Голландская Ост-Индская компания, как и большинство торговых корпораций, сначала медленно и преодолевая нежелание местных правителей, обзавелась территориальными владениями. Теоретики и политики в Амстердаме приписывали упадок богатства и власти Португалии растрачиванию энергии на завоевание территорий и предостерегали компанию от аналогичной ошибки. Официальная политика директоров компании состояла в том, чтобы заниматься торговлей и избегать ввязываться в политику в Индонезии. И адмиралы большинства первых экспедиций вели себя осмотрительно и любезно, что резко контрастировало с заносчивостью португальцев. Однако вскоре они обнаружили, что пряности дешевы и имеются в изобилии на всех островах. Существовало много альтернативных источников снабжения и много маршрутов для перевозок товаров в Индию, на Ближний Восток и в Европу. Если голландская компания хотела бы стать еще одной среди многих конкурирующих перевозчиков, то в результате она подняла бы цены в Индонезии и, вероятно, насытила бы европейский рынок. Чтобы обеспечить дешевые и регулярные поставки на Востоке и устойчиво высокие цены в Европе, нужна была монополия. Этого можно было добиться, только сделав то, чего не удалось сделать португальцам, – установить контроль за основными источниками снабжения. Некоторые из самых талантливых чиновников компании на Востоке почти с самого начала были сторонниками агрессивной политики. Основатель Батавии Ян Питерсзон Кун объявил часть острова Ява от Чиребона до границы султаната Бантам и от Яванского моря до Индийского океана территорией компании. Он не мог придать законную силу своему заявлению, так что ни директора компании, ни индонезийские правители не приняли его всерьез; на самом деле на протяжении большей части XVII в. голландцы не могли уходить далеко от города, не боясь нападения бантамских грабителей. Однако некоторые преемники Куна – особенно Антон Ван-Димен и Корнелис Спелман – делали гораздо более необоснованные заявления, и в конечном счете их политика возобладала. Обстоятельства вынудили компанию обеспечивать торговое превосходство путем территориального господства.
Общий план, унаследованный от Куна его преемниками, состоял в том, чтобы сделать Батавию центральным рынком внутриазиатской торговли и основным складом восточных товаров для экспорта в Европу. Поскольку коммерческие интересы Голландии охватывали весь Восток от Нагасаки до Персидского залива, то план ведения торговли через Батавию включал привлечение большого количества ненужного морского транспорта на длинных обходных маршрутах; но, как обычно в те времена, соображения удобства должны были уступить соображениям монополии. Централизованную монополию было проще защищать. Как потенциальный монополист, компания стремилась насколько возможно закрыть восточные моря для других европейских кораблей, особенно португальских и английских, и свести перевозки местных торговцев к вспомогательной роли поставщиков местной продукции без какой-либо конкуренции в торговле на главных торговых путях. Такую систему можно было навязать только с помощью вооруженных флотилий и поддерживать в рабочем состоянии только благодаря обширной сети укрепленных торговых поселений. Для создания таких поселений и баз необходимо было заключать договоры с местными правителями. Постоянные гаремные интриги или войны за престолонаследие или необходимость оказания им помощи в противостоянии португальцам или местным соседям вынуждали индонезийских и других правителей слишком охотно обращаться к голландцам с просьбами вмешаться в их распри. Компания с ее стабильной организацией и ненасытным спросом на прибыль принимала плату в виде постоянных торговых концессий. Таким образом она добилась своего господства в экономике и постепенно сделала местных правителей сначала подчиненными себе союзниками, а затем вассалами. В конце концов голландцы не только пошли по стопам португальцев, но и обзавелись гораздо более реальными территориями, чем территории, которыми когда-либо владели португальцы.
Одной из главных целей политики компании было обеспечение контроля над западными подступами к архипелагу. Сама Батавия занимала господствующее положение в Зондском проливе. В Малаккском проливе португальцы и султанат Ачех, хоть и взаимно враждебно относились друг к другу, на протяжении многих лет сопротивлялись голландцам; но в 1641 г. Ван-Димен захватил Малакку, а в 1663 г. Ян Мацуйкер, встав на защиту союза ее недовольных вассалов, обеспечил крах султаната Ачех как могущественного и организованного государства. Еще дальше на западе в 1640 г. голландцы еще больше закрепились на острове Цейлон (Шри-Ланка), заключив с царством Канди, расположенным в центральной части острова, союз против португальских факторий на побережье. Сингальский монарх, как и многие индонезийские владыки, влез в огромные военные долги у компании, которые он выплачивал частями – слонами и корицей. Голландцы захватили прибрежные поселения Коломбо, Галле, Баттикалоа, Тринкомали, ик 1658 г. с Цейлона были изгнаны все португальцы. Цейлон давно уже был важным местом остановки, находившимся на полпути от дома, для торговых кораблей в Индийском океане. Контроль голландцев за его самыми главными гаванями укрепил положение компании, которая сумела монополизировать торговлю в Бенгальском заливе и не поощряла – хотя и не препятствовала – другим европейским государствам торговать с Коромандельским берегом.
Эти успехи гарантировали голландцам монополию на большую ценную часть восточной торговли – торговлю пряностями с Молуккскими островами, так как, хотя испанцы и держались в Тидоре до 1663 г., они вели войну, которая была ими уже проиграна. Острова Банда были завоеваны Куном в 1621 г. Их жители были истреблены или порабощены, а земля – распределена между служащими компании или номинальными собственниками, которые гарантировали, что будут продавать всю свою продукцию компании по назначенным ею ценам. Амбон был аналогичным образом поглощен в 1647 г. после долгой череды нападений вооруженных флотилий местных наемников, нанятых голландцами с целью уничтожить всю гвоздику, произведенную сверх потребностей компании. В 1650 г. восстание против голландских торговых агентов в Тернате – где их изначально радушно принимали как союзников против Тидоре – привело к репрессиям, и в 1657 г. местный султан был вынужден подписать договор, по которому в обмен на пенсию от голландцев он обязался запретить выращивание пряностей на всех подвластных ему островах, оставив это занятие исключительно на островах, находившихся во владении компании. Немедленным результатом подчинения голландцам Тернате стал рост богатства и престижа другого конкурента – города Макасара, султану которого поставляли оружие португальские и английские торговцы. Но в 1669 г. Макасар тоже был взят с помощью голландского флота и большого отряда бугийских наемников под командованием Корнелиса Спелмана. Султан Макасара согласился продать всю пригодную для экспорта продукцию своего царства компании и даровал голландцам монополию на ввоз промышленных и всех китайских товаров.
Оставалась нерешенной главная проблема – контроль над островом Ява. Безопасность Батавии в большой степени зависела от вражды между собой султанатов Матарам и Бантам; оба они претендовали на территорию Батавии. Будучи приморским государством, Бантам поддержал проигрышное дело англичан в 1618 г. в надежде на возврат себе Батавии и продолжал ожесточенно сопротивляться голландцам. Матарам, гораздо более крупный и сильный из двух султанатов, был удаленным от моря государством, правители которого плохо понимали важность и ценность морской торговли. Презирая голландцев как простых торговцев, они терпели их как покупателей риса и приветствовали их войны с султанами прибрежных государств. В 1646 г. сусухунан («тот-которому-подчиняется-всё») Матарама согласился в обмен на официальное признание его монаршей власти на территории компании не пускать яванских торговцев на Острова пряностей. Шаг за шагом голландцы уничтожали морское сообщение между Матарамом и внешним миром. Торговцы и кораблестроители потеряли работу, и яванцы стали почти полностью народом землепашцев. Единственным покупателем их зерновых культур, выращиваемых на экспорт, была голландская компания. Чтобы и дальше обеспечивать снабжение Батавии продовольствием, голландцы в 1675 г. вмешались в спор о престолонаследии в Матараме и добились от победителя в нем договора о закрытии вассальных портов Матарама для всех других иностранцев, монополии на торговлю опиумом и уступки компании значительной части земель, на которых выращивался рис. В 1680 г. они рассорились с Бантамом и, нанеся сокрушительное морское поражение султану, добились того, чтобы он оставил свои территориальные притязания, гарантировал голландцам монополию на торговлю перцем и закрыл свои порты для всех других иностранцев. К концу XVII в. компания не только контролировала все порты острова Ява, но и владела большими частями его внутренней территории от одного берега до другого. Многие правители приморских владений и их подданные, лишенные средств к существованию, стали пиратами, но никто не был достаточно силен, чтобы напрямую бросить вызов компании. Был подготовлен путь к широкой аннексии и созданию территориально большой империи.