Вплоть до 1889 года дом Морганов сохранял контроль над реорганизованными железными дорогами главным образом в целях самой реорганизации, однако теперь этот контроль был направлен на решение проблем морганизации и создания железнодорожной империи под прямым управлением финансистов.
Это четко прослеживалось в ходе реорганизации, в результате которой сформировалась Южная железная дорога — консолидация тридцати пяти корпораций в самую большую железнодорожную систему Юга, ставшую основой империи Моргана.
Предшественницей Южной железной дороги была «Ричмонд и Вест-Пойнт терминал компани», которая представляла собой серию объединений, непрочно связанных находящимися в их собственности акциями и договорами аренды. К 1891 году система «Ричмонд», хотя и состояла из трех северных и южных линий, доходивших на севере до Цинциннати и преобладавших на своей территории, оказалась финансово деморализованной из-за мошеннической капитализации, неправильного управления, спекулятивных махинаций ее директоров с акциями и обворовывания казны. Более того, в отчете «Дрексел, Морган и К°» говорилось, что большая часть протяженности системы была неприбыльной, а управление — неэффективным. Директора обратились в комитет, в который входили представители «Шпейер и К°» и «Кун, Лоеб и К°», с просьбой подготовить планы финансовой реорганизации дороги, но впоследствии эти планы были отвергнуты. После еще одной безуспешной попытки провести дружественную реорганизацию ряд известных банков, независимо от директоров «Ричмонда», обратился к «Дрексел, Морган и К°» с просьбой реорганизовать эту компанию. Директора были вынуждены присоединиться к этой просьбе. Приняв это предложение, дом Морганов впоследствии отказался продолжить эту реорганизацию из-за недостаточной поддержки со стороны всех заинтересованных сторон.
К 1893 году большинство дорог «Ричмонд терминал» оказались несостоятельными, они перешли под контроль управляющих имуществом, и следующее предложение о реорганизации было в итоге принято «Дрексел, Морган и К°». Реорганизация Моргана предусматривала качественное улучшение железных дорог, снижение эксплуатационных расходов, выпуск большого числа новых акций и переоценку наличности. В результате реорганизации и консолидации, после отказа от свободного объединения множества отдельных корпораций была создана унифицированная система протяженностью почти семь тысяч миль, которая затем еще больше укрепилась путем приобретения «Мобайл и Огайо» (печально известной снижением своих тарифов) и налаживания контроля за другими линиями. Теперь «Ричмонд терминал» превратилась в господствующую железнодорожную систему Юга. Несмотря на снижение цены на облигации, ее капитализация выросла на двадцать семь процентов (комиссия Моргана от этой реорганизации составила семьсот пятьдесят тысяч долларов в обычных акциях плюс сто тысяч долларов наличными), но в течение двадцати лет по акциям не выплачивалось никаких дивидендов. Управление дорогой было поручено воутинг-тресту, в который вошли Дж. П. Морган и Джордж Ф. Бейкер, президент Первого национального банка, сотрудничавшего с домом Морганов.
Следующей морганизированной железной дорогой стала злосчастная «Эри». После манипуляций Джекоба Литтла, Дэниела Дрю, Джея Гулда и их последователей эта собственность все еще находилась в ужасном состоянии, и дорога была объявлена несостоятельной во время паники 1893 года. Реорганизация «Эри» привела к еще одному столкновению между Дж. П. Морганом и Э. Г. Гарриманом.
Реорганизационный план Моргана столкнулся со значительной оппозицией. «Дж. С. Морган и К°» справилась с сопротивлением английского комитета, но американская оппозиция сохранилась. «Огаст Белмонт и К°», «Кун, Лоеб и К°», «Юнайтед стейтс траст компани» и Гарриман совместно утверждали, что план реорганизации Моргана был «несправедливым» и «финансово неправильным», но Морган проигнорировал этот протест и на совещании акционеров «Эри» полностью контролировал ход переговоров. В результате Белмонт, Кун — Лоеб и «Юнайтед стейтс траст» сняли свою оппозицию.
«Оставляем все тебе, — сказали они Моргану. — Делай то, что, с нашей точки зрения, опасно».
Тем не менее Гарриман продолжил борьбу и сформировал комитет по защите прав держателей ценных бумаг. Владея лишь небольшим числом облигаций, Гарриман был не очень финансово заинтересован в реорганизации «Эри». Его вмешательство имело целью заполучить место под солнцем в борьбе за власть над железными дорогами. Гарриман передал дело в суд, но потерпел фиаско, и единственным результатом этого поступка стало усиление нелюбви Моргана к этому человеку. Однако критика этой реорганизации была вполне оправданной, так как по прошествии года «Эри» утратила способность выполнять свои обязательства, что вызвало необходимость снижать, а не повышать стоимость ее услуг. Система «Эри» была унифицирована путем консолидации, а управление перешло в руки дома Морганов, который вдобавок получил компенсацию в размере пятисот тысяч долларов (плюс покрытие расходов) за свои услуги.
Более интересной и важной была реорганизация железной дороги «Филадельфия и Ридинг». Реорганизованная Морганом в 1887 году, «Ридинг» перешла под контроль группы капиталистов «Филадельфии», включая Джорджа М. Пуллмана и Артура Макклеода, который, будучи президентом данной дороги, начал проводить яростную кампанию по ее расширению и консолидации. Дом Морганов, все еще являвшийся фискальным агентом «Ридинг», воспринял эту кампанию неодобрительно, но Макклеод заявил, что «скорее согласится торговать семечками, чем подчинится диктату Дж. П. Моргана», и продолжил осуществление своих планов. Последующее столкновение было ужасным и завершилось реорганизацией и установлением власти Моргана.
Продолжая прежнюю политику «Ридинг», Макклеод попытался построить угольную монополию на основе огромных угольных холдингов дороги, путем распространения своего контроля над другими перевозящими уголь дорогами, посредством покупки акций и создания взаимосвязанных директоратов. Цены на уголь резко подскочили и вызвали возмущение общественности. Построив систему протяженностью пять тысяч миль, «Ридинг» соединяла промышленные регионы, где могла продавать излишки угля, и вторглась в Новую Англию, захватив частичный контроль над «Бостон и Майн». Создавалось впечатление, что в сфере железных дорог зарождалась новая мощная сила.
Так или иначе, кампания по экспансии «Ридинг» вызвала враждебность со стороны дома Морганов. «Пенсильвания рэйлроуд» почувствовала угрозу, а Вандербилты, делавшие большие ставки на угольную промышленность, негативно восприняли монополистические замашки Макклеода. Словно и этого было недостаточно, «Ридинг» вторглась в Новую Англию, где железные дороги контролировались Вандербилтами и домом Морганов. Это стало последней каплей, и объединение интересов Моргана, Вандербилта и «Пенсильвании» определило крах дельца, посягнувшего на чужую территорию.
В Новой Англии разразилась активная война между «Ридинг» и Вандербилтами, которых поддерживал Морган. «Ридинг» сделала несколько удачных шагов, но потерпела поражение в борьбе за контроль над линией «Олд колони», которая вместо этого слилась с «Нью-Йорк, Нью-Хейвен и Хартфорд» (в числе директоров которой были Дж. П. Морган, Чонси Депью и Уильям Рокфеллер). Победа «Нью-Хейвен» «осчастливила» официальных представителей «Пенсильвания рэйлроуд», поскольку «Олд колони» перевозила их грузы в Новую Англию, а контроль над ней со стороны «Ридинг» мог вытеснить «Пенсильванию» с этой территории или потребовать от нее дань.
