Развивающееся европейское общество в конце XVI в., таким образом, столкнулось с периодическими нехватками зерна и постоянно растущей нехваткой рабочих рук. Официальные меры по преодолению нехватки зерна были стандартными и очевидными – это были попытки контролировать рынки и цены и создание государственных зернохранилищ в крупных городах. Европейские землевладельцы также обнаружили, что все выгоднее становится выращивать какое-то количество зерна самим. В благоприятных регионах, таких как Пуэбла в Новой Испании и Антьокия в Новой Гранаде, с самого начала производили пшеницу для продажи в близлежащих городах или в портах для снабжения кораблей. Ближе к концу века все больше хозяйств уже имели пахотные земли, что неизбежно оказывало влияние на владения индейских деревень. Жесткое законодательство запрещало захват земли у индейцев и ограничивало их передачу иными путями; но индейских старейшин можно было подкупить, и никакие законы не могли помешать отчуждению земли по взаимному согласию или ее продаже на явно договорной основе. У крестьян, которые потеряли свои земли, не было другого выхода, кроме как оставаться на ней в качестве работников и полурабов-арендаторов. Таким арендаторам товары и деньги часто выдавались авансом землевладельцами на тех условиях, что они будут возвращены в виде труда. Эта практика приводила к кабале, долговому рабству, которые местная традиция переводила в разряд неизбежного наследного бремени. Широкомасштабное пахотное земледелие испанцев, таким образом, способствовало упадку индейского общинного сельского хозяйства и распространению самостоятельных европейских хозяйств – латифундий.
Для восполнения нехватки рабочих рук не было никакого иного средства, кроме организованного принудительного труда. Заработки постоянных работников на рудниках и промышленных предприятиях действительно неуклонно росли в ответ на спрос, но большинство индейцев предпочитали придерживаться своих старых общинных обычаев и неохотно работали полный рабочий день за жалованье. Принудительный труд всегда был характерной чертой американской экономики. Индейцы были привычны к нему еще до прихода завоевателей; большинство испанцев в Новом Свете считали его не только экономически необходимым, но и при должных мерах предосторожности явно благотворным как часть цивилизационного процесса. В подробных законах, принимаемых в этой сфере королевскими и вице-королевскими правительствами, выражались искреннее и сознательное желание защитить индейцев от трудностей и неразумной эксплуатации и естественная настороженность в отношении скрытого феодального смысла системы encomienda; но они также отражали и боязнь экономического краха и необходимость максимально экономно использовать убывающее местное население. Первые попытки в Новых законах 1542 г. отменить encomiendas спровоцировали гневные протесты и больше не возобновлялись; но encomenderos умирали, и корона, где это было возможно, забирала себе их владения, так что число encomiendas неуклонно уменьшалось. Более того, с середины века права encomenderos были ограничены получением оброка в соответствии с установленной таксацией, и им было запрещено использовать принудительный труд индейцев, проживавших в их владениях. Вместо этого все безработные индейцы должны были предлагать себя в качестве работников за жалованье. Этот наивный указ, естественно, дал незначительные результаты, и в последней четверти XVI в. вице-королевские правительства принялись тщательно и в деталях создавать систему ротации принудительного труда, известную в Перу как mita, а в Новой Испании – repartimiento. Эта система была не нова; ее давно уже использовали в повседневной жизни по каким-либо поводам для набора рабочих для проведения общественных работ. Но Энрикес в Новой Испании и Толедо в Перу сделали ее постоянной, регулярной и всеобщей. Каждая индейская деревня через своих старейшин должна была предоставлять для работ вахтенным методом определенную часть своего мужского населения на установленное количество недель в течение года. Этих работников местные магистраты выделяли либо для общественных работ, либо частным работодателям, занимавшимся добычей серебра или производством продуктов питания; и эти работодатели платили работникам жалованье согласно установленной таксе. Таким образом работодатели регулярно получали неквалифицированную и постоянно меняющуюся по составу рабочую силу; индейцы были вынуждены несколько недель в году выполнять чуждую им работу в новой обстановке вдали от дома, а жители деревень теряли часть мужчин, которые могли быть заняты в общинном сельском хозяйстве, так что дома им тоже приходилось больше работать, чтобы прожить. Для отдельно взятого индейца единственным способом уклониться от периодического принуждения к труду на испанца-работодателя и деревенскую общину было принять скрытый смысл денежной экономики, переехать в испанское поселение, надеть испанскую одежду и стать работником по найму или, если его ресурсы и умения ему позволяли, ремесленником или мелким торговцем. Этот выход, конечно, по мнению многих ответственных испанцев, был самым отдаленным и разумным.
Однако испанцы в своих мнениях разделились. Завоевание было духовной и военной кампанией, так что первая и самая прямая оппозиция власти военных с мечами возникла в среде солдат церкви – монахов миссионерских орденов. Францисканцы первыми оказались в Новой Испании в результате просьбы самого Кортеса к императору. Первые францисканцы были посланы туда в 1524 г. – это были знаменитые «двенадцать монахов» во главе с братом Мартином де Валенсия, и многие их преемники были францисканцами самого строгого толка, тщательно обученными для выполнения своей задачи. Это же справедливо и в отношении первых монахов-доминиканцев, которые во главе с братом Доминго де Бетансосом отправились в Америку в 1525 г. Они были отборными продуктами церковной реформы в Испании и представляли собой радикальное течение Сиснероса, к которому их ближайшие последователи впоследствии добавили немного гуманизма и учености Эразма. Брат Хуан де Сумаррага, которого Карл V назначил первым епископом Мехико в 1527 г., был выдающимся поклонником Эразма Роттердамского. Религиозные книги, напечатанные в Мехико под его руководством, – Doctrina Breve (исп. краткое вероучение), Doctrina Cristiana (исп. христианское вероучение) в виде катехизиса для индейцев, демонстрируют глубокое влияние идей Эразма. Обе они утверждают главенство веры над деяниями и выступают за неограниченное распространение Слова Божия. Люди, которые начали духовное завоевание Мексики, были бесстрашными религиозными радикалами, но они также были и членами духовной армии, лидеры которой стояли близко к трону. В первые десятилетия колонизации Мексики они имели почти полную свободу действий, узурпировав по указанию короля пастырские и священнослужительские обязанности, обычно возлагаемые на мирских священников. Их лидерство в духовном завоевании обеспечило его эффективность и быстроту. Их влияние на колониальное общество Новой Испании, несмотря на малость их числа, имело взрывную силу.
Христианизация, к которой стремились миссионеры, была больше чем просто внешнее подчинение догмам. Крещению должны были предшествовать скрупулезное обучение азам веры, прослушивание проповедей, изучение катехизиса и основание школ, в которых сыновья индейских вождей могли изучать христианское вероучение и европейские обычаи. Обучение, наставление и крещение многих сотен тысяч людей силами небольшого числа монахов можно было осуществить, только собрав индейцев в городских общинах вблизи объединяющего центра, церкви и монастыря, из которого миссионеры направляли деятельность братии. Естественно, монахи селились в местах, где такие городские общины уже существовали, но за пределами старых столиц такая концентрация населения была редкостью. Огромное большинство индейцев жили в разрозненных деревушках среди полей, которые они обрабатывали. Поэтому большая часть энергии миссионеров уходила на то, чтобы уговорить или вынудить индейцев перебраться в новые города, построенные вокруг церкви и монастыря и предназначенные для проживания в них индейцев. Таким образом, по мнению миссионеров, новообращенные могли получить не только нравственные преимущества городской жизни и миссионерского обучения, но и экономическое и социальное преимущества изоляции от мирян-испанцев. Политика расового разделения пропагандировалась не для удобства европейцев, а для того, чтобы защитить индейцев от эксплуатации и нравственного разложения, которые могли последовать за слишком тесным контактом с европейцами, и держать их постоянным церковным надзором.