Волею судеб Струве стал «партийным» лидером, будучи слишком противоречивой фигурой для этой роли. Н. К. Крупская вспоминала, как ее удивил Струве, отдыхавший в кресле с томиком стихов А. А. Фета, «стилистически» расходившегося с передовой общественностью. В письмах А. Н. Потресову Струве делился своими впечатлениями от понравившейся ему поэзии Федора Сологуба, что вызвало порицание друга и соратника. Примерно тогда же Струве признавался, что считал издание князя В. П. Мещерского «Гражданин» «самым радикальным русским органом» и высоко его по той причине ценил.
В Струве смущала сложность, смелость быть собой. Самого же Струве поражал догматизм «однопартийцев». Он настаивал на развитии социал-демократической концепции в соответствии с движением научной мысли.
Повторять вещи, ставшие фразами и, в сущности, ложью, практически вполне безопасно — общественную эволюцию не оболжешь. Но нравственно это противно; это не мирится с теоретической совестью. Ради нее и во имя нее необходима борьба с ортодоксальным марксизмом, необходима критика или, вернее, самокритика марксизма. Потребность теоретической совести в этой критике чрезвычайно велика.
В 1899 году Струве приступил к изданию нового журнала — «Начало». Он все более отступал от традиционной марксистской догмы. Так, Струве поставил под сомнение возможность классовой борьбы в Западной Европе, так как единое культурное пространство представляло собой цельную систему, во многом сглаживавшую остроту социальных противоречий. Впрочем, отнюдь не только ортодоксальные марксисты были недовольны направлением издания. 22 июня 1899 года журнал «Начало» был закрыт властями.
«Ортодоксия тускла и не может не быть тускла», — признавался Струве. Переосмысливая интеллектуальный опыт марксизма, он постепенно отказывался от многих его теоретических построений. Подверг беспощадной критике положение о неизбежности обнищания пролетариата, ставил под сомнение будущее обострение социальных противоречий и, более того, доказывал неубедительность марксистской теории стоимости.
В марте 1901 года Струве вернулся в Петербург и неожиданно оказался в самой гуще общественной жизни. Уже 4 марта он принял участие в студенческой манифестации у стен Казанского собора, после чего был арестован и отправлен на год в ссылку. В качестве места жительства он выбрал Тверь. Сотрудничество с нарождавшейся социал-демократической «Искрой» не могло быть продолжено. Струве ограничился лишь публикацией статьи «Самодержавие и земство», посвященной записке С. Ю. Витте, в которой доказывалась несовместимость неограниченной власти царя и местного самоуправления. В сущности, этот текст писал уже либеральный публицист.
Наш политический кризис состоит не в том, чтобы тот или иной класс общества, та или иная другая общественная организация готовы были с оружием в руках броситься на существующий государственный порядок и сломить его, а в том, что этот строй сам не может держаться, так как он не обеспечивает русскому обществу в его целом возможности выполнять ту широкую творческую работу, в которой так нуждается наша отсталая страна, — писал П. Б. Струве. — Не баррикады, не бомбы, не крестьянские бунты угрожают современному русскому правительству и существующему политическому строю. Главный враг правительства оно само, его собственная задача, та бессмысленная задача сохранения существующей государственной формы, которой оно, правительство, подменило всякую творческую работу и ради которой оно должно пресекать эту последнюю. Эта охранительная по форме, разрушительная по существу деятельность самого правительства создала и поддерживает ту душную предгрозовую атмосферу, в которой живет современная Россия, она растит и готовит русскую революцию.
В Твери Струве близко сошелся с одной из наиболее авторитетных фигур земского движения — И. И. Петрункевичем, который впоследствии вспоминал:
Каждый день, когда я был свободен от занятий в [земском] собрании или в комиссии, он заходил ко мне в гостиницу; нередко в это же время приходил Александр Александрович Бакунин, и мы толковали о том же, что составляло тему наших бесед в Москве, в кружке Вернадского, Шаховского, Корнилова, Новгородцева и других, все о том же, о политическом положении России, о необходимости создать свободную прессу за границей для борьбы с правительством…
Именно Петрункевич в скором будущем финансово поддержал издание печатного органа либерального направления.
В ноябре 1901 года семья Струве выехала в Швейцарию, в декабре за ней последовал и сам Петр Бернгардович. Начались переговоры с различными кругами русской общественности. Если прежние соратники, социал-демократы, категорически отказались иметь дело с новым изданием, социалисты-революционеры выразили свою готовность к сотрудничеству. Также удалось наладить контакты с представителями финской оппозиции, с Бундом. Однако наибольшее значение имели переговоры с земскими деятелями, представители которых приехали к Струве вскоре после обустройства последнего в Германии. «Вы знаете, Д[митрий] И[ванович], ведь дело у него пойдет», — делился впечатлениями с князем Д. И. Шаховским один из видных земских деятелей Н. Н. Львов.
В марте 1902 года П. Б. Струве поселился под Штутгартом, в поселке Гайсбург. Здесь же разместилась и редакция нового журнала — «Освобождение». Посетивший в марте 1903 года Струве С. Л. Франк впоследствии вспоминал:
Как сейчас помню впечатление от дома и семейной обстановки. В большом зале, служившем столовой, на столе сидел годовалый сынишка П[етра] Б[ернгардовича] Лева… навстречу мне вышла, как всегда, сияющая лаской и приветом Нина Александровна, и меня окружили трое старших мальчиков, в возрасте от шести до трех лет. Помню ужин с оживленной беседой, редакционный кабинет, заваленный книгами и бумагами, скромную, почти убогую обстановку квартиры и настроение непрестанного горения мысли, идейного оживления и редакционных текущих забот, наполнявшие всю жизнь П[етра] Б[ернгардовича] и Н[ины] А[лександровны].
Первый номер вышел 18 июня 1902 года.
Только слепые и малосмысленные люди не видят и не разумевают явственных исторических знамений грядущих великих событий; только глухие и оглушенные не слышат работы народных сил, созидающих новый дух, новые общественные отношения, —
утверждал П. Б. Струве в своей первой статье в журнале «Освобождение». Он доказывал зарождение широкого революционного движения, с которым вскоре придется считаться правительству.
Это движение по существу своему либеральное и демократическое: либеральное, потому что оно направлено на завоевание свободы; демократическое, потому что оно отстаивает самые жизненные, материальные и духовные интересы народных масс.
События 9 января 1905 года в Петербурге давно были предсказаны Струве. Согласно дневниковым записям А. В. Тырковой, он подчеркивал «громадное значение зубатовщины и легальных организаций. С них должно начаться движение в России, как оно начиналось и в других государствах». Революция разворачивалась стремительно. Периодические издания в стране становились все более радикальными, цензура не могла контролировать публикации. В итоге журнал «Освобождение» мог даже уступать в резкости изданиям, выходившим в Москве и Петербурге. Спрос на «Освобождение» падал. Журнал выходил все реже, утрачивая свое первоначальное значение. Встал вопрос о его закрытии, к которому Струве относился двояко. 28 июня 1905 года он писал А. А. Корнилову:
