По сравнению с более поздними устройствами для амплификации ДНК, 7700 был тяжелым металлическим чудовищем. Хотя его ширина составляла всего 94 сантиметра, он весил 130 килограммов (вместе с подключенным компьютером Apple). Его передняя часть была скошена над рядом вентиляционных решеток, которые проходили почти по всей длине аппарата. Правый передний угол представлял собой пластмассовое поднимающееся окошко, за которым под теплоустойчивой крышкой проходили сами реакции. Инструкции производителя были элементарными. У меня были стиральные машины с документами посложнее. Работники О’Лири поднимали окошко и крышку, открывая «тарелку» из 96 крошечных лунок, покоящихся на нагревательном «блоке». В них они вставляли «ряды» запечатанных пластиковых пробирок, содержащих ткань кишечника, кровь или спинномозговую жидкость в растворе специальных химических реагентов. Вокруг помещались различные контрольные пробирки: отрицательные, содержащие, например, дистиллированную воду, и положительные, с вирусом кори.
После запуска компьютера начиналась автоматическая молекулярная амплификация. Если в пробирках содержалось то, что надеялся найти О’Лири (нити РНК вируса кори), машина преобразовывала их сначала в одиночные комплементарные нити ДНК, а затем и в полные двойные спирали. При быстром нагревании пробирки они распадались, после чего фермент, называемый «Taq-полимеразой», запускал самое настоящее чудо. Taq достраивал двойную спираль к каждой нити из отдельных нуклеотидов – аденина, тимина, цитозина и гуанина, или A, T, C и G. Затем аппарат охлаждал пробирки, далее подсчитывались двойные спирали, только теперь их становилось вдвое больше. Таким образом, каждая отдельная цепь РНК становилось одной, а затем и двумя комплементарными цепями ДНК. С каждым циклом их количество экспоненциально удваивалось, пока не образовывались миллиарды копий.
Каждая пробирка оценивалась с помощью лазера, 7700 подсчитывал циклы и графически отображал, сколько цепей присутствовало в каждом цикле (если они были). Таким образом, можно было вычислить, сколько РНК было в пробирке с самого начала. Быстро. Легко. Персоналу лаборатории нравилось так думать. Но здесь были и подводные камни. Хотя компания Carmel планировала рекламировать инвесторам, что аппарат 7700 будет диагностировать как болезнь Крона, так и «аутистический энтероколит», ее производитель не считал, что такое использование было бы правильным. В руководствах по эксплуатации, технических руководствах и брошюрах выделено жирным шрифтом:
Только для исследований.
Не использовать в диагностических процедурах.
Одна из причин такой рекомендации заключается в том, что если при работе с такими чувствительными молекулярными технологиями что-то может пойти не так, то в клинической практике, при работе с потоком материала, это обязательно случится. Несмотря на то что после загрузки пробирок вы получаете результат, преобразованный Apple из цифрового потока в линейные графики, все не так просто. За всеми приспособлениями скрываются хрупкие биологические реакции, требующие со стороны исследователей, скорее, творческого подхода и креативности, чем технических навыков.
За этим и приехали Дада и два ее детектива. Они прибыли оценить подход. Каждый запуск аппарата регистрировался, и сам процесс полностью записывался в цифровом виде и мог быть изъят для иска. О’Лири предоставил суду «отчеты об экспериментах», в которых приводились результаты анализа образцов из Royal Free. Но Apple зарегистрировала гораздо больше, чем было необходимо фармацевтическим компаниям. Очень большой объем данных – около 4 тысяч продвижений каждой пробирки.
Гивер, мужчина 46 лет, с черными волосами и массивной челюстью привлекал внимание не только своей внешностью. У него была степень кандидата наук в области молекулярной вирусологии, а его лаборатория одной из первых получила тот самый 7700. Результаты своей проверки он изложил на 49 страницах анализа. Он утверждал, что там использовались «совершенно неуместные» и «совершенно ненадежные» методы, а еще были упомянуто «отсутствие надлежащих суждений», «неадекватный контроль» и «ложноположительные срабатывания» аппарата. Да, за его профессиональное мнение заплатила Big Pharma. Но он был не одинок в своей критике. Второй анализ был проведен голландским консультантом Бертусом Рима, профессором молекулярной биологии Queen’s University в Северной Ирландии. Он тридцать лет изучал корь. Третью проверку осуществил профессор вирусологии Питер Симмондс из Эдинбурга, Шотландия, который в последнее десятилетие слыл самым цитируемым микробиологом Великобритании.
«Рима и Симмондс придерживались того же мнения».
«Бессмысленно… подозрительно… бесполезно… сомнительно…».
«Совершенно неприемлемо… результаты недействительны… недостоверны… противоречивы… несостоятельны»
Мне потребовались бы недели, чтобы осмыслить все причины подобных суждений. Но одна простая проблема, которая доступна даже мне, касается основного процесса в аппарате. При желании вы можете запускать циклы столько раз, сколько захотите. Но если лазеры не уловили сигнал из пробирок через пару циклов (по существу, после 35, не более), нужно принять тот факт, что искомого генома нет или же скорректировать настройки и начать все сначала. Иначе в аппарате закончатся реагенты, и фоновый шум миллиардов хаотично амплифицированных молекул ДНК, образно говоря, заглушит любой сигнал.
Все источники с этим согласились. Даже YouTube. Но на всякий случай отправляю запрос производителю. Позже унаследованный многонациональной компанией Thermo Fisher Scientific, 7700 принадлежал ее группе Life Sciences, чей вице-президент по исследованиям и разработкам Винод Мирчандани написал мне из Сан-Франциско. «Мы считаем, что если начнете видеть какой-то слабый сигнал лишь после 35 циклов, это, скорее всего, не искомый геном», – ответил он мне. Он объяснил, что надежные результаты появляются раньше, почти в первых циклах, и графики на Apple показывают резкий рост перед плато, поскольку процесс замедляется. В более поздних циклах, объясняет он от имени производителей оборудования, вы можете «получить много фонового шума» и «ложных срабатываний».
Но ирландский патологоанатом и его команда смотрели на процесс по-другому, с некоторым энтузиазмом по поводу вируса кори. Отчеты Apple, которые они подали для иска, показали, что образцы, взятые в Хэмпстеде, в том числе у Ребенка номер Два, тестировались сериями до 45 циклов. В одном случае пробирка нагревалась и охлаждалась 50 раз. Рима сказал, что фирма Барра поделилась планами повторно протестировать образцы из Уорвика с помощью 70 (!) циклов.
Тем временем Бастин, второй детектив Дады, раскрыл деяния О’Лири другим путем. Бастину было 49 лет, он имел докторскую степень по молекулярной генетике. Этот англичанин с дерзкими манерами был настоящим фанатом ПЦР. Он писал об этом, учил этому и, наверное, даже видел во сне термоциклы. Через несколько дней после того, как его наняли для оценки методов О’Лири, Бастин задумался… и засомневался.
Он изучал графики Apple, полученные с ирландского аппарата в результате раскрытия информации для судебного иска. Из 96 лунок 51 была в эксплуатации: от A1 до E3. Пробирки загружали в двух экземплярах (по две на ребенка, в зависимости от типа контроля), как и принято в такого рода работе. Но 51 – это нечетное число. Не могла же E4 пропала без вести. Необходимо было узнать, прав он или нет. Эта аномалия могла быть ключом к разгадке. То, что, по-видимому, отсутствовало, было контролем «без образца», то есть пробиркой с реагентами, но без биологического материала. Без вируса кори. Если бы пробирка в этом лунке дала положительный результат, это означало заражение материала извне – бич ПЦР. И если лунка была пуста, то, возможно, кто-то просто затушевал результат.
