В то же время возобновились междоусобные войны с другими ханствами. Эмир Хайдар (правил в 1800–1826 годах) начал правление с убийства большого числа своих родственников, и эта безжалостная предосторожность в основном предотвратила внутренние конфликты. В 1804 году он отразил нападение из Хивы, а потом ввязался в затяжную и упорную войну с ханом Коканда. В 1821 году он попал в опасную ситуацию, когда вторжение хивинских войск и их подход к воротам Бухары совпали с восстанием китай-кипчаков, узбекского племени, жившего между Самаркандом и Бухарой, которые были доведены до открытого неповиновения налоговым гнетом и набором в армию. Восстание было подавлено в 1825 году. Второе восстание этого племени и мятеж в Самарканде произошли в 1826 году, но ни к чему не привели.
Тем временем Хайдар умер, оставив казну пустой из-за больших расходов не только на войны, но и на гарем. Его преемник Насрулла (правил в 1826–1860 годах), занявший трон посредством того же жестокого метода, описывается современниками как безжалостный тиран, окружавший себя аналогично настроенными льстецами неизвестного происхождения. Однако у него не было недостатка в энергии. Он спонсировал новые ирригационные работы, укрепил армию и создал артиллерию. Борьба с другими ханствами и с инакомыслящими в собственном государстве в период его правления продолжалась. Его последовательные кампании против Коканда, проходившие с 1839 года и далее, завершились неудачами. С 1842 до 1846 года он воевал с Хивой. Его многолетней целью был Шахрисабз («Зеленый город», расположенный к югу от Самарканда), который его войска не могли завоевать до года его смерти. Постоянные военные действия истощили силы страны. Шахрисабз был одним из многих городов и регионов Бухарского ханства, ставших практически независимыми от центрального правительства. Другим был регион Балха, который бухарцы захватили в 1826 году, однако в 1849 году он перешел к афганцам. Пока центральноазиатские ханства слабели, Афганистан набирал силу и постепенно выходил на передний план. За Центральной Азией, как и за Афганистаном, пристально наблюдали русские и британцы. Обе страны отправили послов ко двору эмира Бухары. Сын и преемник Насруллы Музаффар ад-Дин (правил в 1860–1885 годах) не изменил политику отца в свете явного интереса со стороны двух европейских держав. Он продолжал местные сражения и до 1886 года находился в состоянии войны с Кокандом. В 1865 году его войска потерпели неудачу, пытаясь овладеть Ташкентом. В начале его правления был утрачен Шахрисабз.
Все это время границы Российской империи продвигались к Бухаре. Тюркские племена Центральной Азии одно за другим подчинялись превосходству русской власти. В одних случаях они покорились добровольно, как, например, казахи, вожди которых впервые установили контакты с русскими царями еще в 1594 году. Башкиры, жившие на Урале, к северо-западу от казахов, подчинились Ивану IV в 1554 году. Казахский хан Тауке укрепил западные связи своего народа, когда в 1694 году принял посла из Москвы, а в 1698 году — от калмыков — буддистского ойратского племени, мигрировавшего на нижнюю Волгу. Хотя казахи в 1698 году потерпели поражение на востоке от джунгаров, Тауке сумел сохранить лидерство, возможно, при поддержке Российской империи. Он был творцом законов своего народа и умер в 1718 году. Когда джунгары возобновили свои нападения и в 1723 году отобрали у казахов Ташкент, Сайрам и город Туркестан, большие группы казахов, объединенные в Старший и Средний жузы, подчинились джунгарскому правлению. Киргизы на Енисее сделали то же самое. В это время ближайшим русским форпостом был недавно построенный форт Усть-Каменогорск в верхнем течении Енисея. В этой критической ситуации хан Младшего жуза Абулхайр, которого все казахи ранее признали своим властелином, в 1730 году обратился к Российской империи и предложил царю свою преданность. Заключенный тогда договор в последующие десятилетия несколько раз возобновлялся. Одним из его результатов было то, что русские, начавшие наступление вверх по Сырдарье в 1847 году, могли рассчитывать на симпатии со стороны казахов. Более того, в глазах казахов они были союзниками против Бухарского и Хивинского ханства, которые держали в подчинении группы казахов. В то же время действия русских по ограничению власти казахской знати спровоцировали восстание, которое началось в 1842 году и не было окончательно подавлено до 1873 года. Его лидерами стали султан Кенесары (умер в 1847 году) и его сын Сиддик. Казахам была навязана русская административная система законоположениями 1822 и 1867–1869 годов.
К середине XIX века Российская империя стала близким, хотя и не непосредственным соседом Бухары. По оценкам путешественников того периода, численность населения ханства составляла 2,5–3 миллиона человек: половина — земледельцы и жители городов, половина — скотоводы. В городе Бухаре жило около 70.000 человек (из них три четверти могли говорить и на персидском, и на тюркском языке). В Самарканде жило около 30.000 человек. Ханство тогда протянулось от теперешнего Афганского Туркестана и Гиссара в Таджикистане до города Туркестан и западного входа на Ферганскую долину, где Ура-Тюбе (Истаравшан) и Ходжент оспаривались Кокандским ханством. Мерв перешел к Хиве в 1825 году.
С 1861 года русские возобновили движение в южном направлении. Они вступили в бой с бухарскими войсками в 1866 году и снова в 1868 году и одержали верх. В июле 1868 года эмир Музаффар ад-Дин был вынужден принять русский протекторат и уступить большую часть своей территории, в том числе Самарканд, который был занят генералом К.П. фон Кауфманом 14 мая 1868 года. С помощью русских эмир сумел получить некоторую территориальную компенсацию на юго-востоке. Русская верховная власть лишила Бухару свободы вести внешнюю политику, но не затронула внутреннее управление страны и ее религиозную жизнь.
Коканд
Город Коканд и окружающий его регион Ферганы, расположенный в среднем течении Сырдарьи, начал освобождаться от хватки Джанидов в конце XVII века, когда Бухару сотрясало восстание и там повсеместно царили беспорядки. Фергана, защищенная почти со всех сторон горами, была не столь открыта, как территории к северу и западу от нее, для проникновения джунгар и потому стала убежищем для народов, подвергавшихся их нападениям. Мигранты приносили с собой новые профессиональные навыки и богатство и радикально изменили этническую структуру. В XV веке в Фергане жили тюрки и сарты (то есть иранцы; также их называли таджиками). Тюрки селились в основном вокруг Андижана, сарты — вокруг Маргалана (Маргилана) и Соха. В начале XVI века к ним добавились узбеки. Следующими мигрантами стали киргизы, которые начали прибывать в конце XVI века и в течение XVIII века закрепились у подножия Алайского хребта, расположенного к югу от долины, а потом у хребтов Памиро-Алайской горной системы к востоку и северо-востоку. Другой значимой группой было племя кипчаков, говорившее на узбекском языке, но имеющее такую же социальную структуру, как киргизы. К этим более или менее определенным этническим группам в XVIII веке добавились мигранты с других территорий: сарты из Самарканда и Бухары, узбеки, изгнанные из своих домов джунгарами, каракалпаки и другие тюркские племена и беженцы из бассейна Тарима после китайских завоеваний.
Поскольку большинство мигрантов не имели связей с Бухарским ханством, отделение Ферганы произошло без потрясений. Им руководил вождь по имени Шакрух (умер в 1722 или 1723 году), который вел свой род, согласно одним источникам, от Шейбанида Абулхайра, согласно другим — от Тимурида Бабура. Новая династия из мингов, которые много лет ее всячески поддерживали, оказалась жизнеспособной. Она многое сделала для развития городов, расширения ирригационной системы, развития сельского хозяйства и выращивания шелкопряда. Особое внимание уделялось важной транзитной торговле, которая велась через Восточный Туркестан. В Фергане, как и в бассейне Тарима, семейства ходжей были влиятельными, но их претензии постепенно были пресечены. Авторитет правящей семьи долго оставался слабым и небольшим в территориальном отношении. После китайского завоевания Восточного Туркестана в 1759 году Коканд потрясли внутренние беспорядки, и его ханы в последующие десятилетия посчитали целесообразным согласиться с верховной властью Китая. Кроме Коканда, в Фергане и вокруг нее было еще несколько небольших государств, что говорило о существовании множества этнических групп, не желавших ассимилироваться. Только в XIX веке стала очевидной тенденция слияния, даже между узбеками и таджиками. Определенные группы сохранили племенную организацию и в XIX веке, а с ней и собственное политическое влияние. Среди них были кипчаки, отличавшиеся от своих языковых родственников — узбеков, и в 1920 году во время переписи населения были указаны как отдельное сообщество численностью 4000 душ. Ходжент и горные долины в горах к юго-западу от Коканда были населены иранцами, по большей части горными таджиками, которых именовали галча (от gharcheh — пещерный житель).
