войскам так и не удалось захватить Албазин. С наступлением лета Канси отдал приказ об отступлении, поскольку до него дошли известия о приближении посольства Головина с войсками. Маньчжуры отступили от Албазина вниз по Амуру на четыре версты, где простояли всё лето, пока 30 августа 1687 года не отошли к устью Зеи.
Из Селенгинска Головин 19 ноября 1687 года отправил к пограничным китайским воеводам чиновника посольства Степана Коровина с письменным уведомлением о своем прибытии, требованием довести до богдыхана (императора) намерение русских государей начать мирные переговоры и предложением назначить место для встречи представителей сторон.
Между тем правительство Софьи продолжало разрабатывать условия договора с Китаем, допуская дальнейшие уступки во имя установления мира с восточным соседом, принимая во внимание сложную обстановку в европейских международных отношениях и нестабильную политическую ситуацию в Москве. Неудача первого Крымского похода, необходимость подготовки нового наступления на Крым, разногласия с союзниками по Священной лиге, нереализованные планы Софьи венчаться на царство, активизация группировки Нарышкиных — всё это делало невозможной упорную борьбу с Цинской империей на дальневосточных рубежах. Отдаленные земли тогда еще не казались русскому правительству настолько ценными, чтобы за обладание ими вступать в схватку с могущественным и воинственным противником. Маньчжуры — «враги, доселе незнаемые», проявившие упорство в стремлении разрушить албазинский форпост на Амуре — издалека казались грозной силой.
Исследовательница русско-китайских отношений 1680-х годов П. Т. Яковлева установила целый комплекс причин, не позволявших России в то время продолжить военное противостояние с Китаем: «Воеводы Албазина, Нерчинска, Иркутска, Енисейска и почти всех восточносибирских городов жаловались царю на малочисленность гарнизонов, на недостаток пушек, пороха и свинца. Дальность расстояния от центра России не представляла реальной возможности в короткие сроки осуществить переброску сюда достаточных военных сил. Снабжение служилых людей продовольствием также являлось делом чрезвычайно сложным и трудным из-за бездорожья, суровых зимних холодов и сравнительно слабой заселенности обширной Сибири».
Таким образом, правительство Софьи Алексеевны в тогдашних непростых политических условиях имело достаточно оснований предпочесть мир с Китаем продолжению войны за обладание сравнительно небольшой территорией по левому берегу Амура.
Шестого июня 1687 года в Москву были доставлены донесения Головина о ситуации в Даурии. Несмотря на прекращение албазинской осады, враждебность Китая сохранялась. Посол приложил к своим грамотам письмо русского гонца Никифора Венюкова, побывавшего в Пекине в октябре 1686 года. Тот со всей определенностью утверждал: «…ближние люди говорят… чтоб Албазину конечно за великим государем не быть».
Во время прибытия курьера с известиями от великого посла в Москве не было ни правительницы Софьи, уехавшей в конце мая на богомолье в Троице-Сергиев монастырь, ни руководителя внешней политики России князя Голицына, который еще не вернулся из Крымского похода. Основную роль в окружении Софьи в тот момент играл Федор Шакловитый, которому Голицын, безусловно, доверял, зная о его фанатичной преданности правительнице и будучи убежден в своих прочных дружеских отношениях со вторым фаворитом. «Я во всех своих делах надежду имею на тебя, — писал он Шакловитому из Крымского похода, — у меня только надежы, что ты». Во время отсутствия Голицына в столице основные дела Посольского приказа находились в руках Шакловитого, о чем свидетельствуют его пометы на донесениях Головина.
После возвращения в Москву Софья провела в очень узком кругу правительственное совещание по дипломатическим делам, в решения которого не сочла нужным посвящать ни Боярскую думу, ни даже Посольский приказ. Точная дата совещания неизвестна, но оно состоялось между 8 и 14 июня 1687 года — между прибытием государыни в столицу и отправкой ответной грамоты Головину. Софья с приближенными обсудила и утвердила новый наказ послу из семи статей. Можно не сомневаться, что документ был написан Шакловитым.
Согласно наказу, уточняющему возможные условия мирного договора с Китаем, посол должен был по-прежнему «настаивать, чтобы между русскими и китайскими владениями границею была написана река Амур; если китайцы не согласятся, домогаться всячески, чтоб быть границею Албазину». Однако затем давалось новое предписание: при несговорчивости маньчжурских представителей в крайнем случае соглашаться на потерю Албазина («чтобы в Албазине острогу и поселению, и в том месте ратным людем с обоих сторон ныне и впредь не быть»). Таким образом, наказ не допускал уступки крепости маньчжурам: в случае невозможности удержать ее за Россией она должна была быть разрушена, а впредь на этом месте не допускалось строительство ни русского, ни китайского форпоста. Наказ повелевал в этом случае «нынешнее строение снесть и ратных людей вывесть, чтоб вперед у албазинских жителей с богдыханскими подданными ссор не было, но чтоб русские промышленные и служилые люди могли свободно промышлять в албазинских местах, также по рекам Быстрой и Зии».
Следующая статья предписывала Головину в случае несогласия цинских представителей даже на такие условия «отложить заключение мира до другого времени и постановить, чтоб до окончания переговоров русские люди свободно промышляли в означенных местах». Посол должен был вести речь с маньчжурскими уполномоченными «пространными и любовными разговорами», а «войны и кровопролития, кроме самой явной от них недружбы и наглого наступления, отнюдь не начинать». Наконец, последняя статья наказа повелевала «разведать подлинно и рассмотреть» военные обычаи маньчжуров, что представлялось русскому правительству важным на будущее, поскольку возможность мирного урегулирования с Китаем на длительный срок, по-видимому, вызывала сомнения.
Этот наказ первый посол получил 10 октября 1687 года. В июне следующего года прибывший из столицы в Селенгинск подьячий Посольского приказа Иван Логинов привез очередные инструкции, составленные на этот раз самим князем Голицыным, но, впрочем, в основном повторявшие предписания, разработанные Шакловитым.
Тридцатого мая 1688 года китайское посольство наконец выехало из Пекина. На границе с Монголией они узнали, что на ее территории началась война — властитель могущественного Джунгарского государства Галдан напал на монгольских ханов. В письме Головину с дороги китайские послы сообщили: «…мы поворачиваем обратно, так как военные действия мешают нашему продвижению».
В июне цинские министры уведомили Головина, что император назначил местом переговоров Селенгинск и что китайское посольство будет состоять из пяти сановников в сопровождении пятисот солдат охраны. Однако 2 августа к русскому дипломату прибыл полковник цинской армии с сообщением, что императорские послы отложили приезд в Россию до будущего лета и что их свита будет составлять от двух до трех тысяч человек.
