К моменту основания Санкт-Петербурга многие участки по берегам Невы занимали дворянские усадьбы (по-шведски - «hof») и поселения крестьян и рыбаков (по-шведски - «by»), а общее количество деревень достигало пятисот. Крупные села с кирхами шведы именовали «kyrkeby». И это, не считая полноценного города Нюена, с населением около 2 тысяч, разросшегося вокруг крепости Ниеншанц. С пригородами в этом городе проживало около 5 тысяч человек. Был еще город Нотеборг, возникший вокруг новгородского Орешка.
Нюен активно развивался во второй половине XVII столетия. В это время под руководством инженера С.Г. Хельмфельта (1617-1677) в городе выстроены: каменная крепость с пятью бастионами и двумя равелинами; кафедральный собор; новая ратуша (старую сохранили); шведская школа; больница; здание таможни; склады и казармы для солдат. Кроме общественных зданий, активно строились и жилые дома для горожан.
Сеть дорог вокруг Ниена. Копия шведкой карты 1698 г. исп. Х.Я. Шварцом. 1751 г. Справа от розы ветров - Большая Новгородская дорога
Некоторое представление о том, как выглядел город, нам дает описание историка и писателя Петра Николаевича Петрова (1827-1891).
«Шведское поселение было на правом берегу Невы: река Охта отделяла укрепление от населенного города, расположенного на Большой Охте. Против шестибастионной крепости, за р. Охтою и Чернавкою, стояла каменная лютеранская церковь, составлявшая почти средоточие городских домов, несмотря на то, что при ней находилось и кладбище. Ряды домиков дугообразно обходили лютеранскую церковь , отделяя ее слободою на берегу от Чернавки; и мост на ней был в Нюене... <...> Было четыре улицы и в шведском городе... Дальше на севере... приходился госпитальный сад, разведенный в последние годы XVII века, в правление шведского короля Карла XI, которому принадлежит и самое учреждение в Нюене военного госпиталя. Госпиталь этот был в Швеции единственным лечебным заведением для Остзейских областей и Финляндии. Заведение же здесь лечебницы, в обширнейшем, сравнительно со средствами Швеции, размере, обусловливалось в расчетах короля богатством Нюена и удобством выписывания медикаментов за счет таможенных коронных доходов, на которые обратил он и содержание госпиталя , со всем персоналом лекарей.
Сад госпиталя и его постройки, все деревянные, от города и берега невского отделяла Большая Выборгская дорога. Параллельно же концу госпитального сада, в углу, образуемом одним из притоков Чернавки, перед начатием борьбы Карла XII с Петром I, был возведен редут, на случай обхода русских на Выборгскую дорогу, с Колтушского пути, которым следовали русские силы от Шлиссельбурга к Ниеншанцу в апреле 1793 года».
Большой территорией в районе реки Фонтанки владел генерал-риксшульц Бернхард Стен фон Стенхаузен. Обширное имение в голландском стиле, названное Усадиссахоф (Usadiss hof), он выстроил на территории современного Летнего сада, а его внук ротмистр Эрик Берндт фон Коноу владел этой усадьбой до прихода армии Петра I. Королева Швеции Кристина подарила землю генерал-риксшульцу в 1638 году, и после его кончины, последовавшей в 1648, или 1649, годах, недвижимость перешла к дочери Марии-Елизавете, вышедшей замуж за германского купца Иохима фон Коноу. В 1662 году усадьбу получил по наследству их сын ротмистр Э.Б. фон Коноу. От его фамилии идет второе и более позднее название имения - Конова мыза (Konos hof). Земли, где позднее сформируется Знаменская площадь и район Пески, также принадлежали ротмистру и использовались Э.Б. фон Коноу для охоты. С приходом русской армии владелец имения бросил все свое имущество и уехал в Стокгольм .
По соседству с Усадиссахоф, на месте Инженерного замка, располагалось поместье Первускинахоф, принадлежавшее ротмистру Урбану Акерфельту и его супруге - дочери генерал-риксшульца Б.С. фон Стенхаузена. По берегу Невы (в районе реки Фонтанки - тогда безымянной) находилось несколько финских деревень и еще две резиденции - Сабринахоф и Вралофсинахоф.
Кстати, второй участок генерал-риксшульц Бернхард Стен фон Стенхаузен получил на Березовом острове, примерно в том месте, где ныне располагается Нахимовское училище. Это имение называлось Бьеркенхольм. Рядом, на месте современного Кронверка, находились постройки Марти и Якко Летце.
На территории между Литейным проспектом, будущей Знаменской площадью и берегом Невы (район Пески) к началу XVIII столетия существовало шесть или семь крупных шведских поселений. Ближе к реке Фонтанке находилась деревня Кандуя, рядом с современным Литейным мостом находились деревни Палениха и Фроловщина. В районе Петербургского Водоканала, на Шпалерной улице, была деревня Севрина, а ближе к Смольному монастырю, там, где шведы выстроили кронверк, - село Спасское. В районе этого села издавна существовал перевоз через Неву, который особенно был востребован во времена существования крепости Ниеншанц и города Нюена. Из финно-угорских селений можно назвать деревню Манола, которая находилась в районе современной Синопской набережной. На Черной речке, там, где ныне расположена Александро-Невская лавра, стояла финская деревня Вихтула.
На прочном финско-шведско-новгородском фундаменте царь Петр и начал возводить свой любимый город.
Санкт-Петербург, как и многие города, начинался с чудесной легенды, звучащей примерно так: «Государь Петр Алексеевич, осматривая острова по Неве, искал удобное место для возведения крепости и обратил внимание на небольшой остров Люст Хольм, или по-русски - Веселый остров, второе название которого - Янисаари, или Заячий. Оставшись довольным своим выбором, царь, положив крестом дерн, приказал в этом месте копать небольшую яму. В этот момент над головой Петра появился орел, который стал кружить над островом, так, что присутствующая свита монарха отметили сей знаковый момент».
Петр I. Худ. Дж. Смит. Гравюра с ориг. Г. Неллера. 1697-1698 гг.
Очевидно, что в реальности все проходило более тривиально, и после небольших походных торжеств в указанную яму поместили каменный ларец с золотым ковчегом с мощами святого Андрея Первозванного, а солдаты приступили к земляным работам на месте будущего оборонительного сооружения, возведению храма во имя Апостолов Петра и Павла и домика для царя. В наши дни официальным днем рождения Санкт-Петербурга, то есть закладки Петропавловской крепости, считается 27 мая по новому стилю (или 16 мая по старому стилю). Эта дата условная и не имеет документального подтверждения. Согласно Преображенскому походному журналу в этот день, то есть 16 (27) мая 1703 года, государь Петр Алексеевич находился на Сясском устье - это в районе современного города Сясьстрой, находящегося в 150 километрах от Заячьего острова. Там велось строительство судов, и Петр торопил рабочих, а потому постоянно наведывался на Сясскую верфь. На следующий день, 17 (28) мая 1703 года, в журнале отмечено, что царь прибыл на Лодейную пристань (город Лодейное Поле), а это еще дальше от места закладки крепости. Так что царь никак не мог присутствовать на Заячьем острове 16 (27) мая. Преображенский походный журнал - официальный документ, записи в него вносились ежедневно и строго контролировались. Очевидно, что Петропавловскую крепость заложили позже, возможно в Петров день, который праздновали 29 июня (10 июля по новому стилю). Известно, что в этот день прошла официальная закладка Петропавловской церкви и службу вел митрополит Новгородский Иов. Первая известная официальная депеша из крепости Петербург датирована 1 июля 1703 года по старому стилю.