Императорская столица стремительно превращалась в центр вооружённого сопротивления сёгунату. Потерпев здесь два поражения подряд, княжество Тёсю в августе 1864 года предприняло крупный военный поход на Киото (киммон но хэн, букв. «инцидент у ворот дворца»). Его целями были объявлены защита императорского дома и изгнание из города сторонников бакуфу. Военный губернатор Мацудайра Катамори и Хитоцубаси Ёсинобу общими усилиями отразили нападение, но из-за широкого применения артиллерии с обеих сторон городу был нанесён большой ущерб. Одержав победу, правительство назвало княжество Тёсю врагом императора и объявило против него военный поход. Это повлияло на расклад сил в руководстве княжества и привело к перевороту, в результате которого радикальная группировка была отстранена от власти, а её глава Масуда Тиканобу казнён. После того как новые руководители заявили, что прекращают борьбу и признают бакуфу, поход против Тёсю был отменён. Однако внутренняя борьба в княжестве на этом не закончилась – в декабре того же года радикалы во главе с Такасуги Синсаку свергли новое руководство и вернулись к власти. Объявив себя преемником казнённого Масуда, Такасуги начал готовиться к войне с правительством. Второй военный поход против Тёсю был объявлен в январе 1866 года.
Непримиримый враг иностранцев Накаока Синтаро
Положение бакуфу осложнилось вмешательством западных держав, потребовавших выполнить данное ранее обещание открыть порт Хёго (современный Кобе). В преддверии войны с Тёсю правительство нуждалось в поддержке императора, который уже семь лет отказывался признать «неравноправные договоры» 1858 года, поэтому вряд ли можно было рассчитывать на его согласие в деле открытия города, расположенного всего в шестидесяти километрах от его дворца.
Решить эту задачу взялся Ёсинобу. На правительственном совещании он доказывал, что нарушение обещания, заложенного в соглашения 1858 года, может привести к тяжёлым последствиям. Напоминал, что на иностранных кораблях, стоящих в заливе Осака, орудий больше, чем на всём восточном побережье, и что сопротивляться этой силе страна в данный момент не может. Рациональным компромиссом, по его мнению, было бы признание императором соглашений 1858 года в обмен на обещание правительства иностранцам открыть порт Хёго, но позднее. Переговоры с иностранными послами он обещал взять на себя.
На этом этапе Ёсинобу стал главным действующим лицом сложного переговорного процесса и добился успеха: 5 октября император Комэй утвердил подписанные правительством международные договоры 1858 года. Компромисс был достигнут, однако вызвал волну недовольства с обеих сторон. Радикальные сторонники императора возмущались тем, что после семи лет борьбы против международных договоров ему пришлось пойти на уступку, а в замке Эдо раздражение вызвал тот факт, что важнейшую для бакуфу задачу решил не сёгун с советниками, а доверенное лицо императора, выступавшее от их имени. Уж не намерен ли Ёсинобу вообще отодвинуть их на второй план и всё решать самостоятельно? Такие подозрения высказывались и раньше, когда он сблизился с императором Комэй и перестал появляться в Эдо, а теперь они только усилились.
Все эти события активно обсуждались и влияли на политику княжеств, прежде всего западных. В январе 1866 года руководители Тёсю (клан Мори) добились крупного успеха, заключив накануне войны с бакуфу военно-политический союз с влиятельным княжеством Сацума (клан Симадзу). Главная заслуга в этом принадлежала Сакамото Рёма, Кидо Такаёси и Сайго Такамори. Теперь правительству противостояло не одно, а два крупных княжества. Правда, руководители Сацума прибегли к дипломатической уловке, заявив, что считают предстоящие боевые действия локальным конфликтом двух княжеств – Тёсю и Аидзу, поэтому не будут в нём участвовать. Для Тёсю это означало безопасность его юго-западной границы. Тем не менее армия бакуфу, составленная из отрядов двадцати четырёх княжеств, всё равно имела большой численный перевес.
Боевые действия начались 7 июня 1866 года в провинции Суо и постепенно набирали силу по мере подхода новых отрядов бакуфу. Сёгун Иэмоти, заболевший ещё весной, чувствовал себя всё хуже и, несмотря на все усилия врачей, скончался 20 июля в замке Осака. Во время болезни он говорил советникам, что хотел бы видеть своим преемником Таясу Камэносукэ, которому в тот момент шёл третий год, однако это его пожелание не было документально оформлено, поэтому, пока шли бои, вопрос о следующем сёгуне официально не обсуждался.
Неожиданная смерть главнокомандующего осложнила положение бакуфу, но фактически руководивший боевыми действиями Ёсинобу поначалу был настроен на продолжение борьбы. На предложение князя Сацума: 1) прекратить боевые действия; 2) распустить армию Тёсю и 3) провести правительственную реформу – Ёсинобу ответил отказом. В первых числах августа он выехал в Киото, получил от императора мандат на продолжение боевых действий и объявил, что занимает место Иэмоти во главе правящей семейной ветви Токугава и берёт себе эту фамилию. О должности сёгуна речи пока не шло; несколько месяцев она оставалась вакантной.
Решающее влияние на исход второй войны с Тёсю оказала ситуация на острове Кюсю, где боевыми действиями руководил советник бакуфу Огасавара Нагамити (1822–1891). Несмотря на численное превосходство, правительственные силы были хуже вооружены и слабо мотивированы. Местные командиры, не желавшие воевать против своих соседей, под разными предлогами уклонялись от боевых действий или вообще покидали позиции. Узнав о смерти сёгуна, Огасавара всё бросил и уехал в Эдо. Оставленный им замок Кокура, опорный пункт сил бакуфу, первого августа был сожжён, и боевые действия естественным образом прекратились; на острове Кюсю правительство потерпело поражение.
После этого воевать дальше было невозможно, и Ёсинобу доложил императору, что намерен заключить перемирие. Через своего представителя Кацу Кайсю он сообщил руководителям Тёсю, что согласен расширить участие удельных князей в выработке политики и даже готов обсудить вопрос о передаче власти императорскому дому. Радикальные сторонники бакуфу во главе с княжеством Аидзу были категорически против и требовали продолжения войны, но Ёсинобу сумел настоять на своём.
Представители бакуфу и княжества Тёсю встретились в провинции Аки и 2 сентября подписали мирное соглашение, которое через несколько дней утвердил своим указом император. Таким образом, правительству не удалось одержать победу над княжеством Тёсю; уже тогда соратники слышали от Ёсинобу фразы о том, что «время бакуфу кончилось» (Такано, 1997). Тем не менее пост сёгуна оставался вакантным, и кто-то должен был его занять, ибо как ни критиковали правительство, только оно имело легальный статус и рабочие органы управления.
Пожелание Иэмоти передать пост малолетнему племяннику Таясу Камэносукэ (впоследствии Токугава Иэсато) поддержали некоторые родственники и влиятельные дамы из Большого внутреннего покоя, однако в правительстве это волеизъявление посчитали несостоятельным, как и всё правление четырнадцатого сёгуна. Назначение трёхлетнего мальчика главой бакуфу грозило окончательно обрушить и без того шаткое доверие к сёгунату и ускорило бы его кончину. Дважды кандидат в сёгуны Токугава Ёсинобу, фактически руководивший правительством все эти годы вместо Иэмоти, не имел конкурентов, однако в новых условиях его назначение требовало, во-первых, одобрения императорского дома, а во-вторых, признания со стороны воинской элиты.