30 июня 1941 года восьмерка СБ, ведомая командиром 11-й авиаэскадрильи майором Петровым, повторила налет на механизированную колонну противника в районе Даугавпилса. Майор Петров точно вывел группу на цель и посредством прицельного бомбометания уничтожил колонну гитлеровских машин. Эскадрилья без потерь вернулась на базу.
С 1 июля 11-я авиаэскадрилья была придана в оперативное подчинение 4-й авиационной дивизии ВВС и перебазирована на аэродром Вехна. Боевые полеты совершались по несколько раз в день. Однажды утром, пользуясь большой облачностью, эскадрилья во главе с майором Петровым и штурманом эскадрильи Козельковым внезапно обрушилась на колонну фашистов и с высоты 150–200 м нанесла сначала бомбовый удар, а затем с бреющего полета обстреляла ее из пулеметов.
При осмотре самолетов после возвращения на аэродром на многих машинах было обнаружено до двух десятков пробоин. Техникам и мотористам эскадрильи Сисюре, Козлову, Мартуковичу, Ященко, Кочегарову и другим пришлось немало поработать ночью, чтобы к утру машины были в полной исправности. И надо отдать им должное: они, как всегда, отлично справились с задачей. Отдыхали все – и летчики, и техники – здесь же, на аэродроме, под крыльями своих самолетов. Спали прямо на траве, подложив под голову парашют.
Положение на участке фронта с каждым днем становилось все более угрожающим. Передовые части противника уже подходили к Острову и Пскову, и пограничная эскадрилья перебазировалась на аэродром Старая Русса, где собрались остатки многих авиационных частей северо-западного направления. Наша авиация, особенно бомбардировочная, несла большие потери, а противник господствовал в воздухе. Боевые вылеты наших бомбардировщиков почти не прикрывались истребителями. Бомбометание проводилось с малых и средних высот, на которых самолеты подвергались воздействию огня всех видов наземного оружия противника.
В первых боях при обороне границы 11-я эскадрилья, тесно взаимодействуя с пограничными частями и подразделениями, произвела 75 боевых вылетов на штурмовку вражеских войск и 48 вылетов на ведение воздушной разведки, но и сама понесла большие потери. Летный состав эскадрильи проявил в этих ожесточенных боях за Родину большое упорство, смелость, мужество и героизм. Отличными бойцами показали себя летчики-пограничники Петров, Самохин, Яковлев, Любчич, Анчук, Королев, Липницкий, Волынец; штурманы экипажей старший лейтенант Козельков, лейтенанты Шеховцов, Федоров, Гриценко, Мельников, Пустовойт, Стратулатов и др.
6 июля 1941 года 11-я отдельная авиационная эскадрилья по приказу командования была окончательно передана в состав 4-й смешанной авиационной дивизии ВВС фронта. Два морских авиазвена самолетов МБР-2 вошли в состав Балтийского флота, а затем были переданы в распоряжение разведывательного отдела 7-й армии Северного фронта. Летчики-пограничники продолжали борьбу с немецкими захватчиками в составе ВВС. Командиром эскадрильи остался майор Петров, его заместителем – капитан Самохин, штурманом эскадрильи – старший лейтенант Козельков. 6 июля 1941 года состоялся последний боевой вылет пограничной эскадрильи на бомбометание по скоплению моторизованных частей противника на переправах Даугавы. Группа состояла из двух шестерок самолетов СБ: одна – пограничная, другая – от 35-го бомбардировочного полка. Ведущим группы был майор Н. Петров.
В этот день сбито 10 наших самолетов: 4 – из 11-й пограничной эскадрильи и 6 – из 35-го бомбардировочного полка ВВС. В неравном бою погибли экипажи пограничных летчиков Самохина, Королева, Анчука. Летчик Цапенко и штурман Стратулатов сумели перетянуть за линию фронта и совершили вынужденную посадку. От пограничной эскадрильи осталось всего три самолета.
Через несколько дней после 7 июля по приказу командования два оставшихся самолета СБ были переданы в состав 4-й смешанной авиационной дивизии, личный состав был распределен по частям ВВС, а командир авиационной эскадрильи майор Н. Петров с небольшой группой летного и технического состава 11 июля 1941 года на самолете УСБ прибыл в Быково для формирования новой авиационной части. Вскоре вновь набранный им, совместно с С. Козельковым, из авиаторов-пограничников летный состав авиационной эскадрильи на московском авиационном заводе приступил к изучению нового пикирующего бомбардировщика Пе-2 авиаконструктора В. Петлякова.
6-я отдельная авиационная эскадрилья погранвойск базировалась в Крыму, в Коктебеле. Эскадрилья производила боевые вылеты на разведку противника, планомерно выполняя учебно-боевые полеты, а затем, так же как и 10-я и 11-я эскадрильи, согласно мобилизационному плану и в соответствии с приказом Наркомата внутренних дел, со всем личным составом и материальной частью перешла в морскую авиацию в 40-й авиаполк 63-й авиационной бригады ВВС Черноморского флота. В ходе войны этот авиаполк был в полном составе переучен на самолет ДБ-Зф и стал называться 36-м минно-торпедным авиаполком ВВС Черноморского флота. Этот знаменитый авиаполк из всех частей ВВС Черноморского флота имел больше всего Героев Советского Союза, в том числе и двух бывших летчиков-пограничников: майора А. Рыхлова и капитана Г. Писарева.
Уничтоженные на аэродроме советские самолеты СБ и И-153. Лето 1941 г.
В соответствии с приказом НКВД СССР от 26 июня 1941 года, практически несколько дней спустя, 7-я Одесская морская отдельная авиационная эскадрилья погранвойск была тоже в полном составе передана в 82-й отдельный авиационный полк ВВС Черноморского флота, базировавшийся рядом. Всю войну летчики-пограничники прошли в составе этого полка, а после войны некоторые из них снова вернулись в авиачасти погранвойск. Отдельные усиленные гидроавиазвенья, расположенные в Архангельске и Новой Ладоге (командир отдельного авиазвена – капитан П. Смирнов), также влились в части ВВС Карельского фронта Красной Армии и в их составе вели боевые действия до конца войны. Таким образом, все авиационные части пограничных войск на Севере, на западной границе и на Черном море с первых дней войны вошли в состав действующей армии. Летчики-пограничники показали высокую боевую выучку и умение бить врага.
В авиаотрядах НКВД в основном состояли на вооружении самолеты ДБ-3ф (Ил-4), дальнейшее развитие ДБ-3 – с новой кабиной штурмана, новым фюзеляжем (под другую технологию производства, разработанную для ПС-84), крылом с новым лонжероном и пневматическим управлением уборкой шасси
Так, 6-я отдельная авиаэскадрилья под командованием капитана А. Горечкина, влившаяся в полном составе в ВВС Черноморского флота, провоевала в нем до самого конца войны. Авиаторы-пограничники переучились и освоили самолеты ДБ-Зф и Пе-3 бис и выполняли все боевые задачи командования. Они участвовали в самых первых схватках с гитлеровскими катерами, судами и подводными лодками, в жестоких боях во время обороны Севастополя, дневных и ночных налетах на порты и нефтяные промыслы Румынии.