Профессор полностью осознавал, что с увольнением из университета закончится его академическая карьера. Какое-то время он рассматривал идею переезда в провинцию, чтобы работать в земстве. Но его коллеги были с ним не согласны. В Академии наук как раз в тот момент освободилась кафедра санскрита. И благодаря инициативе Розена в первую очередь Ольденбург был принят большинством голосов в академики в феврале 1900 г.
На протяжении 34 лет своей жизни Ольденбург в разных статусах был тесно связан с жизнью Академии. Именно здесь расцвели его управленческие таланты. В 1903 г. он получил звание полного академика, на следующий год его избрали непременным секретарем, и эту должность он сохранил вплоть до увольнения в 1929 г. Вся деятельность Ольденбурга была направлена на защиту интересов Академии. Он успешно пролоббировал в Думе увеличение вечно дефицитного бюджета Академии, ему также удалось сохранять политическую независимость организации.
Это совершенно не означает, что Ольденбурга больше не интересовала политика. В январе 1905 г., когда непопулярная война с Японией вызвала в империи революционные беспорядки, он вместе с 16 академиками подписал открытое письмо «О нуждах образования (меморандум 342 ученых)». Опубликованное в петербургской ежедневной газете «Русь» письмо призывало самодержавие прекратить вмешиваться в дела школ и университетов. В заявлении провозглашалось, что «академическая свобода несовместима с современным государственным строем России», и далее осуждалась «внушаемая преимущественно соображениями полицейского характера» политика в области образования
793. Не удивительно, что этот шаг вызвал острое неприятие со стороны президента Академии великого князя Константина Константиновича, высказавшего резкие упреки членам Академии за вмешательство в политику. Однако Ольденбург и его коллеги не отступили. Он с вызовом писал великому князю: «Я не только академик, а я и человек и гражданин, и мне неизвестный такой закон… который запрещал бы мне высказывать открыто свои взгляды на просвещение в России»
794. Константин Константинович вскоре согласился и даже извинился перед членами Академии.
Более всего Ольденбурга беспокоило нетерпимое отношение самодержавия к национальным меньшинствам империи. Поддержав Ламу Доржиева в деле строительства дацана в Санкт-Петербурге, он также участвовал в деятельности Академии по борьбе с русификацией Украины. Свои опасения академик выразил в письме 1910 г. сыну Сергею (взгляды которого были более правыми): «Ужасно, что эта травля “инородца” идет всюду – Кавказ, Польша, Поволжье, мусульмане, не говоря уже о евреях, – травят десятки миллионов людей»
795. Взгляды Ольденбурга по этому вопросу разделяли многие коллеги. В отличие от миссионеров и некоторых правительственных чиновников, академические и университетские ученые высказывались против русификации, а некоторые даже осмеливались поощрять национальное движение среди «инородцев»
796. Как указывает Натаниэл Найт, симпатия к объектам своих ученых занятий «была распространенным профессиональным риском» среди российских ориенталистов
797.
Одним из наиболее ярких высказываний Ольденбурга по вопросу отношений между образованием и обществом стала статья для влиятельного сборника «Проблемы идеализма», изданного за год до избрания его академиком. Это издание 1902 г. стало первым в ряду контратакующих выпадов против жесткого догматизма русской революционной интеллигенции со стороны либералов и бывших марксистов
798. Статья Ольденбурга «Ренан как поборник свободы мысли» была посвящена французскому религиоведу XIX в., которого высшее католическое духовенство преследовало за объективистский подход к истории жизни Иисуса
799.
На первый взгляд, масштабная защита интеллектуальной свободы, предпринятая в статье, могла рассматриваться только как критика обскурантизма Православной церкви и ее руководителя архиконсервативного обер-прокурора Священного Синода Константина Победоносцева. Однако у текста была и другая мишень. Цитируя Ренана, Ольденбург метил также и в нигилизм интеллигенции: «…скептики XVIII века разрушали с радостью и не чувствовали потребности ни в какой новой вере, их занимали только самое дело разрушения и сознание живой силы, которая была у них»
800.
Как ведущий востоковед Академии Ольденбург ревностно исполнял заветы барона Розена по продвижению своей дисциплины как внутри учреждения, так и за его пределами. Если до его избрания в Академию в ней насчитывалось всего четыре кафедры по азиатской литературе и истории, то к 1914 г. их было уже шесть. Положение Ольденбурга укрепилось еще больше, когда в 1916 г. он стал директором Азиатского музея. По словам хорошо знавшего его китаеведа Василия Алексеева, именно благодаря Ольденбургу «востоковеды при всей своей малочисленности играли и продолжают играть немаловажную роль в нашей науке и общественности»
801.
Через четыре года после избрания непременным секретарем Ольденбург жаловался сыну, что «ничем, кроме Академии, не успеваю заниматься»
802. Он был слегка несправедлив к себе. Академик продолжал публиковать статьи о буддийском искусстве и индийской литературе, а также обязательные рецензии. В начале 1910-х гг. он также принял участие в двух экспедициях в Турфан, Дуньхуан и другие древние города в Синьяцзяне, расположенные на Великом Шелковом пути. Последняя из них финансировалась организацией, в создании которой Ольденбург принимал непосредственное участие десятилетием ранее, – Фондом исследований Центральной и Восточной Азии
803. Эта международная организация была учреждена в 1898 г. для координации усилий археологов, до того конкурирующих в борьбе за право раскапывать древнейшие буддийские артефакты в этом регионе
804. С учетом того, что в том же году Николай II созвал идеалистическую мирную конференцию в Гааге, не удивительно, что европейские ученые согласились разместить штаб-квартиру организации в Санкт-Петербурге.