Тверь, сравнительно небольшой город с малочисленным обществом, была «столицей» земского либерализма. Центром притяжения местной общественной жизни была семья Бакуниных. На Дворянской улице в доме Арбузова обсуждались вопросы политики, литературы, философии. Здесь завязывались контакты. Бакунинское гнездо, Прямухино, было известно во всей губернии. Там родился М. А. Бакунин, гостили Н. В. Станкевич и В. Г. Белинский. С Бакуниными Петрункевич познакомился еще в 1864 году, когда учился в Санкт-Петербургском университете. Он жил на углу Большой Морской и Гороховой в мансарде дома Штрауха. А рядом — Г. И. Успенский. Как-то к братьям Петрункевичам пришел Александр Александрович Бакунин, уселся на одну из кроватей и, закурив толстую папиросу, стал расспрашивать об их политических взглядах. Он совсем недавно вернулся в Россию, был среди гарибальдийцев, в Лондоне сотрудничал с А. И. Герценом.
С семейством Бакуниных породнился и Михаил Петрункевич, который был женат на Любови Гавриловне Вульф, племяннице Бакуниных. По их протекции Петрункевич-младший стал старшим врачом в Тверской губернской земской больнице, он пользовался репутацией одного из ведущих организаторов земской медицины. Решением министра внутренних дел Д. А. Толстого он был уволен с должности, однако земство не подчинилось этому решению. Было постановлено никого не назначать на должность старшего врача до восстановления в ней М. И. Петрункевича.
В 1886 году срок ссылки закончился. Петрункевичи проехали по Крыму и вернулись в Черниговскую губернию. Там И. И. Петрункевича избрали земским гласным. Все как будто возвращалось на круги своя — при неизменном внимании к нему со стороны администрации. Петрункевича вызвали в Чернигов к губернатору А. К. Анастасьеву, известному своим самодурством. Тот передал письменный приказ киевского генерал-губернатора А. Р. Дрентельна, согласно которому Петрункевичу запрещалось проживать в Черниговской, Полтавской, Киевской, Волынской и Подольской губерниях. Анастасьев, внешне весьма любезный, утверждал, что не причастен к этому решению и готов ходатайствовать о его отмене, если Петрункевич откажется от звания гласного. Петрункевич был убежден, что на самом деле Анастасьев был зачинщиком этого приказа. И не собирался идти у губернатора на поводу. Он понимал, что, если сложит с себя обязанности гласного, совершит политическое самоубийство. Разумеется, он отказался. Анастасьев не унимался: «Конечно, я понимаю трудность вашего положения, но мне так хочется добиться отмены вашей высылки, что я сделаю вам большую уступку и, хотя не могу быть уверенным в согласии генерала Дрентельна, но все же… попытаюсь его убедить, если вы дадите мне слово, что не будете посещать земское собрание». Петрункевич все более раздражался: «Я нахожу, что это предложение еще менее для меня приемлемо, так как я считал бы недостойным действовать так относительно моих избирателей, только что мне оказавших свое доверие после более чем семилетней моей ссылки». Анастасьев еле сдерживался, но не терял надежды добиться своего. Он обещал содействовать отмене постановления Дрентельна, если Петрункевич даст ему письменные гарантии «придерживаться направления сообразно духу ныне царствующего государя». Петрункевич решил прекратить эту игру: «Позвольте мне, ваше превосходительство, сказать вам, что мы с вами совершенно различно смотрим на наши обязанности. Вы в качестве главы местной власти министра и потому вынуждены менять свое направление сообразно направлению министров. Вы изволили служить при графе Лорис-Меликове, затем при графе Игнатьеве, теперь вы служите при графе Толстом. Все они не похожи друг на друга и каждый вел свою политику, и вслед за каждым из них вам приходилось вести их политику. Я не служащий человек, а простой обыватель. Первая моя обязанность — иметь собственное мнение и иметь честность без утайки моих мыслей поступать согласно с тем, что думаю. Поэтому не только написать вам, но и сказать, что я переменил свои понятия и разделяю направление графа Толстого, было бы чистой ложью. Поэтому ваше предложение я считаю еще более неприемлемым, чем два предыдущие». В ответ Анастасьев дал Петрункевичу 24 часа на устройство дел и отъезд из губернии.
Петрункевич получил право вновь вернуться в родную Черниговскую губернию только в октябре 1904 года: министр внутренних дел П. Д. Святополк-Мирский позволил ему жить там, где ему заблагорассудится. До этого времени Петрункевичи обосновались в Твери, купив 225 десятин в Новоторжском уезде. Покупка земли позволила ему избираться в Тверское земство, и в итоге Петрункевич стал гласным. Это вызвало неудовольствие уже тверского губернатора П. Д. Ахлестышева, но поделать с этим он ничего не смог. Возможно, у молодого губернатора просто не хватило опыта.
В 1889 году Петрункевич получил разрешение поселиться в Москве. Этому способствовала фрейлина императрицы Е. С. Озерова, с которой А. С. Петрункевич встретилась в Царском Селе. Озерова взялась помочь. Она переговорила с министром внутренних дел И. Н. Дурново. Тот признал, что Петрункевича ни в чем определенном не обвиняют, просто около него постоянно собираются «вредные» люди. Озерова возмутилась, обратилась к императрице, и высочайшее вмешательство принесло свои плоды. Благодаря переезду в Москву Петрункевичи смогли дать сыновьям достойное гимназическое образование.
Петрункевичи поселились на Смоленском бульваре:
Раньше я очень мало знал Москву, и только прожив в ней семь лет, прочувствовал всю ее оригинальность и привлекательность, ее действительно своеобразную красоту и резко выраженный национальный характер, благодаря ее церквям, улицам, их названиям, демократической толпе, народной массе, так мало заметной в Петербурге, где преобладали холодная современность, чиновник и интеллигент.
В Москве Петрункевич почти никого не знал. Исключение составлял В. А. Гольцев, с которым он сблизился еще в Твери. По субботам у Гольцева собирались писатели, профессоры, артисты. Обычно такой вечер завершался непритязательным ужином. Петрункевич очень скоро сошелся с завсегдатаями этого «салона». Среди них был и В. И. Вернадский. Тот познакомил Петрункевича со своими близкими друзьями: А. А. Корниловым, князем Д. И. Шаховским, братьями Ольденбургами, а также с П. И. Новгородцевым, В. Э. Грабарем, В. М. Хвостовым. У Гольцева бывали также: М. Я. Герценштейн, С. А. Дриль, Н. А. Каблуков, П. Н. Милюков, С. А. Муромцев, А. И. Чупров, И. И. Янжул… У С. А. Дриля и И. И. Янжула проходили свои вечера, на которых Петрункевич тоже бывал.
Петрункевичи купили имение Машук в Новоторжском уезде Тверской губернии: полуразвалившийся дом, бывшую усадьбу Львовых на высоком берегу реки Тверцы, а еще запущенный парк и большой лес. П. Б. Струве описывал имение так: «Местность у них красивая: имение расположено на высоком берегу довольно быстрой и широкой Тверцы, много красивых и высоких хвойных и лиственных деревьев, вообще все гораздо красивее, чем в Воробьеве, не говоря уже о роскоши усадьбы, представляющей деревенское палаццо». Рядом была дача М. И. Петрункевича в селе Константиново. Там его семья проживала каждое лето. Наконец, Машук — это реальная, а не формальная собственность, составляющая избирательный ценз, а значит, и связь с деревней, корнями. К лету 1897 года усадьба была отремонтирована, и можно было переезжать. К Петрункевичам-старшим присоединилась и семья сына, Михаила Ивановича, с тремя детьми. В 1900 году в Машук переехал доктор М. П. Литвинов с семьей. Летом 1900 года там гостил П. Б. Струве, который познакомился с Бакуниными. В имении Машук встречались люди разных поколений. А. А. Бакунин представлялся Струве либералом 1840-х годов, а И. И. Петрункевич — либералом современным: он «больше реалист в общественных вопросах». По словам Струве, Петрункевич — «один из самых умных людей, с которыми мне приходилось сталкиваться: он легко схватывает самое существенное, остроумно обобщает и формулирует».
