После общей молитвы дон Хуан Австрийский приказал расковать на союзных галерах всех гребцов-христиан («на галеры», как мы знаем, осуждали и преступников — единоверцев!) и вручить им оружие. Сам же он в это время на шлюпке, с поднятым крестом в одной руке и с обнаженной шпагой — в другой проходил вдоль линии кораблей «Священной Лиги», стремясь поднять моральный дух христианских команд обещанием отпущения грехов от имени римского папы.
Главнокомандующего громкими кликами приветствовали христианские команды в составе 12 000 итальянцев, 5000 испанцев, 3000 немцев и 3000 крестоносцев других национальностей. В те времена воины шли в бой, как на праздник. Можно представить себе, насколько величественным было зрелище ощетинившихся лесом копий боевых палуб сотен резных, ярко раскрашенных и раззолоченных плавучих крепостей, до блеска начищенных доспехов и оружия, вымпелов и парусов, испещренных радужным многоцветием гербов и эмблем. На теплом южном ветру трепетали боевые стяги — алые с белым крестом Мальтийского Ордена, золотисто-багряные испанские, голубые венецианские с золотым крылатым львом Святого Марка, двуглавые имперские орлы Габсбургов, папские стяги с тиарой и ключами Святого Петра…
Христианские галеасы центра и левого крыла постепенно выходили вперед. Ветер стих, наступил штиль. Дон Хуан возвратился на флагманскую галеру и велел поднять сигнал «к бою». Сигналом для начала атаки христианского флота послужили воздвижение на носу флагманского корабля дона Хуана «Сфинкс» огромного распятия и орудийный выстрел. В ответ с магометанских кораблей донеслись удары в гонги, пение труб и обычные в подобных случаях у воинов ислама крики «Алла!» Турки и крестоносцы двинулись вперед навстречу друг другу.
Христианские галеасы первыми открыли огонь и вызвали сильное замешательство в центре турецкого боевого порядка. Али-паша на своем флагмане вырвался вперед, за ним устремились другие мусульманские галеры, а тяжелые турецкие галеасы отстали и не смогли принять участия во второй, решающей фазе сражения.
Почти последовательно возникли три основных очага борьбы. Боевая обстановка потребовала искусного маневрирования и взаимодействия всех частей боевых порядков.
По незнанию местности левое крыло христианского флота — здесь бились главным образом венецианцы — не придерживались к отмелям, чем и не преминули воспользоваться лучше ориентировавшиеся на местности галеры правого турецкого крыла, обошедшие корабли «Священной Лиги» вдоль берега и атаковавшие христиан с фланга и тыла. Ими было за короткое время уничтожено большое число венецианских галер.
Часть турецких галер прорвалась в промежуток между левым крылом и центром союзного флота. Мусульманские галеры окружили крыло под командованием венецианца Барбариго, сблизились с христианскими кораблями и начали абордажный бой, в ходе которого, однако, постепенно сказались преимущества воинов «Священной Лиги» в защитном вооружении и оружии, и, в частности, превосходство тяжелых европейских мушкетов над аркебузами и луками турок. Но лишь после того, как флагманскому кораблю венецианцев удалось, после жаркой схватки, сопровождавшейся переменным успехом, взять на абордаж корабль командира правого турецкого крыла, корабли утратившей руководство исламской эскадры вынуждены были с боем начать отход, огрызаясь изо всех своих орудий.
Лишь к половине первого уже стало совершенно явным сокрушительное поражение правого крыла магометанской армады. Хотя туркам первоначально и удалось окружить крыло Барбариго, это окружение им успеха не обеспечило.
В центре мусульмане сконцентрировали более мощные силы, и здесь битва носила особенно упорный характер. Там и на правом крыле ситуация для христиан первоначально складывалась крайне неблагоприятно. Турецкому адмиралу Улух-Али — любимому ученику знаменитого корсара Хайреддина Барбароссы — удалось искусным маневром прорвать боевой порядок нападающих христиан между центром и эскадрой правого крыла. Его последующий удар в тыл главных христианских сил вызвал среди них большое замешательство. И только молниеносно решение заместителя дона Хуана, вице-адмирала маркиза де Санта Крус, отразить прорвавшиеся в глубь боевых порядков христиан мусульманские корабли силами своей резервной эскадры, позволило предотвратить грозившую флоту «Священной Лиги» и казавшуюся неминуемой катастрофу.
Главными объектами в центре битвы являлись флагманские галеры дона Хуана Австрийского и Муэдзин-Задэ-Али. Сосредоточившиеся галеры обоих флотов составили поле боя, которым в конечном итоге овладели христиане. Али-паша был убит в сражении. Сам дон Хуан в рапорте своему сводному брату, королю Филиппу II Испанскому, о битве, писал:
«Хотя бой между обоими адмиральскими кораблями длился уже около часа, перевеса не удалось добиться ни одной из сторон. Нашим солдаты дважды удавалось проложить себе путь до главной мачты турецкого корабля, но всякий раз наших оттесняли обратно на борт их собственного корабля.
Наш корабль держался лишь благодаря отчаянной храбрости фельдмаршала Лопе де Фигероа. И только после дальнейшего полуторачасового боя Господь ниспослал наконец победу нашему кораблю, когда были убиты сам Басса (Али Паша) и с ним 500 мусульман. Мы сорвали вражеские флаги и штандарты и вместо них подняли наш флаг с Крестом на главной мачте турецкого адмиральского корабля».
Сохранилось и еще одно, менее сухое, современное описание этой схватки анонимным итальянским крестоносцем, из которого явствует, что дон Хуан Австрийский несколько исказил картину боя и умалил заслуги союзников испанцев по «Священной Лиге» в победе над Али-пашой.
«Вооруженный до зубов, сверкающий панцирями своей команды, флагманский корабль верховного главнокомандующего христианского флота, „Сфинкс“, сблизился с флагманским кораблем турецкого адмирала Али. Загрохотали пушки. Вслед за пушечными ядрами на кишевшую стрелками из лука боевую палубу турецкого флагмана три раза подряд обрушился смертоносный свинцовый град из жерл четырехсот испанских аркебузов.
Внезапно вопли раненых были заглушены криками ужаса. Турецкий флагман был с кормы взят на абордаж венецианской галерой. На турок бросились одетые в черное с ног до головы венецианцы-мстители за венецианского генерала Брагадино, безуспешно оборонявшего от Али Муэдзина-Задэ кипрскую крепость Фамагусту. После взятия Фамагусты Али велел содрать с пленного Брагадино кожу живьем, набить ее отрубями и вздернуть на мачту своего флагманского судна в качестве победного трофея.
Черные венецианские мстители проложили себе мечами путь к турецкому адмиралу. Али, как котят, швырнул первых нападающих за борт. Но тут же был сражен мушкетным зарядом. Он пытался заколоться собственным кинжалом, но сын замученного Брагадино, выкрикнув Али в лицо имя своего освежеванного отца, помешал мусульманину покончить с собой.
Брагадино-младший собственноручно отсек голову мертвому паше. Обезглавленный труп был вздернут на рее. Голову паши сперва насадили на пику, а затем повесили на рее между ног его безголового трупа. С правой кисти вздернутого трупа свисал ослепительно сверкавший на солнце талисман адмирала — инкрустированный драгоценными камнями зуб мудрости их лжепророка Магомета…»