Франкл в своих мемуарах описывал, как один из его бывших руководителей, глава университетской психиатрической клиники Отто Петцль, кандидат в члены НСДАП, помог некоторым психически больным пациентам-евреям избежать эвтаназии. Он передавал больных Франклу, подделывавшему их медицинские справки, исправляя смертоносные диагнозы, констатировавшие психические расстройства, на безопасные, и потом отправлял в дом престарелых, где мог их лечить.
В конце 1941 года Франкл наконец-то дождался разрешения эмигрировать в США. Но он не сделал этого, оставшись в Вене. В своих воспоминаниях, которые были написаны уже в преклонном возрасте, он отмечал, что не эмигрировал якобы из-за нежелания оставить родителей, понимая, что их ждала участь быть депортированными в концентрационный лагерь, которую он хотел с ними разделить. В этих мемуарах в нем говорила боль от потери родителей, и он не желал признаться себе, что остался в Вене из-за девушки Тилли Троссер. Виктор не мог покинуть ее, так как влюбился. Отношения между молодыми людьми начались задолго до этих событий. У Виктора был роман с лучшей подругой Тилли, которую он потом бросил. Тилли же решила отомстить ему за подругу — влюбить в себя и после расстаться. Но Франкл разгадал ее желание и объявил девушке об этом. Он умел производить впечатление. И уже через несколько дней после отказа в получении американской визы Виктор и Тилли узаконили свои отношения. По словам Франкла, это был один из последних разрешенных нацистами браков еврейской пары в Вене. В их дальнейшей совместной судьбе было много трагедий — решение об аборте с целью спасти Тилли от отправки в концлагерь, последующее заключение и ее гибель в лагере, но взаимная любовь позволяла им выносить тяготы жизни, такой, какой она у них была.
Спустя некоторое время после свадьбы больница Ротшильда была закрыта, и Франкл вместе с семьей потерял возможность избежать депортации. В ожидании скорой неминуемой отправки на восток он стал писать книгу, в которой впервые обобщил свои мысли о логотерапии. Франкл понимал, что в любой момент может погибнуть, и желал оставить после себя хотя бы что-то значимое. 25 сентября 1942 года Виктор Франкл вместе с родителями и женой были депортированы в гетто Терезиенштадт. Понятно, что он был вынужден оставить все ценные вещи дома (например, переписку с Фрейдом). Лишь рукопись книги он успел зашить в подкладку пальто, надеясь, что спасет ее. К сожалению, в Аушвице при смене гражданской одежды на робу узника он потерял свое детище, как тогда ему казалось, навсегда.
Терезиенштадт, куда была депортирована семья Франкл, был основан в 1780 году и получил название в честь императрицы Марии Терезии. В крепостной тюрьме с 1914 по 1918 год содержался Гаврила Принцип — тот самый, который совершил успешное покушение на эрцгерцога Франца Фердинанда, что стало поводом для начала Первой мировой войны. После того как нацисты оккупировали Чехословакию, на территории городка была создана тюрьма, получившая название «маленькая крепость». Первые узники оказались там уже 14 июня 1940 года, то есть через четыре дня после оккупации. В ноябре 1941 года нацисты создали гетто в так называемой «большой крепости» — еще одной части Терезиенштадта. И начиная с 1942 года в него были депортированы десятки тысяч евреев из Чехословакии, Германии, Австрии, Голландии, Венгрии, Дании. Общее количество прошедших через гетто евреев составило не менее 140 тысяч человек. Из них лишь около 17 тысяч пережили войну, более 30 тысяч человек умерли в самом Терезиенштадте от голода, болезней и нацистского террора, остальные погибли в концлагерях, куда их депортировали нацисты в рамках «окончательного решения еврейского вопроса», в основном в Аушвице.
Терезиенштадт использовался нацистами не только как транзитный пункт для отправки евреев на восток, но и для утилитарных, а также пропагандистских целей. Утилитаризм заключался в использовании труда узников гетто. Они занимались добычей слюды, шитьем униформы для вермахта, сортировкой одежды, конфискованной у еврейского населения. Пропагандистские цели состояли в том, что нацисты объявили Терезиенштадт «образцовым гетто», пытаясь создать ложную картину о том, как хорошо в нем живется евреям. Самым известным случаем использования гетто в целях пропаганды стало прибытие комиссии Красного Креста 23 июня 1944 года. Нацисты пригласили представителей международной организации с целью развеять «слухи» о своих преступлениях в лагерях и гетто. При подготовке к визиту комиссии для ликвидации перенаселенности гетто, а также для уничтожения больных и ослабевших узников нацисты организовали массовую депортацию в Аушвиц. Гостей провели в гетто по специальному маршруту, показывая обновленные и заново выкрашенные дома, квартиры, где евреи жили якобы лишь по несколько человек в отдельной комнате.
Желая использовать свой пропагандистский успех и даже превзойти его, нацисты решили снять фильм, в котором должна была демонстрироваться «прекрасная» жизнь в гетто. Его режиссером стал узник Курт Геррон, снимавшийся когда-то с самой Марлен Дитрих. После окончания съемок все принимавшие в нем участие «актеры»-заключенные были депортированы в Аушвиц и уничтожены. Сам фильм до конца так и не был смонтирован и не получил широкого распространения.
Обратной стороной пропагандистской нацистской медали стало то, что в Терезиенштадт направлялись в первую очередь евреи, представлявшие интеллектуальную элиту своих стран. В гетто были собраны выдающиеся писатели, художники, врачи, поэты, музыканты, которым нацисты разрешали заниматься творчеством, а значит, узники получали хотя бы какую-то минимальную возможность облегчить свое выживание и отсрочить уничтожение.
Общее количество культурных мероприятий в Терезиенштадте могло достигать нескольких десятков в неделю. В гетто было создано несколько оркестров, оперная и драматическая труппы. Пожалуй, самой популярной постановкой, представленной в гетто, стала детская опера «Брундибар» (в переводе с чешского «Шмель»). Она демонстрировалась более пятидесяти раз, в том числе и перед той самой комиссией Красного Креста. В гетто существовала библиотека, насчитывавшая десятки тысяч томов, а профессиональные художники в своих картинах отражали повседневную жизнь заключенных.
В Терезиенштадте нелегально действовали школы, функционировали подпольные молодежные организации, где узники вели воспитательную и просветительскую работу. Среди образовательных учреждений выделялся так называемый университет, в котором для всех желающих проводились лекции на самые разные темы. В июле 1943 года Виктор Франкл прочитал там лекции «Нарушения сна», «Душа и тело», «Медицинское попечение о душе», «Психология альпинизма», «Как сохранить здоровое самообладание?», «Экзистенциальные проблемы в психотерапии» и др. Многие из них содержали практические советы по оказанию психологической помощи узникам в критических условиях.
Однако главным образом Франкл работал в гетто сначала врачом общей практики, а позднее психиатром. Совместно с доктором Карлом Флейшманом он организовал и возглавил так называемую «шоковую бригаду». Франкл и его коллеги получали информацию от других заключенных об узниках, которые в силу тяжелого психологического состояния планировали совершить самоубийство, и благодаря использованию различных психотерапевтических техник помогали больным и престарелым узникам пережить тяжелые условия гетто.