Но однажды, уже почти повергнутого в отчаяние, прямо в алтаре его обступили кресты с вознесёнными на них страдальцами. Лиц он не узнавал, но они сияли так, что больно было смотреть, видел только протянутые к нему руки и чувствовал ток благодатной силы, изливающийся в его изнемогшую в искушении душу. Батюшка опрометью бросился в храм к Распятию Спасителя и, не дожидаясь вопроса, рыдая, взмолился:
— Господи, Ты знаешь, знаешь, Ты видишь, что я люблю Тебя. Укрой мою немощь!
Тотчас внутри всё ожило. Господь принял его слёзное исповедание в любви и сотворил чудо».
Гадать о смысле произошедшего с ним не было надобности. Его ждал свой Крест, и ждал в ближайшем будущем. Тучи над о. Иоанном начали сгущаться примерно через три года его служения в измайловском храме, и если он и не знал об этом напрямую, то, безусловно, догадывался.
Во второй половине 1940-х краткий «роман» государства с Церковью подошёл к концу. Война закончилась, и советская власть больше не видела необходимости в такой массовой поддержке и лояльности верующих, как прежде. Над церковной жизнью был установлен жёсткий тотальный контроль, из Церкви стремились сделать некое «ведомство» под управлением Совета по делам Русской Православной Церкви во главе с генерал-майором МГБ Г. Г. Карповым.
За деятельностью этого совета, в свою очередь, пристально следили всевозможные «проверщики», и идеологические, и экономические. В среду прихожан и священничества активно внедрялись осведомители и агенты МГБ. Открыто исповедовать «религиозные взгляды» по-прежнему значило загубить себя в политической, общественной и служебной жизни — быть православным и гордиться этим не могли позволить себе ни министр, ни депутат, ни офицер, ни чиновник, ни школьный учитель, ни врач, ни писатель.
Во многом такой поворот был связан с крахом честолюбивого проекта, задуманного в Кремле, — созыва в СССР Всеправославного Собора, подчинившего бы Русской Православной Церкви все прочие поместные Церкви и придавшего Московской Патриархии статус Вселенской. Это позволило бы Советскому Союзу противостоять влиянию католицизма в мире и оказывать дополнительное политическое воздействие на Болгарию, Югославию, Румынию и Грецию. Но этот проект не осуществился из-за того, что влияние Москвы на Восточные Патриархаты после послевоенной эйфории успело сильно ослабеть. Московское Совещание глав и представителей поместных Православных Церквей, прошедшее 8—18 июля 1948 года, продемонстрировало, что «давить» на Грецию и Югославию СССР не сможет, а в экуменическом движении, на которое также возлагались определённые надежды, уже лидируют американцы. Проект был признан нецелесообразным, и в связи с этим роль Церкви в жизни государства начала стремительно уменьшаться. Внешне это выразилось во всевозможных запретах и ущемлениях. Так, в 1948-м запретили проводить церковные сборы на патриотические цели, молебны в поле во время сельскохозяйственных работ, духовные концерты в храмах вне богослужений, крестные ходы из села в село, увеличили налогообложение храмов и епархий; все священнослужители были обязаны подписаться на государственные займы. В 1949-м были запрещены вообще все крестные ходы, кроме Пасхальных. Священникам больше не разрешалось обслуживать одновременно несколько приходов и «превращать проповеди в храмах в уроки Закона Божьего для детей». С 1950-го на службу в армию призывали учащихся духовных семинарий, не имевших священного сана. Число монастырей в 1947—1948 годах сократилось со 104 до 85, в 1949—1953 годах было закрыто 1055 храмов, а многие насильственно переделаны под зернохранилища. Новые храмы и раньше открывались очень неохотно — так, в 1945-м в Москве была открыта всего одна новая церковь, в 1948-м — две, а многочисленные ходатайства об открытии отклонялись под любыми предлогами: ветхость здания, невозможность его переоборудования из склада, наличие рядом (в 15 километрах) другой церкви, неправильное оформление ходатайства. А после 1948 года в стране не было открыто вообще ни одного нового храма, монастыря или духовной школы, хотя ранее планировались учреждение духовной академии в Киеве и семинарии в Новосибирске.
Возобновились, хотя и в меньшем объёме, чем прежде, и аресты духовенства. В 1946-м был арестован митрополит Нестор (Анисимов), в 1948-м в седьмой раз был арестован и осуждён на 10 лет архиепископ Мануил (Лемешевский); о. протоиерей Дмитрий Дудко тоже получил 10 лет лагерей. В 1949-м был приговорён к высылке в Казахстан инспектор Московской Духовной академии архимандрит Вениамин (Милов). Арестовывались и «рядовые» приходские батюшки — о. Александр Колчев, о. Михаил Годунов, о. Валериан Николаев, о. Павел Максимов, о. Николай Харьюзов и другие.
Под пристальным наблюдением находилась и скромная церковь Рождества Христова в Измайлове. «Первый звонок» для неё прозвенел в ноябре 1948-го, когда были арестованы служившие в измайловском храме о. Виктор Жуков и о. иеродиакон Порфирий Бараев. О. Виктор служил в храме два года, а вот о. Порфирий был его «старожилом», диаконствовал с 1933-го. С ними у о. Иоанна были прекрасные отношения. Обоих выслали в Канск Красноярской области (оба, к счастью, вернулись; о. Виктор в 1957—1971 годах был настоятелем храма). В феврале 1949-го в храме сменился весь клир, после смерти о. протоиерея Николая Архангельского пришёл новый священник, летом — новые настоятель и диакон, тогда же поступила в хор новая певчая... Все эти люди в ближайшем будущем сыграли в судьбе о. Иоанна зловещие роли.
Не исключено, что назначение в храм новых «благонадёжных» людей было непосредственно связано с Пасхой 1949 года (в тот год она отмечалась 24 апреля). Тогда о. Иоанну пришла идея украсить Пасхальный крестный ход иллюминацией. За помощью он обратился к прихожанам — недавним фронтовикам, знавшим толк в пиротехнике. И те постарались от души: когда крестный ход под трезвон, с пением стихиры «Воскресение Твоё, Христе Спасе, ангели поют на небесех...» показался в дверях храма, в небе над ним засияло... огромное изображение Христа Спасителя в полный рост! Такая иллюминация и сегодня привела бы людей в восторг, что уж говорить про тогдашнее, не избалованное зрелищами время. И вполне возможно, что именно эта дерзкая «демонстрация» привела к тому, что за о. Иоанном была начата слежка, а в храме вскоре сменился настоятель...
Когда о. Иоанн пришёл к И. А. Соколову и рассказал об этой перемене, Иван Александрович охарактеризовал нового настоятеля так: «Да это же Шверник и Молотов в одном лице...» Звучало это многозначительно: Николай Михайлович Шверник в то время был Председателем Президиума Верховного Совета СССР, то есть формально первым лицом страны, а вот Вячеслава Михайловича Молотова недавно, в марте, сняли с поста министра иностранных дел; тем не менее всеми он продолжал восприниматься как опытный ветеран советской политики, ближайший соратник Сталина. Так или иначе, предупреждение было понятным: с новым настоятелем ухо стоит держать востро. В. Н. Сергееву, в то время девятилетнему мальчику, этот настоятель запомнился как «импозантного вида священник из обновленцев, при котором в церкви пошли новые порядки: возрос до неприличия интерес к церковным доходам, сильно стало сокращаться богослужение. И дедушка, хорошо его знавший (в молодости он пел в церковном хоре), и я вместе с ним, всё реже посещали этот приход».
