На основании показаний Морозова и Лобазникова, 26 апреля 1934 г. Брагин был арестован. В процессе следствия никаких дополнительных материалов ни допросы, ни очные ставки не дали. Брагин вину свою категорически отрицал.
17 июля 1934 г. НКВД направило в Центральный комитет ВКП(б) Сталину копии 2-х заявлений на имя Ворошилова и Ягоды от заключенного Брагина привлеченного к ответственности по обвинению в шпионаже в пользу Японии
[275].
Он писал, что со второй половины апреля 1934 г. обращался с проектом мероприятий, связанных с организацией военно-продовольственной базы обороны ДВК к Ворошилову. По отдельным вопросам проекта он еще в 1933 г. говорил с Блюхером и Крутовым, однако дело с места не двигалось, хотя после первого, значительного урожая сои в 1931 г. японцы с большой тревогой указывали, что появление экспорта русской сои из южных портов может быть большим ударом для народного хозяйства Манчжурии.
Брагин писал: «еще несколько усилий и я смогу оправдать большое доверие, оказанное мне партией и ее подмогу, исполнить свой долг по укреплению обороны страны на случай войны с Японией, борьбой и работой которым сам вождь Красной армии дал столь высокую, столь лестную для меня оценку.
Но вернувшись домой после доклада в МК 26-го апреля, я застал там представителей ОГПУ, которые отвезли меня во Внутреннюю тюрьму ОГПу.
Здесь я, ушам своим не веря, узнал, что арестован по обвинению в военном шпионаже для Японии.
Как это не тяжело для меня, я считаю невозможным в докладной записке, посвященной государственному делу, касаться существа вопросов, относящихся лично ко мне.
Я надеюсь ОГПУ установит, что я никогда не имел ни малейшего отношения ни к одному факту, ни к одному слову шпионажа. И я был полностью прав, заявив шпионам на очной ставке, что их показания о моем соучастии в их преступлении есть не только наглая ложь, от начала до конца, но и бессмыслица.
Но пока идет уже третий месяц со дня моего ареста. Я не знаю, чем кончились вопросы первой части моего проекта о стимулировании экспортном фонде. И для них потеря времени может оказаться большой потерей. Год в наше время много значит / я показывай Вам данные европейских газет, что Германия уже посылала по вопросу о маньчжурской сои своих специальных представителей еще к Араки/»
[276].
Брагин коснулся вопросов организации военнопродовольственной базы на ДВК за счет разработок по соевым продуктам. Он писал, что в одиночной камере внутренней тюрьмы трудно решить насколько это окажется сложным реализация этой программы. Однако видя, как каждую сельскохозяйственную кампанию стоит техника из-за перебоев с горючим, даже в тех районах, откуда видны неф-тевышки и где дороги как мостовые, он предполагал, что на окраине СССР, при тягчайшем бездорожье, в дни, когда будут «петь пули», в условиях растущей моторизации и механизации армии будет еще сложнее. В такой ситуации перебои с горючим могут решить не только темпы, но и судьбу боевых операций. У японцев есть патент получения горючего из сои. По мнению Брагина, необходимо этот патент раскрыть во что бы то ни стало.
Брагин просил Ворошилова вызвать его к себе и дать возможность сделать сообщение о сделанных практических мероприятиях.
«Вы и тов. Ягода не раз использовали знания и опыт даже врагов для укрепления обороны СССР. Еще тов. Ленин, приглашая Люберсака, считал это необходимым. Я прошу Бас дать мне возможность закончить начатое мною цело не на основе этой формулы. Со времени письма обо мне тов. Ленина к тов. Яковенко /тогда Наркомзему/ партия вот уже 13 лет ставит меня на такие ответственные, трудные / большей частью новые для СССР/ работы, на которые посылают только проверенных большевиков. Я не только гордился этим. Со всей ответственностью заявляю: по своим убеждениям, по своей работе, в своей личной жизни я был достоин такого доверия. Это ведь легко проверить.
Вот почему я прошу Вас не отнимать у меня вашего доверия. В нем мое сильнейшее оружие не для самозащиты, а для борьбы за то дело, о котором я Вам настоящим докладываю. Это ведь не только моя оценка, что это дело имеет огромнейшее народно-хозяйственное и исключительное оборонное значение»
[277].
Во втором своем заявлении Ягоде Брагин писал, что занимается делом, имеющим огромнейшее народнохозяйственное и исключительное оборонное значение. Просил принять его. По его совам он не просил об этом раньше, так как, со дня на день, ожидал, что ОГПу его освободит и даст возможность закончить работу, хотя бы в отношении ДВК.
«Но, к сожалению, несмотря на то, что я ни в чем не виноват, что шпионы в своих показаниях по моему адресу не только нагло лгут, но и путаю — я еще в тюрьме»…
«Вы поймете тов. Ягода какую большую и важную разведку я проделал, но не для, а против японцев, но для дела не это важно — важно, что материалы этой разведки, продвинутые или использованные ОГПу, должны уже в 1935 г. крепить на ДВК силы красноармейцев, их коней, а может быть (если тов. Кропотов прав, а это кажется так) и танков»
[278].
Сталин после прочтения этих заявлений не стал принимать решения, отписав его секретарю ЦК ВКП(б) Кагановичу.
4 августа заместитель наркома внутренних дел Прокофьев направил Кагановичу письмо. Он писал, что для судебного разбирательства кроме указанных показаний, изобличающих японских разведчиков, других данных, уличающих Брагина в конкретной шпионской деятельности, нет. Следствие было лишено возможности добыть дополнительные материалы, уличающие его в шпионаже. В связи с этим НКВД считало целесообразным заслушать это дело на Особом совещании при НКВД СССР, так как заслушивание этого дела в обычном судебном порядке могло встретить серьезные затруднения. Каганович вначале решил направить это дело на рассмотрение прокурора, затем зачеркнул свою первую резолюцию, написав новую: «Согласен на освобождение Брагина»
[279]. Решение, по-видимому, продиктовано большими сомнениями в виновности Брагина и желанием использовать его опыт при проведении научных разработок по соевым продуктам.
Заместитель наркома Внутренних дел СССР Агранов 9 сентября 1935 г. сообщил председателю народных комиссаров СССР Молотову о том, что Управлением НКВД по Красноярскому краю арестован Ляхович Викентий Иосифович, 1913 г. рождения, служащий краевого ветеринарного управления, прибывший в СССР в 1930 г. из Манчжурии.
С целью заражения людей и скота, из склада биопрепаратов Ветеринарного управления им была похищена и выброшена на улицу сибиреязвенная вакцина. Флакон этой вакцины в количестве 120 грамм был обнаружен на улице Баграда.