Все средства и силы рыцарей теперь были посвящены укреплению Мальты. Они хотели сделать этот остров таким же неприступным, каким раньше был Родос. Тем временем присутствие их галер, бороздивших морские пути восточной и центральной части Средиземного моря, сполна ощутили мусульманские судовладельцы. Вскоре стало ясно, что Мальта в стратегическом отношении является лучшей базой, из которой можно нападать на противника. В последние десятилетия пребывания рыцарей на Родосе их возможности вредить турецкому судоходству существенно ограничивались тем, что Родос находился в окружении занятых турками островов, а турецкие капитаны давно научились обходить острова стороной. Мальта, с другой стороны, была идеально расположена для совершения набегов на североафриканское побережье, которое после Барбароссы было в основном под контролем турок. Также остров был, как и предвидел Карл V, идеальным аванпостом для защиты Сицилии и Италии. Галеры рыцарей очень скоро начали захватывать мародерствующих корсаров, давая ему почувствовать все то, что выстрадали от них христиане.
Через сорок два года после изгнания рыцарей с Родоса Сулейман, которому было уже семьдесят, решил, что пора вытеснить их с Мальты тоже. Их деятельность наносила слишком большой ущерб торговле империи, и его советники, в том числе Драгут, постоянно требовали принятия мер против христианских врагов. Драгут говорил: «Пока ты не выкуришь этих гадюк из гнезда, не сможешь сделать ничего хорошего нигде». Имам большой мечети напомнил султану, что темницы Мальты полны турецких пленных, и истинные сыны пророка вынуждены грести на тех самых галерах, которые грабят суда на морских путях империи. Имам кричал: «Только ты можешь сломать цепи этих несчастных, крики которых поднимаются к небесам и достигают ушей пророка».
Имея большой опыт ведения военных действий против христиан на море, Сулейман рано оценил все преимущества географического положения и стратегическую важность Мальтийского архипелага. Хотя некоторые его советники приказали начать полномасштабную атаку на Испанию или Сицилию, султан отметил, что, когда его флот перебазируется на Мальту, он сможет в любое время нанести удар по Европе с юга, а его армия вторгнется с востока в сердце Венгрии. Он разбирался в войне на море и в сухопутной войне и предвидел день, когда «великий властелин (или его помощники), хозяин всего Средиземноморья, будет диктовать законы, как всеобщий повелитель, с той не такой уж неприятной скалы, и смотреть вниз на свои суда, стоящие на якорях в прекрасной гавани».
Осада Мальты началась в 1565 году. Армия из 40 000 человек была перевезена через Ионическое море на 200 судах. Эта армада состояла из 130 галер имперского флота и какого-то числа парусников, перевозивших запасы, и еще небольших частных судов, которые двигались следом, желая подобрать, что останется, после того как львы обглодают скелет. Армия и флот позже получили подкрепление в виде внушительной эскадры галер и воинов под командованием Драгута, ставшего султаном Триполи. Драгут пользовался благосклонностью и полным доверием султана, который приказал своему военачальнику Мустафе и адмиралу Пиали принимать любой совет по ведению осады, который даст им Драгут. Рыцарям-иоаннитам и жителям Мальты повезло. Драгут задержался и прибыл к острову, когда осада уже началась. Тактика, принятая командирами осаждавших, была такова, что рыцари во главе с Великим магистром Жаном Паризо де ла Валеттом смогли изнурить турок у одной-единственной крепости у входа в Большую гавань.
Форт был назван в честь святого Эльма, покровителя средиземноморских моряков. Он стоял на оконечности полуострова на месте сегодняшней столицы Мальты Валетты. Его героическая защита дала рыцарями, испанским солдатам, посланным в качестве подкрепления Карлом V, и вспомогательным подразделениям время, чтобы укрепить свои позиции на мысах двух других полуостровах Большой гавани. Когда форт Святого Эльма пал, и турки обратили самое пристальное внимание на сердце оборонительных сооружений острова, расположенное на двух других мысах – Сенгия и Биргу, уже кончалось лето. Осада началась весной, и турки очень страдали от того, что Мальта, в отличие от Родоса, не могла прокормить их войска, а от своих снабженческих баз они оказались очень далеко. Отчасти именно чрезвычайно растянутые пути подвоза помешали их атаке на Мальту и позволили рыцарям удержать остров в своих руках.
Еще одна неудача постигла турок во время осады форта Святого Эльма – пушечным выстрелом был убит Драгут. Этот человек, изгнавший рыцарей из Триполи, мог, если бы уцелел, добиться подобного успеха и на Мальте. С момента своего прибытия к острову он благодаря своим выдающимся талантам изменил ход осады. Именно он, перераспределив войска и артиллерию, обеспечил взятие форта Святого Эльма. Адмирал Жюрьен де ла Гравьер писал в книге Doria et Barberousse: «Драгут превосходил Барбароссу. Живая карта моря, он совмещал науку и отвагу. Не было ни одного неизвестного ему ручейка, не существовало канала, по которому он бы не плавал. Искусный в изобретении способов и средств спасения, когда все вокруг уже отчаялись, он превзошел всех в умении найти неожиданный выход из безнадежного положения. Отличный лоцман, он не имел себе равных в войне на море, если не считать шевалье Ромегаса [один из лучших моряков ордена, также участвовавший в боях на Мальте]. На суше он выказывал достаточно умения и опыта, чтобы сравниться с лучшими военачальниками Карла V и Филиппа II. Он знал тяготы плена и проявлял гуманизм к собственным пленным. Он был выдающейся личностью во всех отношениях. Никто, кроме него, не был более достоин чести носить титул короля…» Говорили, Драгут предчувствовал свою смерть на Мальтийском архипелаге. Он как раз находился на острове Гозо, где был убит его брат, и сказал: «На этом острове я ощутил тень крыла смерти! Однажды я умру на земле рыцарей».
Смерть Драгута, враждебность окружающей территории, невероятная стойкость защитников, болезни в армии – все это было среди факторов, победивших османскую армию и флот. Вдохновенное лидерство и умная стратегия Великого магистра Ла Валетта также сказались на исходе осады. Защитникам удалось продержаться до прибытия подкрепления с Сицилии. Осада продлилась почти четыре месяца. «Оружие Сулеймана I, – писал У. Х. Прескотт в «Истории царствования Филиппа II», – за все время его долгого и славного правления еще сталкивалось с таким унизительным поражением, как при осаде Мальты. Не говоря уже о средствах, затраченных на военные приготовления, потери в живой силе были огромны…» Многие авторы едины в том, что турки потеряли от 20 000 до 30 000 человек – колоссальное число для того времени, причем оно не учитывает потери корсаров с Варварского берега. Во время правления Сулеймана, одного из самых славных периодов османской истории, он столкнулся только с двумя большими неудачами – у стен Вены в 1529 году и при осаде Мальты в 1565 году. Осада Мальты стала пиком османской экспансии. Важно то, что после этого турки не делали серьезных попыток прорваться в западную часть Средиземного моря.
Королева Елизавета I Английская, не испытывавшая особой любви ни к католикам, ни к испанцам, сказала во время осады: «Если турки овладеют Мальтой, трудно предвидеть, какие опасности могут последовать для остальных христианских государств». Одним из главных следствий осады стало привлечение внимания европейских держав к уникальному стратегическому положению Мальтийского архипелага. Они осознали, как это сделали римляне и карфагеняне до них, что остров Мальта не просто красив и обладает прекрасными гаванями. Он жизненно важное приобретение для любой державы, желающей править Средиземноморьем. Героическая оборона острова вызвала восхищение всего христианского мира, и финансовое положение рыцарей в одночасье существенно улучшилось. Годы забвения остались в прошлом. Образ рыцарей-иоаннитов оказался настолько неразрывно связанным с островом, что их стали называть мальтийскими рыцарями. Еще при жизни Великого магистра Ла Валетта был построен новый укрепленный город, названный его именем – на месте форта Святого Эльма. Мальта прославилась, ее осада стала легендой, которая впоследствии приобрела дополнительную силу во время еще более длительной осады в годы Второй мировой войны. А греческая народная песня, которую распевали по всему Средиземноморью, напоминала туркам, что они не всегда были непобедимыми: