Убывающее индейское население должно было содержать своими податями и трудом и свою собственную знать, и растущее испанское население. К середине века убыль населения достигла точки, когда взыскание податей и принудительных работ стало вызывать серьезные трудности для оставшихся индейцев. Испанцы же начали ощущать на самом деле не трудности, а некоторое неудобство из-за нехватки рабочих рук. К тому же им были нужны дополнительные работники для развития недавно открытых серебряных месторождений. Широкие реформы системы податей, проведенные в 1550-х годах, должны были главным образом снять трудности, но также и увеличить доходы или по крайней мере помешать их сокращению благодаря более рациональному и систематическому налогообложению. Вместо того чтобы взимать подати с каждой общины как некую общую сумму, выплачиваемую по традиции или на основе сделки с encomendero, теперь подати стали рассчитывать на основе реального числа глав домохозяйств, и теперь они выражались в количестве кукурузы, или денег, или и того и другого: столько-то серебряных реалов, столько-то кукурузы от каждого индейца, выплачивающего подати и живущего в городе. В результате объем податей должен был автоматически сократиться там, где убыль населения могла быть доказана, к удовлетворению официального инспектора. С другой стороны, большие классы людей, которые раньше были освобождены от уплаты податей, теперь были включены в ряды тех, кто подлежал налогообложению, и такие привилегированные группы, как тлашкаланцы, утратили свои привилегии. Что касается труда, то encomenderos было запрещено требовать работников вместо податей; индейцев побуждали заниматься трудом за жалованье; и, как мы уже видели, начало было положено путем систематической организации общественных работ по repartimiento. Поощрялся ввоз рабов-негров, и они в немалом количестве действительно работали в испанских хозяйствах, на рудниках и в порту Веракруса. Эти меры, возможно, несколько облегчили или, по крайней мере, распределили бремя на всех индейцев, но они не остановили сокращение численности их населения. Потребность в получении подробной информации о населении и ресурсах Индий была характерна для правления Филиппа II. Сохранившиеся до наших дней оценки, отчеты – relaciones 1560-х и 1570-х годов гораздо полнее и точнее, чем любые документы более ранних лет, и по ним с определенной степенью точности можно проследить динамику численности населения. К 1568 году индейское население в Новой Испании составляло, вероятно, менее трех миллионов человек. В 1576–1579 годах другая крупная эпидемия, возможно оспы, пронеслась по всей колонии. Все современные отчеты сходятся на том, что смертность от этой «кары Божьей» была выше, чем в 1545–1546 годах. Индейское население в 1580 году по оценкам составляло около 1 миллиона 900 тысяч человек. Более того, эпидемия 1576–1579 годов развеяла одну оптимистическую иллюзию в отношении труда в тропиках: смертность среди негров была по крайней мере так же высока, как и среди индейцев.
В последние десятилетия XVI века испанское население Новой Испании начало впервые испытывать серьезные трудности, по крайней мере по контрасту с легко получаемым изобилием предыдущих лет. Строительство церквей и других общественных зданий замедлилось, а в некоторых районах прекратилось. Становилось все труднее набирать рабочих на рудники и в поместья, а заработки свободных работников резко взлетели. Снабжение продовольствием городов все больше стало зависеть от непредвиденных обстоятельств, а цены на продукты питания тоже достигли неслыханных высот. Правда, все пахотные земли к этому времени уже были под контролем испанцев, а продуктивность индейских хозяйств, вероятно, возросла, так как крестьяне по мере сокращения их численности уходили с менее плодородных земель и возделывали только самые лучшие. Они также переняли у европейцев некоторые технические приспособления для экономии труда и повышения его производительности. Например, широкое применение нашел arado – простой бесколесный андалусийский плуг. Эти улучшения, однако, были лишь некоторой компенсацией постоянно уменьшающегося трудоспособного населения.
Напрямую пострадало снабжение кукурузой, овощами, фруктами, рыбой, дичью, дровами, травой и соломой, так как все эти товары почти полностью производили индейцы и привозили в города либо на продажу, либо в качестве податей. При этом говядина, баранина и пшеница – традиционные продукты питания испанцев в Новой Испании – тоже стали дефицитными. Чрезмерное стравливание пастбищ скотом было вероятной причиной нехватки мяса; испанцы страдали от расточительства своих предков. Крупный рогатый скот и овцы (особенно овцы) в тех местах, где их выпас не контролируется, имеют тенденцию размножаться до границ возможного существования, а затем уничтожать средства своего существования. В высокогорной Новой Испании наиболее годные в пищу травы и растения со съедобными семенами, такие как мескитовое дерево, начали исчезать из мест, где паслись овцы, а вместо них стали появляться пальмы сабаль и колючие груши. Ежегодное выжигание овечьих пастбищ и выпас коз уничтожали лесной и кустовой покров и мешали его обновлению. Чрезмерное стравливание пастбищ и выжигание, вместе взятые, в краю с долгими засушливыми периодами и проливными летними дождями приводили к эрозии почв, заилению рек и озер, затапливанию долин, распространению полупустынных бесплодных земель. Естественно, поголовье животных вблизи городов по мере деградации пастбищ начало сокращаться. Законы, принятые вице-королем в 1590-х годах, регулирующие выпас скота и запрещающие забой самок, вышли слишком поздно, и их невозможно было привести в исполнение. Большие стада стали двигаться на север к обширным новым пастбищам в стране чичимеков, где они находились слишком далеко от городов, чтобы служить источником продуктов питания, и где главная прибыль шла от продажи шкур и сала.
Вице-королевская и муниципальные власти пытались решить продовольственный вопрос и регулировать высокие цены, применяя традиционные меры XVI века – фиксирование цен, запрет на монополию, разрешение продаж всех продуктов питания только на рынках, создание государственных зернохранилищ, которые скупали большие количества зерна и продавали его по установленным ценам во время его острой нехватки. Эти alhóndigas впервые были организованы Энрикесом в качестве чрезвычайной меры в 1578, чумном году, но вскоре они стали характерной особенностью города Мехико и других больших городов. В 1579 году эта система была дополнена законом, требовавшим, чтобы все encomenderos продавали треть полученной ими в качестве оброка кукурузы в alhóndigas опять-таки по фиксированной цене. В 1590-х годах были предприняты усилия принудить индейские деревни выплачивать бо́льшую долю своих податей натуральными продуктами и производить больше животных продуктов питания, особенно мяса птицы. Но этот закон мало что изменил в этой области, отчасти из-за сложностей управления, а отчасти из-за пассивного сопротивления индейцев этому новому бремени.
Официальной мерой борьбы с растущей нехваткой рабочих рук была система нормирования труда. Пока рабочих рук было в избытке, их можно было получить в индейских городах тогда и там, когда и где они были нужны. Многонаселенные города не испытывали больших трудностей при предоставлении даже в короткие сроки нескольких сотен мужчин для выполнения какого-то конкретного задания. После 1576 года, как мы уже видели, система repartimiento перестала быть повседневной практикой, благодаря которой любой высокопоставленный испанец мог обеспечить себе, по крайней мере временно, рабочую силу властью местных чиновников, и стала жесткой, высокоорганизованной системой периодического набора людей на работы. Некоторая часть взрослого мужского населения по очереди призывалась на работы для испанских работодателей. Эта часть варьировала в зависимости от вида сельскохозяйственных работ в соответствии с временем года, что было зафиксировано в законе. Реальное количество людей, требовавшихся каждую неделю от каждого города, вычислялось на основе переписей населения, проводившихся достаточно часто с целью обложения оброком. Работники repartimiento могли быть использованы только тем работодателем, которому они были официально выделены, и только для выполнения специально утвержденных работ. После 1580 г. такие работники редко выделялись для церквей или для частного строительства. Отчасти по этой причине было осуществлено сравнительно небольшое количество строительных проектов и таких проектов, на выполнение которых требовалось много лет, что было резким контрастом по сравнению с более ранним периодом. Единственным исключением из этого правила в Новой Испании в XVII веке было крупномасштабное предприятие по осушению озера Тескоко, безотлагательно необходимое ввиду наводнений, вызываемых заилением как следствием эрозии почв. Закон, принятый в начале XVII века, изъял большинство производств, особенно сахара и тканей, из списка работ, подлежащих участию в системе repartimiento. Так что в ней остались, по сути (помимо неотложных общественных работ), только производство продуктов питания и работа на серебряных рудниках – два основных столпа всей испанской экономики в Индиях, приоритет которых был неоспорим.