Хотя Канун-наме не приписывает особых функций ведущим мамлюкам, известным как беи, они получали официальное жалованье и, очевидно, продолжали покупать мальчиков — кавказцев и босняков — и обучать их военному делу. Таким образом, хотя каста мамлюков сохранялась, ее единство было нарушено, и она приобрела фракционный характер. Мамлюки поставляли в полки своих командиров и солдат, а также получали важные назначения, такие как амир аль-хадж — глава мусульман, совершающих ежегодное паломничество, и амир аль-хазна — глава каравана, везущего дань в Стамбул. Они господствовали в диване наместника, который приобрел некоторую важность, ввиду короткого пребывания в должности большинства наместников. В то же время диван в Стамбуле стал чисто церемониальным. Когда наместник отбывал до прибытия своего преемника, диван назначал исполняющего обязанности (каймакам).
На события в Египте и других провинциях начиная с конца XVI века оказывали влияние ослабление центрального правительства и финансовые трудности. Хотя теперь обрабатывалось больше земли, Египет нередко страдал от голода, и его некогда важная внешняя торговля пребывала в застое. Выплата ежегодной дани, которая в XVI веке составляла 500.000 золотых монет, была тяжкой ношей. К ней еще добавлялись имперские расходы, такие как поставки продовольствия для Хиджаза, пенсии, подлежащие выплате в Мекке, военно-морские экспедиции, оплата гарнизонов на зависимых территориях на Красном море, покупки пороха для арсеналов Стамбула, сахара для султанской кухни и т. д. Жесткие финансовые условия, вероятно, объясняют, почему функцию сбора налогов все чаще отдавали на откуп мультазимам. Еще до конца XVI века местное управление перешло в руки беев, которые почти всегда были мамлюками, и кашифы стали их подчиненными. Экономические причины также лежали в корне первых армейских мятежей.
Османский Египет в XVI веке прошел через почти полностью лишенный событий период внутренней истории, но сыграл некоторую роль в истории Красного моря и Индийского океана.
Турки-османы и португальцы
После открытия Васко да Гамой маршрута вокруг мыса Доброй Надежды в 1497–1499 годах португальцы обосновались на берегах Западной Индии и Восточной Африки и с 1503 года вели военные действия против мусульманского судоходства. Под командованием Афонсу де Албукерке они намеревались захватить стратегически важные точки на морских путях Индийского океана. В 1510 году они взяли Гоа, который сделали своим штабом, а в 1511 году — Малакку. В 1507 году высадились в островном порту Ормуз, в 1508 году взяли Маскат и в 1515 году одержали верх на Персидском заливе, когда с третьей попытки захватили Ормуз. Они также попытались, но безуспешно, получить базу для операций на Красном море. Остров Сокотра, где в те времена жило христианское население, был оккупирован португальскими силами с 1507 по 1511 год, однако он оказался бесполезным для их целей ввиду отсутствия безопасных якорных стоянок. В 1513 году Албукерке появился в районе Адена, но его атаку успешно отбило местное население. Затем он вошел в Красное море, намереваясь установить контакт с абиссинскими христианами и напасть на Джидду. Ему не удалось достичь ни одной из этих целей, однако он уничтожил много мусульманских судов, в том числе с паломниками.
Мамлюкский султан Кансух аль-Гаури ответил в 1505 году на вызов португальцев, назначив курдского адмирала Хусейна правителем Джидды, которую он укрепил и сделал военноморской базой. В 1508 году Кансух послал Хусейна с сильным флотом на помощь султану Махмуду из Гуджарата, и совместный флот Египта и Гуджарата одержал победу над португальцами в районе Чаула (южнее Бомбея). А в 1509 году он потерпел поражение в районе Диу. Другой египетский флот направился в Гуджарат в 1515 году и на обратном пути высадил отряд мамлюков в Йемене. В 1517 году португальский флот под командованием Лопу Суариша вошел в Красное море, надеясь уничтожить египетский флот (который к этому времени уже перешел во владение османов). Подойдя к Джидде, которую он нашел слишком хорошо укрепленной, Суариш занял остров Камаран и построил там форт. Но через три месяца, потеряв почти всех своих людей из-за болезни, он покинул остров. Позднее он разграбил Сайлу и подошел к Адену, но был вынужден отойти. Другой португальский флот доставил посольство к негусу (императору) Абиссинии в 1524 году. Арабы Адена неохотно подчинялись османам и потому временами проявляли желание сотрудничать с португальцами. Они вместе разгромили османский флот, отправленный из Суэца в 1529 году. После захвата португальцами Диу в 1537 году мощный османский флот под командованием наместника Египта Хадыма Сулейман-паши в 1538 году отправился из Суэца и Джидды в Гуджарат и по пути захватил Аден. Турки осаждали Диу три месяца, но в 1539 году им пришлось уйти ни с чем: тогда жители Гуджарата договорились с португальцами. Последняя португальская экспедиция на Красное море отправилась с Гоа в 1541 году. Ею командовал Эстевао да Гама, сын Васко. Флот сначала зашел в Массауа, где на берег высадился отряд из 400 человек под командованием его брата Криштовао. Им предстояло сыграть большую роль в истории Абиссинии. Затем он приготовился к атаке на Джидду, но натиск португальцев был отражен шерифом Мекки Абу Намаем. Рассчитывая встретить османский флот, он вышел в море и дошел до устья Суэцкого залива, но двигаться дальше не решился. Война на море с португальцами продолжилась известным турецким навигатором и картографом Пири-Рейсом, когда он был назначен капудан-пашой (адмиралом) Египта. В 1457 году он снова взял Аден, где арабский вождь взбунтовался и попросил помощи у португальцев.
В 1451 году он вышел в море с сильным флотом, имея целью изгнать португальцев из Персидского залива. После восемнадцатидневного обстрела он захватил Маскат, неудачно осадил Ормуз и, лишившись многих кораблей, ушел в Басру. После этого португальцы вернули Маскат и продолжали господствовать в Персидском заливе еще семьдесят лет. Пири-Рейса обвинили в провале экспедиции и в 1554/55 году казнили в Каире. Другой турецкий адмирал, Сиди Али-Рейс, был послан, чтобы привести корабли из Басры в Суэц. Но они были повреждены штормами и выброшены на индийский берег. Османские турки, несмотря на то что владели Басрой, больше не делали попыток установить господство в Персидском заливе.
Однако в Красном море османское господство было прочным. Несмотря на португальское присутствие в Индийском океане, мусульманские корабли с паломниками и грузами, не встречая препятствий, доходили до Джидды и Суэца. Египетская и венецианская транзитная торговля перцем и специями, которая резко упала в последние годы режима мамлюков, в середине XVI века начала постепенно возрождаться. В 1554 году Сиди Али-Рейс составил в Ахмадабаде, Индия, всеобъемлющее руководство по навигации в Индийском океане, основанное на рассказах моряков. Сила и напористость португальцев к этому времени пошла на спад, особенно после объединения в 1580 году испанской и португальской корон. Нападения на их поселения в Маскате и Восточной Африке имели место в 1580, 1584 и 1589 годах. Тогда кораблями из Мохи командовал турецкий корсар Мир Али-бей, который, в конце концов, был взят в плен. Вопрос о масштабных военных действиях османов в Индийском океане больше не ставился. По мере уменьшения португальской угрозы османское правительство мало-помалу утратило интерес к Индийскому океану, Йемену и Абиссинии.
