Однако конница «франков», шедшая в арьергарде, неся постоянные потери от магометанских стрел и не дождавшись королевского приказа, сама перешла в контратаку. Причем эту контратаку возглавили иоанниты, по приказу своего Магистра фра Гарнье де Наплуса, опасавшегося, что войско Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, еще не восстановившее свои ряды после тяжелых потерь, понесенных в битве при Хиттине, может быть полностью истреблено при Арсуфе, ибо сарацины наседали, и потери иоаннитов — в особенности потери конского состава — неуклонно возрастали.
Дабы спасти своих конных воинов-монахов от поголовного уничтожения, Магистр сам повел их в контратаку. За иоаннитами потянулись и остальные крестоносцы, шедшие в хвосте колонны.
Вообще-то для всего христианского войска это нарушение дисциплины (типичное для рыцарской вольницы, но отнюдь не для орденских рыцарей-монахов, всегда выгодно отличавшихся от рыцарей-мирян своей дисциплиной) могло закончиться трагическим финалом.
Однако, по счастливому стечению обстоятельств, в момент, когда иоанниты контратаковали сарацин, король Ричард, мгновенно и правильно отреагировав на вызванное иоаннитами изменение боевой ситуации, и сам приказал своей конной «кованой рати» начать контратаку. Под натиском рыцарской конницы «франков» сарацины дрогнули и обратились в бегство. Так «по вине» госпитальеров Ордена Святого Иоанна крестоносцами была одержана победа над «безбожными агарянами», развеявшая миф о непобедимости сынов Измаила, господствовавший в умах «латинян» (да и православных) после сокрушительного разгрома армии Иерусалимского королевства султаном Саладином в битве при Хиттине.
В 1291 г., несмотря на всю доблесть рыцарей Красного Креста (тамплиеров) и рыцарей Белого Креста (госпитальеров), сражавшихся бок о бок, Аккон, а с ним — и вся Святая Земля были потеряны под натиском мусульманских войск. Великий Магистр иоаннитов Жан де Вилье, страдавший от тяжелой раны, и кучка уцелевших рыцарей едва успели проложить себе мечами дорогу на последнюю орденскую галеру. Разбитые и израненные, но не сломленные, рыцари-крестоносцы высадились на Кипре, где их дружески принял титулярный король Иерусалима и Армении Ги де Лузиньян. Орден Святого Иоанна стал вассалом короля Кипра (как сохранившего титул короля Иерусалимского) и получил от него в лен владение Лимасол (Лимисо) на правах феода. На Кипре Орден госпитальеров слился с изгнанным из Иерусалима военно-монашеским Орденом Святого Самсона, и этот союз стал именоваться «рыцари Кипра».
Как совершенно правильно указано в «Истории Мальтийского Ордена» А. Р. Андреева, В. А. Захарова и И. А. Настенко, в соответствии со средневековым ленным правом Орден, хотя и сохранял определенную свободу в решении своих собственных дел, но вынужден был находиться в определенной зависимости у своего сеньора, что выражалось, в частности, в необходимости уплаты дани и несения вассальной воинской повинности в течение определенного числа дней в году. Таким образом, уже в это время стала проявляться двойственность правового статуса Ордена, который с одной стороны, в качестве духовно-рыцарского братства, был подчинен папе римскому, а с другой, в качестве светского вассала-ленника подчинялся своему сеньору.
Благодаря притоку новых рыцарей из Европы, Орден госпитальеров вскоре вновь обрел утраченное было могущество и был преобразован самым решающим образом, что послужило предпосылкой дальнейшего развития его внутренней структуры и его положения в рамках сообщества народов Западной Европы.
На Кипр буквально хлынули рыцари и деньги со всей «латинской» Европы. Был построен большой госпиталь. Но вскоре рыцарям-госпитальерам стало уже тесно в отведенных им на Кипре владениях. К тому же кипрские короли из рода Лузиньянов стали пытаться подчинить Орден «рыцарей Кипра» себе.
В то время как Орден тамплиеров и Тевтонский Орден, после утраты Святой Земли, переместились на родину своих рыцарей и, несмотря на свое богатство и могущество, в конце концов впали в зависимости от тамошних светских сеньоров, рыцари Ордена Святого Иоанна и Госпиталя Иерусалимского решились на завоевание острова Родос в Эгейском море. Успех, сопутствовавший этому завоеванию, а также частые нападения «варварийских (берберийских) пиратов» (магометанских корсаров из Алжира, Марокко и Туниса) на христианских паломников, плывших в Святую Землю морским путем, предопределили превращение Ордена госпитальеров, располагавшего до этого, наряду с образцовым для своего времени сухопутным войском, лишь небольшим галерным флотом, в первоклассную военно-морскую державу, ставшую со временем одной из крупнейших в Средиземноморье.
Мусульмане скоро смогли убедиться, что Орден Святого Иоанна столь же грозен на море, как и на суше. Так родилась морская держава и слава госпитальеров. И не случайно даже запорожские казаки, нападавшие на своих лодках-однодеревках (моноксилах, т. н. «чайках») на турецкие порты и корабли, с гордостью именовали себя «мальтийскими кавалерами» и носили на шее мальтийские крестики.
В 1294 г. Генеральный капитул (правительство Ордена) пересмотрел конституцию Ордена Святого Иоанна, приведя ее в соответствие с его новым, наднациональным характером, что проявилось в организации внутри-орденского управления по принципу «наречий», или «языков» («лангов»), впервые упомянутых в Маргатских Уставах уже в 1206 г. Но вместе с тем многонациональный Орден иоаннитов открыл для себя возможность, завладев островом Родос, основать независимое и самостоятельное княжество — орденское государство, и тем самым обеспечить себе положение, которое позже будет названо суверенитетом.
По состоянию на 1300 г. в состав владений Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, правительство (Конвентуальный Капитул) которого пребывало на острове Кипр, входили:
1) Приорство Морейское (Южная Греция);
2) Приорство Барлеттское (Южная Италия);
3) Приорство Сицилийское (о. Сицилия и Южная Италия);
4) Приорство Капуанское (Центральная Италия);
5) Приорство Римское (Центральная Италия);
6) Приорство Пизанское (Центральная Италия);
7) Приорство Венецианское (Северная Италия);
8) Приорство Ломбардское (Северная Италия);
9) Приорство Сен-Жилльское (Франция);
10) Приорство Овернское (Франция);
11) Приорство Французское (Франция);
12) Приорство Английское (Англия);
13) Приорство Ирландское (Ирландия);
14) Приорство Нижне-Германское (Нидерланды);
15) Приорство Германское (Германия);
16) Приорство Богемское (Богемия-Чехия, древнейшее приорство иоаннитов в Европе);
17) Приорство Венгерское (Венгрия);
18) Приорство Польское (Польша);
19) Приорство Дакийское (Скандинавия);
20) Приорство Португальское (Португалия);
21) Приорство Арагонское (Испания);
22) Приорство Кастильское (Испания);
23) Кастелланство (кастелянство, каштелянство) Ампоста (Испания).