Законодательная власть осуществлялась орденскими судьями, подчинявшимися байлифу (бальи) Родоса (baiulivus Rhodi), который назначался непосредственно Великим Магистром. Все коммерческие споры решались специальными «торговыми судами», надзор за которыми осуществлял Торговый бальи (baiulivus commercii).
Совет Ордена родосских рыцарей чеканил свою собственную монету на базе динария.
В архивных документах и свидетельствах современников содержится немало указаний на то, что греческие граждане Родоса православного вероисповедания имели собственные органы самоуправления. Это, не в последнюю очередь, шло на пользу и Ордену. В сложных ситуациях и в моменты наибольшей опасности созывались совместные комитеты, состоявшие как из «франков», так и из греков, и принимавшие совместные решения. В административных документах Ордена нередко упоминаются «профиды» (Profides) — «добрые люди» или «добрые люди страны». При этом идет речь о почетном звании, жаловавшемся Орденом представителям местного греческого населения и происходившего от девиза Ордена рыцарей Родоса — «Pro Fide» («За Веру»). За что жаловалось данное звание и что входило в круг задач пожалованных им «профидов», ныне представляется не совсем ясным.
В. Местное управление
Земельные владения Ордена родосских рыцарей располагались не только на Додеканесском архипелаге. Орден имел обширные владения и управлявших ими легатов по всей Европе — от Португалии до Дании,
Венгрии и Богемии, от Англии до Кипра. Управление владениями на Додеканесе и в Европе было организовано строго централизованно.
В орденском государстве существовало две местные административные единицы: прецептория, или комменда (командорство), и приорат (приорство).
Комменда являлась фундаментальной административной единицей орденского государств рыцарей Родоса. Она включала в свой состав не менее 1 церкви и 1 госпиталя (странноприимного дома), а также неопределенное количество лежащих по соседству друг с другом селений или земельных угодий. Коммендой (командорством) управлял коммендатор (командор), или прецептор (comendator или praeceptor). Как правило, коммендатор должен был, в качестве необходимого условия для назначения на эту должность, иметь степень «рыцаря (по) справедливости» и состоять в Ордене не менее 3 лет. Комменды, имевшие особо важное оборонительное значение, именовались также «кастелланеи» (Kastellanei). Возглавлявшие их кастелланы (каштеляны) должны были состоять в Ордене уже не 3 года, а 5 лет. В распоряжении каждого коммендатора находилось несколько рыцарей и/или сержантов и капеллан, занимавшийся духовным окормлением общины данной комменды.
Но наряду с этими, наиболее распространенными рыцарскими (кавалерскими) коммендами, существовали и так называемые сервандармские комменды, во главе которых стояли не рыцари-кавалеры, а сержанты-сервандармы.
Управляющий коммендой назначался приором соответствующей орденской провинции. Он был обязан ежегодно выплачивать приору, которому был непосредственно подчинен, определенный налог, сумма которого была строго зафиксирована.
По способам получения коммендь подразделялись на:
1) «комменды (по) справедливости»;
2) «комменды (по) милости» и
3) «родовые комменды».
Чтобы приобрести в управление «комменду по справедливости», необходимо было участвовать в 4 орденских «караванах» (военно-морских походах против мусульман) или в 4 сухопутных военных кампаниях, прожить 5 лет на Родосе и соответствовать прочим требованиям, предписанными на этот случай в орденских Уложениях.
«Комменды по милости» давались в управление достойным кандидатам по милости Великого Магистра или Великих Приоров. Кроме своего права назначать «магистральных коммендаторов» (что могло происходить в любой момент), был вправе каждые пять лет давать, кому считал необходимым, одну «комменду по милости» в каждом приорстве. Великие Приоры также имели право давать в своем Приорстве одну «комменду по милости» любому представителя орденской братии, независимо от ранга. Кроме того, каждый Великий Приор имел, сверх комменд, находившихся в его ведомстве и пребывавших в полной зависимости от него, свою особую комменду, по имени которого называлось приорство.
«Родовые комменды» назывались так потому, что учреждались своими основателями, выделявшими их из своих земельных владений, для наследования своими потомками из рода в род, так что по смерти учредителей коммендаторами (командорами) становились их старшие сыновья, затем — старшие сыновья этих сыновей, и т. д.
Приорат (приория, приорство) состоял из неопределенного количества комменд (командорств). Приорства Французское или Овернское были значительно больше, чем, например, приорство Мессинское. Приор избирался Генеральным Капитулом по предложению Великого Магистра.
В период пребывания Ордена Святого Иоанна на о. Родос были введены понятия «Великое Приорство» и «Великий Приор». Если приор умирал в пределах своего приорства, коммендатор, на территории комменды которого умер приор, созывал 12 коммендаторов близлежащих комменд, избиравших временного заместителя приора, на период до выборов нового приора Генеральным Капитулом. Если же приор умирал за пределами своего приорства, то временное управление приорством поручалось заместителю, назначенному приором до отъезда из приорства (назначение такого заместителя приором до отъезда было непременным требованием орденского устава).
Для обеспечения постоянной связи между удаленными провинциями и центральной орденской администрацией приор был обязан по первому требованию Великого Магистра прибыть в главную орденскую резиденцию и дать отчет в своей деятельности.
Такие отчеты должны были представляться раз в 5 лет, хотя на практике эти сроки соблюдались не всегда, учитывая трудность далекого, сопряженного с немалыми опасностями, путешествия из отдаленных частей Западной Европы на далекий остров Родос. В 1301 г. Генеральный Капитул принял постановление, согласно которому ежегодно не менее 2 приоров должны были являться в столицу Ордена. После 1370 г. их число было соответствующим постановлением увеличено до 3.
Приор назначал коммендаторов (командоров, комтуров). При исполнении своей должности он получал помощь и поддержку от т. и. провинциального капитула. В круг его задач входили, в частности, регистрация доходов, поступавших в приорство от комменд, и их пересылка в орденскую резиденцию на Родос. Приор регулярно инспектировал подчиненные ему комменды, контролируя их административную и финансовую деятельность.
Во главе всех приорств Ордена рыцарей Родоса той или иной страны (Италии, Франции, Испании и т. д.) мог стоять Великий коммендатор (командор), или Великий прецептор (magnus comendator или magnus praeceptor), которого не следует путать с одноименным главой «языка» Прованса. Однако в реальности он назначался не всегда и не во всех странах, в которых располагались орденские владения, поскольку не был предусмотрен орденским Уставом.
После завоевания Додеканесского архипелага рыцарями Ордена Святого Иоанна они занялись выращиванием на Родосе сахарного тростника, чем с большим успехом занимались еще на Кипре. Большая часть сахара, производившегося иоаннитами на Кипре и Родосе, скупалась венецианскими торговцами.