В XVI веке организация казначейства в Индиях была относительно простой. В каждой столице вице-королевства или провинции имелись свое казначейство и caja real (королевская казна). Казначейство было укомплектовано фининспекторами, у которых хранились несколько ключей от сейфов; обычно их называли просто королевскими служащими – oficiales reales. Старший служащий всегда был казначеем. Ему обычно помогали ревизор и доверенное лицо. Иногда был и четвертый служащий с неопределенным кругом обязанностей, известный как смотритель (veedor), но эта должность исчезла во многих провинциях в конце XVI века. У казначея и ревизора обычно были заместители, которые находились в главных морских портах и горнодобывающих поселениях; в некоторых важных гаванях, таких как Веракрус, в конечном счете тоже появились отделения казначейства и свои собственные cajas.
Руководство налоговой службы было многочисленным и очень различным. Некоторые налоги собирались напрямую чиновниками, в частности они должны были взвешивать и ставить клеймо на все серебряные слитки на рудниках и отбирать королевскую «пятую часть». Другие налоги, такие как alcabala, или налог на продажу, almojarifazgo, взимаемый с импорта, и церковный налог, известный как cruzada, взимались отдельно. Суммы, выплачиваемые крестьянами, – обычно это была фиксированная рента, – выручка от прямых сборов и продажи должностей, деньги от продажи королевскими посредниками податей индейцев в натуральном выражении – вносились в cajas. Служащие казначейства за все отвечали перед бухгалтерией – Contaduría – Совета по делам Индий. Они делали выплаты, которые санкционировала королевская власть, в частности выплаты регулярного денежного содержания служащим, получавшим жалованье, в своих провинциях и организовывали отправку излишков на регулярно курсирующих кораблях в Торговую палату в Севилью.
Организация казначейств в провинциях не отвечала должным требованиям, а число королевских чиновников было слишком мало для того, чтобы выполнять такой огромный объем работы, даже если они всегда были компетентны и честны. Ввиду недостаточного контроля они часто не обладали ни компетентностью, ни честностью. Проведение проверки их счетов и обнаружение их ошибок и растрат было серьезной задачей. В Индиях в XVI веке это было возложено на audiencias. До 1605 года Совет по делам Индий сам был судом последней инстанции по аудиту. Как можно было ожидать, работа по проведению аудита всегда просрочивалась. В случаях, когда в результате сильного давления со стороны короны или ее представителей проводился тщательный аудит, часто обнаруживалась недостача огромных сумм, а многие кражи и жульничества, вероятно, остались незамеченными. В 1605 году корона попыталась усовершенствовать систему бухгалтерского учета, введя в Индиях Tribunales de Cuentas (аудиторские суды) – один в Лиме, один в Мехико и один в Санта-Фе-де-Богота. Каждый такой суд состоял из трех contadores (бухгалтеров). Главная их обязанность состояла в том, чтобы проводить проверки расчетов всех служащих казначейства в их регионах и ежегодно отчитываться перед Советом по делам Индий о состоянии дел в казначействах провинций и мерах, принятых к тому, чтобы исправить ошибки или наказать мошенников. Совместно с audiencias они обладали широкими полномочиями при решении споров по вопросам налогообложения и общественных финансов. Их решения нельзя было подвергнуть пересмотру.
Главными должностными лицами империи в Америке – Новой Испании и Перу соответственно – были два вице-короля. Перу, будучи богаче, по крайней мере ценными металлами, считалась главной, и вице-королей Новой Испании часто переводили с повышением в Перу, куда они брали с собой толпы подчиненных и иждивенцев; но каждый из них был подотчетен непосредственно королю. Вице-короли могли быть юристами, церковнослужителями или – что чаще случалось – представителями военной знати. Полномочия вице-короля были огромны и отражались на его положении. Он был председателем вице-королевской audiencia, хотя и не обладал правом голоса в судебных вопросах, если только он не был юристом по образованию. Он также председательствовал – обычно в лице своего заместителя – в столичном cabildo. Он находился в центре всего, и его жалованье было достаточно щедрым, чтобы он был выше мелкой коррупции. Однако он не имел возможности стать опасно независимым. Короли Испании были полны решимости не допустить повторения финансовых домогательств Колумба или неподчинения законной власти, как было со стороны Гонсало Писарро. Так как никакие выплаты на законном основании не могли быть сделаны из казначейства колонии без предварительной санкции короля, вице-король не мог тратить общественные деньги по своей воле. Не считая незначительных должностей при своем дворе, практически не было должностей, которые он мог распределять; гражданские должности заполнялись в соответствии с установленным порядком, который – по закону – он контролировать не мог. Он был представителем короля в церковных вопросах, но все назначения в епархии и основные церковные приходы осуществлялись в Испании. Он был генерал-капитаном, но за исключением небольшой личной охраны он не имел в своем распоряжении никаких постоянных войск. Он мог собрать армию, чтобы отразить вторжение или подавить восстание, призвав на службу encomenderos и их людей; но чтобы собрать наемные войска, он должен был, по крайней мере в теории, написать в Испанию для предварительного получения санкции. Более того, за ним наблюдали и в какой-то степени его ограничивали судьи audiencia; и подобно всем другим должностным лицам он должен был подчиняться residencia – судебному расследованию своего пребывания в должности в конце срока. На практике власть вице-короля во многом зависела от силы его характера и административного таланта. Мендоса, Веласко, Толедо, Энрикес на протяжении своего пребывания в должности вице-короля пользовались неоспоримой властью и сохраняли доверие короля, Фальсес и Вильяманрике – это только два примера – оказались вовлечены в конфликты по вопросам юрисдикции с audiencias и потерпели унизительное поражение. Если вице-король открыто ссорился с audiencia, он не мог быть уверенным в том, что король поддержит его. Благодаря такой неопределенности и слежке всех за всеми корона поддерживала свою собственную власть.
Король не только назначал должностных лиц высшего ранга в судах и бухгалтериях; надзор короны все больше и больше распространялся на нюансы местного управления. В районах, заселенных индейцами, постепенное возвращение короне encomiendas, как мы уже видели, открыло путь к назначению штатных corregidores, которые должны были контролировать деревенских старост. В испанских общинах корона тоже неуклонно ломала власть «старых конкистадоров» в их собственных опорных пунктах – городах с правами юридического лица. У Габсбургов была хорошая память. Восстание comuneros (городских коммун) внушило Карлу V и его преемникам большое недоверие к привилегиям и притязаниям муниципальных корпораций и местных магнатов, которые зачастую ими управляли. Города в Индиях получали титулы и гербы, дарованные короной, но мало что сверх того. Их полномочия по сбору местных налогов были строго ограничены, их procuradores (адвокатам) было запрещено собираться вместе без королевского разрешения, и любое стремление к согласованным действиям подвергалось резкому неодобрению. Ничему в характере колониальных собраний, или cortes, не было позволено развиваться. В самом начале корона также обеспечила себе контроль за составом городских советов главных городов. Везде, где сначала ежегодно назначаемые regidores год за годом выбирали своих преемников, которых должен был одобрить губернатор, корона стала назначать regidores пожизненно. Многие из тех, кто получил эти местные должности от короны, действительно были «старыми завоевателями» или колонистами, но другие приезжали прямо из Испании с письмами о своем назначении в багаже. Сознавая, какая милость им оказана, и надеясь на дальнейшие милости, они с меньшей долей вероятности становились поборниками независимости местных жителей.
