Encomiendas создали прочную социальную и экономическую основу для колонизации. Дань, которую платили индейцы, обеспечивала пищей завоевателей в начальный период организации нового порядка и колонизации, а также постоянным доходом их лидеров. Руками индейцев были построены города, в которых стали жить их завоеватели; сначала они были маленькими и скромными, но в них были жилища, общественные здания и церкви. Однако система encomienda была лишь отправным пунктом. Она обеспечивала лишь немногих счастливчиков и явно не могла снабжать испанцев всеми видами продовольствия, инструментами и одеждой, которых требовало европейское общество. По мере того как тонким ручейком с каждым трансатлантическим флотом прибывали новые эмигранты, стала расти, помимо индейской экономики, основанной на общинном сельском хозяйстве, новая типично испанская экономика, главными и самыми прибыльными занятиями в которой были скотоводство и добыча серебра.
На засушливом нагорье Кастилии, откуда родом были большинство конкистадоров, ведению пастбищного хозяйства и выпасу полукочевых стад овец и крупного рогатого скота давно уже отдавалось предпочтение перед земледелием. Новый Свет предоставил безграничные пастбища. Спрос на вьючных животных, особенно мулов, в краях, где до недавних пор основным транспортом были спины людей, был ненасытным. Первый вице-король Новой Испании Мендоса завез мериносовых овец – основу зарождающейся шерстяной текстильной промышленности, которая заработала себе дурную репутацию из-за жестокого обращения с рабочими-индейцами на ее obrajes (исп. фабрики). Рогатый скот, помимо того что он являлся источником пищи, давал еще и ценные товары, шедшие на экспорт: кожи для седел и доспехов и жир для изготовления свечей и покрытия корпусов кораблей. Скотоводство подходило темпераменту конкистадоров; оно требовало прекрасного владения искусством верховой езды и периодического выброса большого количества энергии, но не продолжительных и кропотливых усилий. Права на выпас тем, у кого был капитал, давали сначала на условиях выпаса скота в определенном радиусе от той или иной данной точки, и почти не делались попытки соблюдать границы. Животные паслись на просторах и непомерно размножались. Остовы животных, когда шкуры и жир с них были сняты, часто оставляли гнить там, где они лежали. Говядины стало так много, что ни одному испанцу уже не грозил голод и не нужно было работать за жалованье. Известные люди, владевшие скотоводческими фермами, могли держать двери своих домов открытыми и кормить огромное количество слуг, живших в их семье и готовых защищать их интересы от конкурентов или следовать за ними в новых entradas (исп. вторжения).
Первые encomiendas, а затем скотоводческие фермы способствовали накоплению капитала, который дал возможность заняться крупномасштабной разработкой месторождений драгоценных металлов. Добыча золота и серебра на начальном этапе завоевания была простым делом, состоявшим в проведении геологоразведочных работ и промывке золотоносного песка в соответствующих реках, но приблизительно в середине XVI в. чрезвычайно богатые серебряные жилы были обнаружены в Сакатекасе и Гуанахуато в Новой Испании и в Потоси́ (самое богатое месторождение из всех) на территории современной Боливии. Эти открытия вызвали незаконную и будоражащую «серебряную лихорадку», и на рудниках были поспешно созданы специальные суды для регистрации заявок на проведение горных работ и улаживания споров. Некоторые испанцы, но больше индейцы разрабатывали небольшие участки вручную, а крупные и более продуктивные рудники – капиталисты в довольно больших масштабах. Различные формы массового производства вытеснили примитивный промывочный процесс, и был построен завод для извлечения серебра из руды с помощью процесса растворения металла в ртути. Корона требовала свою долю – обычно одну пятую – всего производимого металла. Был принят на работу немалый штат чиновников, чтобы взвешивать, проверять чистоту и ставить клейма на серебряных слитках, выходивших из мастерских, и определять королевскую долю, которую после вычета положенных издержек отправляли в Испанию вместе с гораздо большими количествами серебра, отправляемыми на родину отдельными людьми либо в качестве капиталовложения, либо в уплату за импортированные европейские товары.
Новая испанская экономика в Индиях зависела от старой индейской экономики в части продуктов питания – особенно зерна, овощей и птицы, которые производили в основном индейцы – и в части почти всех рабочих рук. В первой половине века после завоевания все испанцы привыкли к чрезвычайно большому количеству рабочих рук. Они составляли планы амбициозных строительных проектов и осуществляли их с той же жестокой решимостью, которую они проявляли в ходе самого завоевания. В более поздние годы этого века развитие рудников вызвало огромный спрос на труд рудокопов. Часть этого спроса удовлетворял ввоз рабов-негров, но большую часть работ выполняли индейцы. Другие отрасли промышленности – шерстяное ткачество, сахарное производство, судостроение и т. д. – все больше и больше применяли полуквалифицированный труд индейцев. По мере роста спроса на рабочие руки в испанской промышленности стала быстро убывать численность индейского населения, источником которых она была. У этого были две причины. Первая – ущерб, наносимый полям индейцев домашними животными. Крупный рогатый скот, пасущийся на открытых пастбищах, несмотря на неоднократно принимаемые законы и усилия колониальных судов защитить собственность индейцев, заходил на неогороженные деревенские поля. Изгороди из близко посаженных кактусов – столь заметная черта сельских регионов Мексики в наши дни – были ответом индейцев на эти нашествия, но ответом запоздалым и неэффективным. Распространение скотоводства было главной причиной вымирания населения в Центральной Мексике, а чрезмерное стравливание пастбищ – одной из причин распространения почвенной эрозии. В Перу рогатого скота было гораздо меньше, но овцы и свиньи, подрывая картофельные грядки, создавали аналогичные условия во многих высокогорных регионах. Крестьяне-хлебопашцы, которые видели, как их посевы раз за разом вытаптывают огромные стада пасущихся животных, могли избежать голодной смерти, только перебравшись в отдаленные и менее привлекательные края или найдя работу в испанских поселениях. Однако в городах их ожидала еще более серьезная опасность – опасность заражения инфекционными болезнями. Оспа пришла в Мексику с армией Кортеса и вместе с тифом, которым заражались, когда пили озерную воду после разрушения акведуков, истощила сопротивление защитников Теночтитлана. После этого европейские болезни, к которым у индейцев не было иммунитета, сокращали местное население с ужасающей скоростью. Крупные эпидемии прошли в 1520-х гг. сразу же после завоевания, в 1540-х и еще раз в 1570-х гг. Скученность рабочих на рудниках порождала инфекцию, которую затем шахтеры приносили в свои родные деревни. Хорошо подтвержденное документами исследование дает следующие приблизительные цифры численности населения для Центральной Мексики: 1519 г. – 11 млн человек, 1540 г. – 6 427 466 человек, 1565 г. – 4 409 180 человек, 1597 г. – 2,5 млн человек. Другие авторы разнятся в своих оценках; а для Перу вообще нет подробной информации для сравнения, но все признают тенденцию к сокращению населения. Общинное сельское хозяйство во многих регионах разрушилось. Древние ирригационные системы были заброшены, и многие районы, особенно на прибрежной равнине Перу, вернулись к исходному состоянию, превратившись в пустыню. Сокращение населения шло на протяжении более ста лет приблизительно до середины XVII в., когда появились какие-то явные признаки его восстановления.
