Первую заупокойную литию в келии старца совершил наместник обители архимандрит Тихон с братией. 6 февраля в 14.30. в обитель приехал архиепископ Псковский и Великолукский Евсевий. Снова была совершена заупокойная лития, после которой гроб с покойным под звон всех колоколов монастыря с крестным ходом под пение «Святый Боже...» перенесли в Сретенский храм. После третьей заупокойной литии владыка Евсевий произнёс прощальное слово. Началось чтение Евангелия. В 17 часов архимандрит Тихон совершил парастас, после чего чтение Евангелия продолжилось.
На следующий день, 6 февраля, в Сретенском храме наместник монастыря совершил соборную панихиду. На протяжении дня над гробом покойного читали Евангелие, служились панихиды и заупокойные литии, в 17 часов парастас совершил епископ Зарайский Меркурий. А в Святые врата монастыря продолжали и продолжали входить приехавшие проститься с о. Иоанном люди. Казалось, население Печор в эти дни увеличилось в несколько раз. Из автобусов и машин с российскими, белорусскими, эстонскими, латвийскими номерами выходили люди, объединённые общей скорбью — знавшие и не знавшие друг друга, но единые в любви и благодарности к о. Иоанну...
6 февраля новость о кончине батюшки облетела весь православный мир. О ней говорили с амвонов священники после проповедей, её с плачем передавали из уст в уста в храмах, телефонными звонками, эсэмэсками, по электронной почте, письменно. Проводники поездов, уходивших из Москвы и Петербурга в Пеков, изумлённо рассматривали пассажиров — почти все они были священнослужителями разных рангов. С привокзальном площади Пскова многочисленные заказные автобусы и такси также уходили по одному маршруту — в Псково-Печерский монастырь.
Ольга Борисовна Сокурова успела на поезд Петербург — Псков в последний момент: «Успеть нереально. Но отступиться, вернуться домой и согласиться с тем, что не попрощаюсь с духовным отцом, тоже совершенно немыслимо. Остаётся одно: двигаться вперёд как можно быстрее, положившись на милость Божию и батюшкину помощь, сделать со своей стороны всё возможное и невозможное, а там уж как Бог даст. <...> Вот я уже на вокзале, подбегаю к кассе. Вторым в очереди стоит мой знакомый. Это замечательный врач, очень отзывчивый человек, прежде часто бывавший у батюшки. Он говорит мне: “Ольга Борисовна, становитесь в очередь вместо меня. Я забыл дома паспорт. Звонил сыну в надежде, что он подвезёт, но телефон всё время занят, должно быть, сын увяз в Интернете. Значит, мне не суждено. Поезжайте, помолитесь о нас у гроба отца Иоанна”. Горячо поблагодарив, беру билет».
Утро 7 февраля выдалось ярко-солнечным и очень морозным — ниже минус тридцати. По Кровавой дороге струился нескончаемый поток людей. Казалось, что весь православный мир пришёл проститься с батюшкой. В Сретенский храм уже невозможно было протиснуться — всю Успенскую площадь запрудили паломники. Позднюю Божественную литургию возглавил архиепископ Псковский и Великолукский Евсевий (Саввин), сослужили ему архиепископ Рязанский и Касимовский Павел (Пономарёв, в 1988—1992 годах настоятель обители), архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл (Наконечный), архиепископ Новгородский и Старорусский Лев (Церпицкий), епископ Зарайский Меркурий (Иванов), наместник Свято-Успенского Псково-Печерского монастыря архимандрит Тихон (Секретарёв), наместник Московского Сретенского монастыря архимандрит Тихон (Шевкунов), представитель Американской Православной Церкви при Патриархе архимандрит Закхей (Вуд), о. митрофорный протоиерей Димитрий Смирнов, ректор Свято-Тихоновского гуманитарного университета о. протоиерей Владимир Воробьёв, представители Грузинской и Эстонской Православных Церквей, более ста двадцати священнослужителей Псковской и многих других епархий.
После Литургии слово взял владыка Евсевий:
— Угас светильник нашей обители, угас светильник на нашей земле русского Отечества. Перестало биться беспокойное сердце отца Иоанна. В своей жизни он любил Господа, любил Пречистую Деву Марию, любил святую обитель, и, наверное, каждого из нас он ласкал своим сердцем. Исполняя заповедь о любви к Богу и людям, он непрестанно возносил славу и благодарение Богу. Где бы он ни находился: в храме, в келье, в заточении — он всегда ревновал о Славе Божией. И эту Славу Божию он выражал в своём служении и в своей проповеди... А теперь прошу всех вознести усердные молитвы нашему Господу и Пречистой Деве Марии, потому что сегодня мы почитаем образ Преблагословенной Девы Марии «Утоли моя печали». Это тоже знаменательно: батюшка ушёл в воскресный день из этой жизни к воскресению для жизни вечной, в день почитания Новомучеников и Исповедников Российских, потому что он сам в этой жизни был и мучеником, и исповедником Правды Божией. А сегодня в день его погребения мы почитаем и чтим Пречистую Деву Марию, которую он всем сердцем любил, а Она — «Утоли моя печали» — да утолит печаль нашу, и да будет Она покровом и путеводительницей в жизнь вечную нашему дорогому усопшему новопреставленному отцу Иоанну. Помолимся о его душе.
На отпевании, которое проходило по монашескому чину, в храме присутствовали полторы тысячи человек. Перед пением «Со святыми упокой» надгробное слово произнёс архиепископ Рязанский и Касимовский Павел:
— Господь сподобил его увидеть и пережить многое. Он видел Святейшего Патриарха Тихона, он пережил лагеря и тюрьмы, он пережил голод и войны, он сподобился увидеть расцвет Русской Православной Церкви. Все мы с вами, которые сегодня пришли попрощаться и отдать своё последнее целование старцу Иоанну (Крестьянкину), архимандриту и насельнику Псково-Печерского монастыря, так или иначе мы с ним были связаны в своей жизни. В его сердце находилось место для каждого из нас. Мы приходили к нему и приносили свои радости и скорби. Мы просили помолиться его не только за себя, но и за своих близких — за детей, за стариков, за родителей. Мы просили его о том, чтобы он помолился о наших проблемах, о наших скорбях, о наших трудностях, чтобы он воздал Богу благодарение за наши радости. И старец Иоанн находил для всех место. Он утешал, и наставлял, и назидал детей, он наставлял и находил слова утешения взрослым и престарелым людям. И поэтому мы сегодня с особой благодарностью пришли воздать ему последнее целование...
Иеромонах Иоасаф (Швецов) огласил написанное 25 июня 2005 года о. Иоанном предисловие к его запискам, которое теперь воспринималось как завещание:
— Дорогие мои, родные и близкие!
К закату преклонился день моей жизни. И я уже дважды получил о том извещение. В первый раз десять лет тому назад, но чьи-то молитвы преклонили Господа на милость и продлили моё пребывание в земной жизни.
А вот теперь, 2 декабря 2004 года, я зримо увидел, что уже переплыл реку моей жизни и стою в преддверии вечности.
И в благодарность Богу и святой Матери Церкви, а главное во свидетельство о том, что Промысл Божий ведёт нас по жизненному пути, оставляю краткие записи, как зерцало, отражающее эту очевидную истину. Мои разрозненные эпизодические повествования записывались с 1981 года, и это не были рассказы обо мне, но иллюстрации некоторых жизненных ситуаций. Теперь же, когда это лоскутное одеяло сложилось, и я переписал, перелистал, возвращаясь в прошлое, я сам умилился, узрев богатство милости Божией ко мне, убогому и грешному человеку. И на пороге новой жизни стою с замиранием сердца в ожидании встречи с Господом моим, встречи, к которой стремилась душа моя всю жизнь. А вам, как просьбу о молитвенной памяти обо мне, оставляю эти записи о жизни в Боге, и, проверенное самой моей жизнью завещание.
