С начала 1688 года молодой царь сблизился с генералом Патриком Гордоном, ставшим его главным учителем в области военного дела. Гордон много времени проводил с Петром в Преображенском, обучая его артиллерийскому искусству и готовя солдат для «потешных» полков. 7 сентября 1688 года, когда по Москве разнесся безосновательный слух о готовящемся бунте стрельцов, Петр получил повод для пополнения своих «потешных» войск солдатами Выборного полка Гордона. Сначала царь потребовал прислать ему пять трубачей и пять барабанщиков; генерал поспешил исполнить это приказание, даже не поставив в известность своего непосредственного начальника — руководителя Иноземского приказа князя Василия Голицына. Глава правительства Софьи был сильно раздосадован этим происшествием, но не мог ничего поделать вопреки крепнущей воле молодого государя. А тот к вечеру прислал к Гордону нового гонца с требованием дать еще пятерых барабанщиков, и генерал опять не посмел отказать. Через день в Преображенское было послано еще десять трубачей и барабанщиков под командой капитана — уже с ведома Голицына, который не решился спорить с царем, тем более что повод казался пустяковым. С того времени полк Гордона начал регулярно поставлять солдат для маленькой «потешной» армии. В октябре в Преображенское забрали шестерых рядовых, а в ноябре Петр распорядился отдать ему всех барабанщиков Выборного полка и еще десять солдат, которые были определены в конюхи для перевозки артиллерии и других нужд «потешного» воинства. Гордону пришлось набрать в свой полк «для обучения» 20 флейтистов и 30 барабанщиков.
Петр всё чаще, хотя пока еще в мелочах, демонстрировал волю самодержавного государя. В середине сентября 1688 года он потребовал послать к нему из Москвы в Преображенское всех стольников и стряпчих своего двора; тех из них, кто самовольно покинул столицу и уехал в свои поместья, предписано было разыскать и «задержать в Разряде». Той же осенью Петр на улице начал выспрашивать у какого-то пьяного подьячего, получают ли приказные жалованье, довольны ли они своим положением, а также «интересовался разными другими мелочами». Софья и ее сторонники должны были понять, что юный царь всеми силами пытается показать окружающим свою способность управлять делами.
Тем временем царица Наталья Кирилловна решила женить сына. Она руководствовалась двумя соображениями. Во-первых, беспорядочный образ жизни Петра — ночные оргии в Немецкой слободе, пьянство, курение — уже вызывал опасения за его здоровья. Чрезмерное увлечение военными маневрами и корабельным делом также зачастую вело к перенапряжению сил неокрепшего организма царственного подростка. Кроме того, эти занятия представлялись окружающим недостойными российского монарха и вызывали осуждение как со стороны боярства, так и среди простолюдинов. Еще больше не нравилось москвичам возрастающее пристрастие Петра к иностранцам. Наталья Кирилловна могла надеяться, что сын после женитьбы остепенится.
Во-вторых, вдовствующая царица со своими братьями и сторонниками была горячо заинтересована в скорейшем появлении на свет потомства Петра. В тот момент это казалось тем более важным, поскольку стало известно о беременности царицы Прасковьи Федоровны.
При выборе невесты для Петра впервые проявились серьезные противоречия внутри «партии» его сторонников. Князь Борис Голицын усердно хлопотал за княжну Трубецкую, с которой состоял в свойстве. Однако Нарышкины и Тихон Стрешнев воспротивились — по мнению князя Бориса Куракина, из опасения, что «чрез тот марьяж оный князь Голицын с Трубецкими и другими своими свойственниками великих фамилий возьмут повоир (силу. — В. Н.) и всех других затеснят».
Стрешнев предложил в качестве невесты Петра девицу из незнатного дворянского рода — Евдокию Федоровну Лопухину. Невеста была на три года старше жениха, по отзыву Куракина, «лицом изрядная, токмо ума посредняго и нравом несходная к своему супругу».
Петр, которому не исполнилось еще и семнадцати лет, не возражал против женитьбы. Красивая, добрая и скромная Евдокия ему понравилась. Венчание состоялось 27 января 1689 года. Борис Куракин, близкий к особе государя и вскоре женившийся на младшей сестре царицы Евдокии Ксении Лопухиной, а следовательно, хорошо осведомленный о перипетиях семейной жизни монарха, утверждал: «…сначала любовь между ими, царем Петром и супругою его, была изрядная; но продолжилася разве токмо год, но потом пресеклась. К тому ж царица Наталья Кирилловна невестку свою возненавидела и желала больше видеть с мужем ее в несогласии, нежели в любви».
Впрочем, Петр был совершенно не готов к браку. По словам историка Е. Ф. Шмурло, «в течение медового месяца он меньше думал о молодой жене, чем о судах, заложенных с прошлого лета на Переяславском озере… И едва только повеяло весенним теплом, едва только в реках и озерах послышался первый треск льда, как Петр, забыв и мать, и молодую жену, умчался опять к своим кораблям, беззаботно предоставив своим близким отстаивать его интересы и права».
К тому времени личные отношения Софьи и Петра уже обострились до предела, хотя добродушный Иван пытался их мирить. 26 апреля 1689 года оба брата пошли на панихиду в память о царе Федоре Алексеевиче. Софья не захотела идти в церковь вместе с Петром и распорядилась провести специально для нее повторное богослужение. Как отметил И. Е. Забелин, «царевна время от времени приказывала петь в соборе канон „Многими одержим напастьми“, словами которого желала выразить свое положение и отношение к петровской партии».
Восьмого июля 1689 года во время крестного хода из кремлевского Успенского собора в Казанский собор на Красной площади на глазах у множества народа произошло открытое столкновение Петра и Софьи. Когда два царя, «пришедши в соборную церковь Успенскую, стали оба на своем царском месте», к ним присоединилась правительница. Затем, когда цари двинулись в ход за святыми иконами, «с их царскими величествами чрезвычайно пошла вместе чином и она, царевна, публично». Петр резко сказал сестре:
— Не приличествует при такой церемонии зазорному твоему лицу по необыкновению быть!
Однако Софья, проигнорировав демарш младшего брата, взяла в руки образ Божьей Матери «О тебе радуется» и пошла за крестами и хоругвями по направлению к Казанскому собору. Тогда рассвирепевший Петр «за святыми иконами вместе с нею не пошел» — покинув процессию, он наспех помолился в Архангельском соборе, а затем уехал в Коломенское. По словам Андрея Матвеева, царевна Софья, «то его братнее презрение увидав, впала в немалое мнение».
Еще один эпизод показывает, что страсти накалились до предела. Утром 25 июля 1689 года по случаю именин царской тетки Анны Михайловны Софья и Иван в Кремлевском дворце угощали водкой бояр и царедворцев. Петр не явился из Коломенского на праздничную церемонию, после чего приближенным Софьи стала мерещиться угроза вооруженного нападения сторонников младшего царя на кремлевскую резиденцию. Шакловитый спрятал под Красным крыльцом отряд вооруженных стрельцов, которые должны были по его сигналу бежать в государевы апартаменты, чтобы спасти правительницу и царя Ивана.
Однако к концу дня младший царь всё же приехал в Кремль. Сопровождавший его отряд телохранителей бдительно следил за действиями стрельцов и других сторонников Софьи. Поздравив тетку, Петр поспешно покинул Кремль, наполненный враждебными ему людьми.
