С 1426 года в замке Зонненбург находилась резиденция Бранденбургского бальи иоаннитов. В настоящее время, наряду с бывшей Орденской церковью, там сохранилось административное здание Орденского правительства, перестроенное Герренмейстером Иоганном Морицем князем Нассауским (1652–1679 гг.), фасад которого украшен надписью «Правительство и Магистрат Мальтийского Ордена Св. Иоанна» (St. Johanniter Maltheser Ordens Regierung und Magistrat). Надпись свидетельствует о том, что, невзирая на имевшие в тому времени место конфессиональные различия и широчайшую автономию Бранденбургского бальяжа, бранденбургские иоанниты продолжали ощущать себя составной частью общеевропейского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты.
Орденская управа (Ordensamt) Зонненбург владела 28 381 моргенами земли. В состав ее владений в 1802 году входили города Гейнерсдорф, Лауков, Лимериц, Маусков, Меков, Эниц, Кришт, Прибров и Требов. Наряду с Орденскими управами Рампиц, Грюнеберг, Коллин, Фридланд и Шен-кендорф, Зонненбург относился к числу Орденских владений, с которых получал свои доходы (респонсии) Герренмейстер. После восстановления бальяжа в Пруссии в Зонненбурге в 1858 года была основана одна из первых орденских больниц на 48 коек, рассчитанных, по решению Капитула, на 36 больных и 12 смертельно больных, с детским отделением на 12 дополнительных коек.
В 1415 году Герренмейстер приобрел Бранденбургскому бальяжу в собственность новую комменду Швибус и, имея поддержку в лице энергичного маркграфа, на верность которому он предусмотрительно присягнул, стал править из Орденской резиденции в Зонненбурге наподобие светского владетельного князя. Отчуждение Бранденбургского бальяжа от Германского «языка» Ордена Святого Иоанна к тому времени зашло уже так далеко, что Великий Приор Германский по всей форме потребовал упразднить Бранденбургский бальяж, как не выполняющий свои уставные задачи. Однако позиции последнего в Бранденбурге настолько укрепились, что требование Приора не возымело должного эффекта. В 1460 года курфюрст Бранденбургский Фридрих II Железный своей жалованной грамотой утвердил «Орден иоаннитов в Бранденбурге» (назвав его именно Орденом, то есть самостоятельной организацией а не «бальяжем»!) во владении 70 городами, селами и имениями, расположенными в его владениях.
В таком положении Бранденбургский бальяж Ордена иоаннитов находился до момента, когда в Германии разразилась антикатолическая Реформация. Военный поход Герренмейстера в 1527 года против поляков, захвативших орденский замок бранденбургских иоаннитов Мезериц, был прерван курфюрстом Бранденбургским Иоахимом по соображениям высшей политики. По требованию курфюрста, не желавшего ссориться с поляками, иоаннитскому войску пришлось отступить. В результате раздела Бранденбургского наследства в 1535 году маркграф Иоганн получил во владение Новую Марку и стал тем самым новым покровителем всех иоаннитов Северной Германии.
Этот расчетливый и экономный государь, типичный протестант (тогда еще только по духу; его формальный переход в лютеранскую веру состоялся тремя годами позже), стремился не к сиюминутным выгодам, а к обеспечению своих долгосрочных, стратегических интересов. Он не помышлял о конфискации владений иоаннитов и роспуске их Ордена хотя бы потому, что думал обратить себе на пользу неприкосновенность Орденских владений. Маркграф с полным основанием рассматривал Герренмейстера иоаннитов как богатейшего из своих вассалов, способного извлекать пользу для себя и для своего сюзерена из орденских владений, в том числе и расположенных за пределами Новой Марки.
Зависимость иоаннитов от их светского сюзерена наглядно проявилась и в отношении Бранденбургского бальяжа к охватившей всю Германию антикатолической Реформации. Когда маркграф Иоганн в 1538 году перешел из католической веры в лютеранскую, его примеру последовал целый ряд иоаннитских комменд (первоначально — в Мекленбурге). Два комтура иоаннитов в 1544 году даже публично продемонстрировали свой переход в протестантизм, нарушив один из основных обетов Ордена Святого Иоанна — обет целомудрия — и вступив в законный брак по лютеранскому обряду. Это дотоле неслыханное среди германских рыцарей-странноприимцев открытое нарушение Орденского Устава вызвало настоящую «цепную реакцию». Невзирая на протесты Великого Приора Германского, почти все иоанниты Бранденбургской марки перешли в лютеранство, что, по сути дела, означало открытый разрыв с папским престолом, Великим Магистром на Мальте и Великим Приорством Германии, и окончательно поставило бранденбургских рыцарей Святого Иоанна в полную зависимость от светского сюзерена.
Тем не менее, никаких репрессивных или дисциплинарных мер со стороны Ватикана, Великого Магистра и Великого Приорства в отношении строптивых бранденбургских иоаннитов так и не последовало. В описываемый период времени всеми орденскими делами бальяжа от имени Герренмейстера занимался сам маркграф Бранденбургский. Полномочия же Герренмейстера ограничивались чисто административными вопросами. Сохранилось описание положения Бранденбургского бальяжа в 1550 года, обсуждавшегося на заседании капитула. В коммендах бранденбургских иоаннитов насчитывалось всего лишь по два-три орденских брата, занимавшихся исключительно хозяйственными (главным образом сельскохозяйственными) вопросами.
Визитация (посещение представителями вышестоящих орденских структур с контрольно-ревизионными целями) этих «орденских домов» происходила не чаще, чем раз в два-три года. Ежегодно 24 июня (в «Иванов день», то есть день Святого Иоанна, общеорденский праздник всех госпитальеров) комменды Бранденбургского бальяжа иоаннитов сдавали деньги в Зонненбургскую управу. Стремясь максимально привязать к себе Орден, маркграф Иоганн (Ганс) назначил своего канцлера, беззаветно преданного ему юриста Франца Наумана, коммендатором иоаннитов в новой комменде Шивельбейн, а в 1564 году добился избрания Наумана Герренмейстером (с этой целью предварительно даровав ему дворянство).
Однако новый Герренмейстер, совершенно неожиданно для своего патрона, самолично посвятившего его в рыцари, стал слишком рьяно защищать интересы бранденбургских иоаннитов, чем вызвал гнев маркграфа и даже был вынужден, будучи протестантом, бежать от преследований своего протестантского же сюзерена в Прагу, под защиту католического (!) Великого Приора Богемского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. В отместку маркграф отнял у Ордена Святого Иоанна Иерусалимского владения Фридланд и Шенкендорф, на которые впоследствие тщетно претендовало Великое Приорство Богемское. Иоаннитам становилось все труднее сохранять свою власть над коммендами, расположенными за пределами Бранденбургской марки. В 1544 году комтурство Цахан, принадлежавшее Ордену Святого Иоанна с 1318 г., пришлось продать герцогу Барниму Померанскому.
Сохранить во владении Орденскую комменду в Брауншвейге удалось лишь согласившись на введение там кондоминиума (совместного управления) Герренмейстера и членов семейства герцогов Брауншвейгских. В Мекленбурге иоаннитам не осталось ничего другого, как в 1593 году уступить тамошнюю богатую комменду герцогам Шверинским, номинально признавших себя «ленниками (вассалами) Ордена Святого Иоанна». На все возражения Великого Приора Германского, пребывавшего в Гейтерсгейме, бранденбургские иоанниты неизменно отвечали, что в столь беспокойные времена лишь поддержка сильной власти светских государей сможет обеспечить Ордену иоаннитов гарантию на будущее, и поэтому ссориться с ними не следует.
