Яванское государство Матарам, основатель которого Санджайя был индуистом-шиваитом, возникло в VIII веке, но уже при внуке Санджайи, основавшем династию Шайлендров, религиозная ориентация государства изменилась. Яванские Шайлендры стали активно поддерживать буддизм махаянистского толка, свидетельством чего является величественный храмовый комплекс Боробудур. Возможно, буддийская ориентация Шайлендров сыграла определенную роль в том, что в начале IX века один из представителей этой династии с помощью династического брака стал правителем Шривиджайи и основателем там той же династии Шайлендров — факт, внесший немалую путаницу в историю индонезийских государств. Что же касается Матарама, то это яванское государство было типично восточным по своей внутренней организации. Землей в нем распоряжался сам правитель, административный аппарат состоял из служивших ему чиновников. Общинные крестьяне вносили в казну ренту-налог, за счет редистрибуции которой содержались знать, воины, чиновники, духовенство. Важную роль в Матараме играли торговые города-порты и вообще торговля и торговые операции.
Матарамские Шайлендры сошли с исторической арены в XI веке, уступив место государству, созданному одним из приближенных последнего правителя — его зятем Эрлангти, который восстановил на Яве приоритет шиваизма, но не преследовал буддистов, а, напротив, стремился создать некий синтез обеих религий. Государство Эрлангти подчинило себе почти всю Яву и являло собой строго централизованную организацию с хорошо налаженной чиновной администрацией, развитыми ремеслом и торговлей. Оно заботилось о поддержании в порядке ирригационной сети и упорядочило налогообложение. Размер ренты-налога составлял примерно десятую долю урожая.
После Эрлангти созданное им государство распалось, но вскоре один из его наследников сумел усилиться в княжестве Кедири, которое стало едва ли не сильнейшим на Яве в XII веке. В начале XIII века правитель Кедири пал жертвой заговора, а в последовавшей за тем династической борьбе победителем вышел Кертанагара, который затем сумел объединить яванские земли и противостоять нашествию монголов. Впрочем, предотвратить само нашествие он не смог, и уже после появления монголов на Яве, когда Кертанагара пал жертвой очередного заговора, его наследник Виджайя сумел ловко использовать монгольские отряды для победы над соперниками, после чего уничтожил часть их, а остальных вынудил убраться восвояси.
Виджайя создал новое государство Маджапахит (1293–1520) и стал его первым правителем. С этого времени Ява становится центром политического могущества Индонезии.
Справедливости ради стоит заметить, что эта тенденция начала проявлять себя еще в XIII веке, когда стала слабеть суматранская Шривиджайя. Удары со стороны южноиндийского государства Чолов подорвали ее могущество еще в XI веке, а в конце XII века ряд суматранских княжеств, бывших до того вассалами Шривиджайи, добились самостоятельности, как, например, Джамби. В XIII веке под ударами с севера, со стороны Сукотаи, и с востока, со стороны яванского правителя Кертанагары, Шривиджайя распалась. В этих условиях значительная часть ее наследства на Суматре и попала под власть яванского Маджапахита.
Маджапахит был крупнейшим государством в истории Индонезии. Хотя некоторые специалисты сомневаются подчас в том, что его правители реально контролировали все те земли, которые считали своими вассалами, факт остается фактом: владения Маджапахита распространялись на всю Яву, Суматру, Калимантан, даже Сулавеси, а также на многочисленные мелкие острова архипелага. Наивысшего развития это государство достигло в те годы, когда им управлял всесильный первый министр Гаджа Мада (20 — 60-е годы XIV века). Этот выдающийся политический деятель не только много сделал для собирания земель, но и умело управлял обширной и весьма разнородной империей, как Маджапахит иногда именуют.
Созданный Гаджой Мадой свод законов закрепил социально-политическую организацию государства. Во главе Маджапахита стоял махараджа, личные потребности двора которого удовлетворялись за счет доходов с земель, считавшихся его доменом. Остальные территории находились под управлением наместников, чаще всего из числа родственников правителя и знатных аристократов, а реальную власть на местах осуществляли многочисленные чиновники, получавшие за это от казны служебные наделы. Основной производственной и хозяйственной единицей была община, напоминавшая индийскую, хотя и без кастового неравенства. Налоги с общинников шли в казну, и за счет этих средств существовал весь аппарат власти. Немалое место в обществе занимали индуистские (прежде всего шиваиты) и буддийские жрецы и монахи. Большого развития достигла культура. Внимание уделялось архитектуре, литературе и особенно театру (театр марионеток ваянг — национальная гордость индонезийцев по сей день).
После смерти Гаджи Мады в 1364 году Маджапахит стал понемногу клониться к упадку. Вассальные князья в разных частях обширного государства то и дело стремились освободиться от опеки центра и добиться укрепления своих владений за счет более слабых соседей. Слабеющие правители государства, нередко ведшие изнурительные войны с претендентами на престол, заботились лишь о том, чтобы сохранить свою власть (а то и видимость власти), для чего нередко обращались за дипломатической поддержкой к третьим странам, в частности к минскому Китаю, чьи миссии (флот адмирала Чжэн Хэ) в начале XV века посещали Индонезию. Вообще следует заметить, что с XV века в городах Индонезии появились китайские мигранты, преимущественно ремесленники и торговцы, число которых со временем все возрастало, пока они, получившие сводное наименование хуацяо, не стали играть заметную роль в экономике Индонезии. Правда, это случилось не сразу. До этого Индонезия подверглась натиску иноземцев другого рода. Речь об ее исламизации.
Ислам впервые появился на островах Индонезии, видимо, в XIII веке, а уже на рубеже XIVи XV веков, как упоминалось, бежавший из Маджапахита яванский принц Парамешвара, воспользовавшись ослаблением власти на Яве, сумел создать в Малайе сильный султанат. Исламизированные малайцы, равно как и мусульманские торговцы из числа индийцев-гуджаратцев, арабов и персов, в XV веке стали активно заселять Суматру, укрепляться на Калимантане и Яве и, главное, нести с собой ислам как новую и дававшую в руки правителей мощные рычаги власти религиозную систему. Надо сказать, что многочисленные вассалы Маджапахита сразу же ухватились за эту возможность усилить свою власть. Все большее количество правителей княжеств превращались в султанов мусульманских государств, пока в 1520 году коалиция султанатов не уничтожила Маджапахит, который распался на множество самостоятельных мелких государств, в основном султанатов. Их междоусобные войны в XVI веке создали своего рода политический вакуум в Индонезии, что значительно облегчило португальцам задачу укрепления на островах архипелага.
В конце XVI века на развалинах Маджапахита в западной части Явы возникло государство Бантам. Этому, в частности, способствовал рост значения Зондского пролива в торговых операциях после того, как Малаккский пролив полностью попал под контроль португальцев. Бантам стал крупнейшим торговым портом, в котором проживало множество иностранных купцов, в том числе большая колония китайских мигрантов, игравших ведущую роль в торгово-ростовщических операциях.
