В 1862 г. снова командовал отрядом, производившим рекогносцировку местности за рекой Чу; занял укрепление Кастек и после десятидневной осады взял и разрушил укрепление Пишпек. За отличия в этих делах произведен в генерал-майоры. В 1864 г. ему поручено было по высочайшему повелению начальство над войсками, расположенными в Семипалатинской области, а через несколько месяцев состоялось назначение на должность генерал-губернатора и командующего войсками Семипалатинской области.
С образованием в 1867 г. Семиреченской области Колпаковский получил новое назначение: военным губернатором и командующим войсками Семиреченской области, которой управлял почти 15 лет. В продолжение этого времени он обратил особенное внимание на устройство и образование Семиреченского казачьего войска, а также на развитие русской колонизации в Семиречье. В короткое время большей частью гористая и степная область покрылась оседлыми русскими поселениями, которые принесли с собой начала русской гражданственности и культуры, способствуя тем слиянию края с империей.
В 1871 г. Герасим Алексеевич произведен в генерал-лейтенанты и за энергичные распоряжения и действия, способствовавшие блестящему успеху экспедиции и быстрому покорению Кульджинского ханства, награжден орденом Св. Георгия III степени.
Во время отсутствия туркестанского генерал-губернатора и командующего войсками, генерал-адъютанта фон Кауфмана, неоднократно исполнял его обязанности, а во время Хивинской экспедиции 1873 г. исправлял должность начальника военнонародного управления. В 1876 г. командовал экспедиционным отрядом, занявшим Кокандское ханство, до присоединения его к империи под названием Ферганской области.
В 1882 г., по образовании степного генерал-губернаторства, в которое вошли принадлежавшие прежде к Туркестану и Западной Сибири области, он был назначен первым степным губернатором и командующим войсками Омского военного округа и в 1883 г. зачислен по Семиреченскому казачьему войску. В 1885 г. произведен в генералы от инфантерии, с оставлением в занимаемой должности. 24 октября 1889 г. назначен членом Военного совета.
Деятельность его в среднеазиатских владениях по достоинству оценена государем императором в высочайшем рескрипте, данном в 1891 г. при пожаловании алмазных знаков ордена Св. Александра Невского, по случаю пятидесятилетнего юбилея службы в офицерских чинах. «Долговременная и ревностная служба ваша, - говорится в этом рескрипте, -преимущественно посвященная утверждению нашего владычества и устройству управления в среднеазиатской окраине России, боевые отличия, при этом вами оказанные, а также административные способности и энергия, обнаруженные вами по исполнению возлагавшихся на вас временно обязанностей Туркестанского генерал-губернатора и командующего войсками Туркестанского военного округа, а затем в должностях степного генерал-губернатора и командующего войсками Омского военного округа, постоянно обращали на себя благосклонное монаршее внимание».
По приезде в Петербург он отдался административной деятельности в качестве члена Военного совета.
Имел все российские ордена до Св. Александра Невского с бриллиантами включительно; военный ордер Св. Георгия III и IV степени; бухарский орден Восходящей звезды с алмазами. Медали: серебряную - за усмирение Венгрии и Трансильвании в 1849 г.; бронзовые - в память войны 1853-1856 гг. за Кокандский поход и в память коронования их императорских величеств. Крест - в память покорения Кавказа, знак Красного Креста и знак отличия беспорочной службы.
Генерал-адъютант граф Муравьев-Амурский
Николай Николаевич Муравьев по окончании в 1827 г. образования в Пажеском корпусе был зачислен в л.-гв. Финляндский полк и принимал участие в обеих кампаниях 1828-1829 гг. и 1831 г. В следующем же году по состоянию здоровья вышел в отставку.
С 1838 г. Николай Николаевич снова поступил в распоряжение командира отдельного Кавказского корпуса генерал-лейтенанта Головина и все время своего пребывания на Кавказе, где между прочим дослужился до чина генерал -майора, он провел в беспрерывных экспедициях против горских племен.
В декабре 1845 г. Муравьев перешел на службу в Министерство внутренних дел, в 1846 г. назначен тульским губернатором, а в следующем - иркутским и енисейским генерал-губернатором и командующим войсками Восточной Сибири. Последний пост сделал его знаменитым. Совершив поездку по обширному вверенному ему краю, он предпринял целый ряд мер для улучшения быта туземного казачьего населения, для улучшения дела разработки рудников, и, наконец, его стараниями оказался присоединенным к России бассейн реки Амура. Во время этой поездки у графа возникла мысль о необходимости присоединения бассейна Амура в интересах поднятия благосостояния страны; получив от нашего правительства поручение войти по этому поводу в сношения с Китаем, Муравьев в 1854 г. на судах с 29 офицерами и 862 нижними чинами вышел из Шилкинского завода и по пути, на возможных для размещения войск пунктах, оставлял гарнизоны, постепенно занимая малолюдный край и тем самым прокладывая русским путь к берегам великого океана. Независимо от этого переговоры с Китаем также увенчались успехом и 16 мая 1858 г. заключены Айгунским трактатом, по которому к России присоединен Амурский и Уссурийский край. За эти труды Николай Николаевич в 1857 г. получил звание генерал-адъютанта, в 1858 г. - чин генерала от инфантерии и графское достоинство с прибавлением к фамилии наименования «Амурский».
Расстроенное здоровье заставило его просить об освобождении от занятий на окраинах империи, и 19 февраля 1861 г. он был назначен членом Государственного совета.
Умер граф в 1881 г.