Проконтролировать распределение земель дома Като было поручено группе советников бакуфу во главе с Инаба Масакацу. Это решение тоже стало прецедентом – до этого ни один чиновник такого ранга не ступал на землю острова Кюсю. Новыми хозяевами владений Като стали верные правительству семьи Хосокава, Огасавара и Мацудайра, благодаря чему вся восточная часть острова перешла под контроль бакуфу.
Таким образом, за первые шесть месяцев правления третий сёгун конфисковал земельные владения у двух из пяти крупнейших провинциальных даймё и показал воинской элите, что твёрдо держит власть и готов действовать решительно.
Следующей проблемой для Иэмицу стали отношения с младшим братом Таданага. Благодаря ровному характеру Хидэтада его отношения с сыновьями были вполне благополучными: они регулярно встречались на церемониях в замке и ездили друг к другу в гости. На совершеннолетие отец выделил младшему сыну провинцию Каи, а в 1624 году добавил к ней ещё две, Суруга и Тотоми. Обладание седьмой частью всех земель семьи Токугава с годовым доходом в пятьсот пятьдесят тысяч коку риса сделало Таданага одним из богатейших даймё, а тот факт, что он поселился в Сумпу, откуда его дед Иэясу девять лет правил страной, указывал на особое положение младшего брата сёгуна в системе власти. После того как в 1626 году Таданага получил придворный ранг Старшего советника (дайнагон), его стали почтительно именовать «дайнагон из Сумпу». Его замок располагался на главном тракте между двумя столицами, поэтому удельные князья по пути на службу и обратно не могли проехать мимо. Многие здесь задерживались и гостили по несколько дней. Эти контакты вызывали тревогу и подозрения советников бакуфу, видевших в младшем брате конкурента Иэмицу.
Осенью 1630 года Таданага провёл в своих владениях массовую охоту на обезьян, наносивших большой ущерб урожаю. В результате было уничтожено более тысячи двухсот животных. Практическая польза мероприятия не вызывала сомнения, но обезьяны издавна считались в Японии священными животными, поэтому их массовое убийство вселило ужас в суеверных крестьян и вызвало волнения, о которых было доложено в бакуфу. Кроме того, если верить семейным хроникам Симадзу и Хосокава, весной 1631 года у двадцатипятилетнего Таданага на почве пьянства помутился рассудок. Его прислуга рассказывала о диких выходках хозяина: напившись, он убил буддийского монаха и одного из своих вассалов, а утром, ничего не помня, вызвал их к себе; в приступе гнева зарубил служанку и велел скормить её тело собакам и т. д. В мае 1631 года уже больной Хидэтада отправил младшего сына под домашний арест в провинцию Каи. Осенью его болезнь обострилась, и Таданага попросил разрешения его проведать, а заодно добиться прощения, но получил отказ.
В январе 1632 года Хидэтада умер, и братья остались один на один. Весной Иэмицу снял домашний арест с младшего брата и разрешил ему вернуться в Сумпу, но осенью того же года обвинил в новых проступках – самовольном строительстве поминального храма для отца, тайных контактах с опальным Като Тадахиро и распространении клеветнических слухов о центральном правительстве. На этом основании земельные владения Таданага были конфискованы, а сам он отправлен под домашний арест в Такасаки под надзор одного из местных военачальников. Действительные причины наказания точно неизвестны. По одной из версий, советник бакуфу Дои Тосикацу по согласованию с Иэмицу разослал нескольким неблагонадёжным даймё провокационное письмо, в котором писал, что разочаровался в третьем сёгуне и предлагает общими усилиями привести к власти его младшего брата. Адресаты немедленно доложили о письме Иэмицу, а Таданага этого не сделал, что и стало основанием для репрессивного указа. Однако документальных подтверждений эта версия не имеет.
Через одиннадцать месяцев, в сентябре 1633 года, третий сёгун погрузился в состояние, которое сегодня назвали бы приступом депрессии, – он потерял интерес к жизни, никого не хотел видеть и полностью устранился от государственных дел. Болезнь продолжалась более двух месяцев. Советники бакуфу держали её в тайне и прилагали все усилия, чтобы вернуть интерес Иэмицу к жизни, но всё было напрасно. О состоянии сёгуна стало известно, и по городу поползли слухи, что если он не поправится, то младший брат может занять его место. Перспектива смены власти не на шутку встревожила ближайших соратников Иэмицу – в этом случае они теряли своё положение. Согласно сохранившимся записям, они не раз обсуждали с сёгуном этот вопрос и советовали ему избавиться от младшего брата, тень которого будет всегда над ним нависать.
Решение об устранении Таданага было принято в ноябре 1633 года, когда Иэмицу почувствовал, что начинает выздоравливать. Отправив в Такасаки вооружённый отряд, он передал младшему брату приказ покончить жизнь самоубийством. Незадолго до этого в письме одному из даймё он писал, что «Таданага стал не нужен» (Бито, 1975). Вопрос о том, что делать с младшим братом сёгуна, долго обсуждался с участием советников и кормилицы Иэмицу – всё-таки речь шла о родном внуке Токугава Иэясу и главном претенденте на пост сёгуна, если бы с Иэмицу что-то случилось. Выполнить щекотливое и опасное поручение вызвался Абэ Сигэцугу, верный вассал и ближайший соратник третьего сёгуна. Он заверил его, что всё понимает и готов выполнить волю Иэмицу даже ценой собственной жизни. Действительно, многие даймё могли выступить против беспрецедентного решения, и в первую очередь хозяин замка Такасаки, где находился арестованный младший брат. В этом случае порученцу Иэмицу пришлось бы действовать силой. Шестого декабря 1633 года двадцатисемилетний Токугава Таданага умер, однако обстоятельства его смерти неизвестны. Официально считается, что он выполнил приказ старшего брата и покончил жизнь самоубийством.
Слухи об алкогольном психозе и буйном поведении Таданага впоследствии широко распространились и живо обсуждались, но многие историки сомневаются в их достоверности. Записи в семейных хрониках Симадзу и Хосокава были сделаны уже после смерти младшего брата Иэмицу, хотя описываемые в них события произошли как минимум за полтора года до этого. Если они действительно имели место, то почему о них вспомнили так поздно? И не связано ли это с желанием оправдать поступок сёгуна? В то же время нельзя полностью исключать и того, что стремление к власти и её недосягаемость вполне могли повлиять на честолюбивого младшего брата и стать причиной психического расстройства.
К концу года болезнь отступила, Иэмицу почувствовал себя лучше и вернулся к обычной жизни. При его активном участии было издано несколько указов, систематизировавших служебные обязанности высших должностных лиц бакуфу и порядок представления документов на утверждение сёгуну. Кроме советников (родзю) в штатном расписании появились шесть должностей их заместителей (рокунинсю, впоследствии вакадосиёри) и начальников магистратов (бугё). Помимо всего прочего эти указы провели чёткую линию между новым сёгуном и старшим поколением чиновников, работавших с его отцом. В течение двух лет они были удалены от принятия решений, их места заняли лично преданные Иэмицу вассалы Инаба Масакацу (1597–1634), Найто Тадасигэ (1586–1653), Мацудайра Нобуцуна (1596–1662), Абэ Тадааки (1602–1675), Хотта Масамори (1608–1651), Абэ Сигэцугу (1598–1651), Миура Масацугу (1599–1641), Ота Сукэмунэ (1600–1680).