Крестьяне, являвшиеся самым важным союзником зинджей, не получили освобождения от податного ярма на территориях, захваченных вчерашними рабами. Горожане (особенно богатые) понесли большие потери от пожаров и грабежей, не говоря уже об избиениях населения. На территории господства зинджей сократилась торговля, что отразилось на положении купцов и ремесленников. Таким образом, социальная база зинджей была ненадежной — они держались только на силе оружия.
Командная верхушка зинджей к концу 870-х годов превратилась в группировку крупных землевладельцев и рабовладельцев. Владея земельной собственностью и рабами, эта группировка обирала рядовых зинджей, присваивая себе большую часть добычи и податей. По сути, она признала халифскую деспотию идеалом государственного устройства. Али ибн Мухаммед провозгласил себя халифом на территории, завоеванной зинджами, приказал молиться за себя в мечетях как за суверенного государя и чеканить монеты со своим именем. Таким образом, возник как бы «малый халифат» зинджей, а в среде самих зинджей стали нарастать социально-экономические противоречия. В их рядах наблюдались разочарование и неуверенность. Все это снижало боеспособность их войск.
Войска и флот под командованием Муваффака медленно продвигались на юг, и это движение не смогло остановить даже то, что в 880 году зинджи разбили еще один халифский отряд. В отличие от своих военачальников, которые истребляли всех зинджей, попадавших им в руки, Муваффак проводил разумную политику: он снисходительно обращался с пленными, запретил своим воинам убивать и мучить их. Таким обращением с зинджами он, несомненно, стремился не доводить их до отчаяния и тем самым ослабить их сопротивление.
По мере продвижения войск Муваффака зинджи перешли к обороне, рассредоточившись по укрепленным лагерям, которые воинам халифа пришлось брать штурмом. Наличие речного флота давало им возможность проникать к любому укрепленному пункту зинджей и подавлять сопротивление его защитников. Ал-Мухтара, резиденция Али ибн Мухаммеда, выдержал трехлетнюю осаду; его отчаянно сопротивлявшийся гарнизон отбил несколько штурмов халифских войск. Муваффаку пришлось построить хорошо укрепленный лагерь, чтобы предотвратить большие людские потери, причинявшиеся смелыми ночными вылазками осажденных. Он предлагал Али ибн Мухаммеду капитулировать и принести присягу халифу, за что обещал ему помилование, но предводитель зинджей отказался прекратить сопротивление, которое становилось все более безнадежным. Наконец в 883 году истощенный гарнизон ал-Мухтары не выдержал штурма, и эта крепость пала. Голова Али ибн Мухаммеда была брошена к ногам Муваффака.
После подавления восстания зинджи подверглись жестокой расправе. Многие были уничтожены, остальные снова обращены в рабство. Беспощадные репрессии обрушились и на их соучастников — азракитов. В Басре после взятия этого города зинджами руководящую политическую роль играл Мухаллиби, один из ближайших сподвижников Али ибн Мухаммеда. В своих проповедях и молитвах он призывал благословение божие на предводителя зинджей и двух первых халифов, Абу Бакра и Омара, и проклинал Аббасидов как деспотов и тиранов. Среди басрийцев оказалось немало единомышленников этого пламенного азракита, которые не отказались от своих убеждений и после того, как город опять оказался во власти халифа. Большинство их было убито и брошено в реку. Но было немало и таких, которым, как утверждает Масуди, долго удавалось скрываться в колодцах, а пищей им служили собаки, кошки, крысы и даже трупы умерших соратников.
