Великий Магистр имел право каждые 5 лет назначать одного из рыцарей Ордена Святого Иоанна командором. Кроме того, существовал ряд командорств, доходами от которых пользовались капелланы и оруженосцы.
Над- и транснациональный характер Ордена Святого Иоанна проявился и в разделении исполнительной власти в рамках правительстве Ордена, состоявшего из Великого Магистра и Малого Совета. Каждый из высокопоставленных членов Малого Совета избирался из числа «рыцарей (по) справедливости» одного из «языков» Ордена и становился одновременно главой соответствующего «языка» в конвенте и главой одного из орденских ведомств, постоянное руководство которым постановлением Генерального Капитула 1445 г. было закреплено за тем или иным «языком».
Из вышеперечисленных 8 «языков» Ордена Святого Иоанна, «язык» Прованса был представлен Великим Командором, управлявшим финансами Ордена и являвшимся членом комиссии казначейства.
«Язык» Оверни — Маршалом, возглавлявшим сухопутные вооруженные силы и являвшимся председателем третейского суда, разрешавшим разногласия между братьями-рыцарями.
«Язык» Франции — Госпитальером (Госпиталарием), отвечавшим за странноприимные дома (госпитали), больницы, врачей, младший медицинский персонал, аптеки и медикаменты.
«Язык» Италии — Адмиралом, осуществлявшим командование орденским военным флотом, офицерами и рядовым составом экипажей, а также наемниками, служащими на кораблях. Снабжение вооруженных сил находилось в совместной компетенции Адмирала и Великого Командора.
«Язык» Арагона был представлен Великим Консерватором, контролировавшим правильность ежегодных выплат братьям-рыцарям на их личные потребности.
«Язык» Англии — Туркопольером, возглавлявшим караульные войска и вспомогательные силы Ордена («туркопулов» или «туркополов», буквально: «сыновей турок» — так в эпоху Крестовых походов именовались наемники крестоносных монархов, происходившие от браков между греками и турками).
«Язык» Германии — Великим Бальи, ответственным за сохранность оборонительных сооружений, обеспечение боеприпасами и продовольствием.
«Язык» Кастилии и Португалии — Великим Канцлером, который готовил все декреты и решения правительства Ордена и вместе с Великим Магистром подписывал их. Он также заведовал государственным архивом.
Подобное конституционно закрепленное распределение высших орденских постов между различными «языками» позволяло достичь умелой и действенной концентрации сил при одновременном учете национальных особенностей членов Ордена Святого Иоанна, что не в последнюю очередь способствовало его усилению.
Процветающее, независимое от светских князей, признанное уже в 1309 г. папой римским Климентом V, орденское государство иоаннитов подтвердило свои права в 1448 г., когда папа римский Николай V, оставаясь Верховным сюзереном Ордена Святого Иоанна, признал полную юрисдикцию Ордена над подвластной ему территорией, независимость Ордена иоаннитов от папы в вопросах управления, финансовых вопросах, право Ордена госпитальеров на обмен посольствами с другими государствами, международно-правовую свободу Ордена в сфере договоров и действий, право чеканить собственную монету, собирать налоги и подати.
Папа римский также признал Великого Магистра Ордена Святого Иоанна независимым суверенным князем с правом коронации. Эти права Ордена госпитальеров были еще раз подтверждены римскими папами Пием II (1458–1464 гг.) и Иннокентием VIII (1484–1492 гг.).
Владычество братства странноприимцев над Родосом вновь продемонстрировало двойственную природу Ордена госпитальеров: как религиозной организации и одновременно — как светского субъекта международного права, что и определило то особое положение, которое Орден иоаннитов сохранил до сегодняшнего дня.
Подчиненный в духовных вопросах Святому Престолу, Орден был, тем не менее, совершенно независим в решении политических и светских вопросов как от Святого Престола, так и от западноевропейских христианских сеньоров.
В период пребывания орденского руководства на Родосе владения Ордена иоаннитов на территории «Священной Римской империи (германской нации)» подверглись сильному опустошению войсками таборитов (представителей наиболее радикального крыла чешских еретиков-гуси-тов). В 1420 г. гуситы разгромили Пражский конвент Ордена Святого Иоанна Иерусалимского (старейший на территории Европы). В битве с таборитами при Судомере пал смертью храбрых иоаннитский приор Богемии (Чехии) фра (брат) Генрих фон Нейгауз.
Даже оставшись без собственной территории после утраты Родоса, Орден госпитальеров не утратил своего упомянутого выше правового статуса. Рыцари Святого Иоанна на некоторое, но очень короткое время, оседали на острове Крит, в Мессине (Сицилия), в Чивитта-Веккья, в Ницце, а иногда по целым месяцам проводили на море, на борту своих кораблей, поскольку никак и нигде не могли найти удобного пристанища и дружеского гостеприимства.
В 1530 г. папа римский Климент VII (сам в прошлом рыцарь-иоаннит) обратился к владыке «Священной Римской империи (германской нации)» и королю Испанскому Карлу V Габсбургу с просьбой даровать изгнанному с Родоса Ордену госпитальеров прибежище на острове Мальта. Император благосклонно отнесся к этому ходатайству и своей хартией передал Ордену Святого Иоанна в вечное владение острова Мальта, Гоцо, Комино и Коминотто, а также город Триполи в Ливии. Император Карл надеялся, что рыцари-иоанниты, искусные мореходы, будут защищать его корабли в Средиземноморье от нападений турецких корсаров и не допустят создания турецких военно-морских баз в Триполитании.
Осевшие на Мальте рыцари Святого Иоанна, в качестве символической дани, обязались ежегодно преподносить императору Карлу V (через его вице-короля на Сицилии) белого охотничьего мальтийского сокола в знак вечной признательности госпитальеров за монаршую щедрость. Кроме этой символической дани, их суверенитет, по сравнению с «родосским периодом», был ограничен еще и запретом чеканить собственную монету. Этот запрет был отменен лишь позднее, при Великом Магистре де Гомедесе (Омедесе).
Важные события в истории Ордена Святого Иоанна произошло в период Реформации. Бальи и рыцари Бранденбургского бальяжа (баллея) Ордена иоаннитов в Германии, как упоминалось выше, приняли новую лютеранскую веру. В Англии король Генрих VIII, яростно боровшийся с папским Римом, упразднил католический Орден Святого Иоанна, конфисковал имущество английских рыцарей-госпитальеров и казнил многих из них. Правда, Орден иоаннитов был снова учрежден в Англии хартией (Указом) королевы Виктории, но произошло это спустя 300 лет — в 1888 году, и уже не с римским папой, а с британским монархом во главе. Ниже мы несколько подробнее осветим эту тему.
В 1565 г. Орден иоаннитов, теперь уже именовавшийся Мальтийским, под предводительством своего самого выдающегося Великого Магистра — Жака Паризо де ла Валетта — успешно отразил нападение турок-османов на Мальту в ходе одной из наиболее знаменитых осадных кампаний в истории военного искусства. Город Ла Валетта, воздвигнутый внутри мощных фортификационных сооружений, не раз отражавших нападения воинов ислама, был назван в честь Магистра — главного героя этой Великой осады. Флот Ордена госпитальеров немало способствовал знаменитой победе западных христиан над османами в Кипрской войне 1570–73 гг. и, в особенности, в знаменитом морском сражении при Лепанто в 1571 г., отведшем турецкую угрозу от «мягкого подбрюшья Европы».
