на подходах к Кронштадту — сторожевые катера № 223 и № 224,
на подходах к Лиепае — сторожевые катера № 214 и № 212.
За несколько часов до войны боевые корабли Балтийского флота совершали следующие перемещения по театру военных действий. Линкор «Марат»; сторожевые корабли «Туча», «Снег», «Штиль»; тральщики Т-203, Т-205 и Т-201 прибыли в Кронштадт. Тральщик Т-204 «Фугас» находился на переходе Таллин — Лиепая. Линкор «Октябрьская революция», эсминцы «Карл Маркс» и «Володарский», 2-й дивизион тральщиков занимались боевой подготовкой в районе Главной базы, т. е. Таллина, подлодка Л-3 — боевой подготовкой в районе Лиепаи. Отряд легких сил находился в Усть-Двинске.
Вспоминает С. Я. Прикот: «Война началась для меня так. Я служил на крейсере „Лютцов“ старшиной средней машины, как и раньше. Крейсер должен был в августе месяце выйти на испытания. Команда была уже на сто процентов укомплектована еще в январе 1941 г. Причем комплектация проходила быстро — за два-три дня укомплектовали команду в тысячу человек полностью. У меня на средней машине все до единого были со средним образованием. Большинство из техникумов. Не было ни одного без среднего. Такое было состояние. Я был на крейсере на хорошем счету, на доске почета была моя фотография. Съездил в отпуск в сороковом году в сентябре. Мы были в казарме, где Кировский подплав стоял на Кожевенной линии. Длинная казарма, и там команда крейсера занимала казармы. Нас было порядка тысячи человек. Служба шла уже как на корабле, потому что вот-вот должны были перейти на корабль.
Я как раз был дежурный по низам. Пошел отдыхать в час ночи. С двадцать первого на двадцать второе. Дррынь — звонок. От оперативного дежурного. Приготовить пятьдесят мест для экипажа эсминца „Гневный“, их вам привезут. Я разбудил интендантов, доложил дежурному по кораблю, все приготовили. Пошел к проходной, и как раз подъехала машина. Выгружаются матросы — кто в бескозырке, кто без бескозырки, кто в кальсонах и в тельняшке, кто в накинутой шинели. На бескозырках „Гневный“. Я попытался спросить, что там у них произошло, — никто не отвечает. Измученные люди. Тут уже и врачи были разбужены, их провели, накормили, спать уложили. И только потом дежурный сказал, что эсминец „Гневный“ утонул, а те, кого мы принимали — команда, которую подобрали. Ничего неясно, война началась или что. Я должен был смениться и уходить в увольнение. И вдруг на обед объявляют: сейчас выступит Молотов. Матросы уже сидят кушают. Молотов выступает и говорит: „Война началась“».
В иностранных портах находилось 20 судов, на переходе морем — 7 советских судов. Иностранные суда в советских портах: датское в Ленинграде, германское в Вентспилсе. Германским судном был «Клаус Рикмерс», стоявший в ремонте с весны 1941 г. На нем были захвачены карты немецкого торгового флота. Впоследствии командование Балтфлота пыталось использовать их при выборе маршрутов патрулирования и позиций подводных лодок. Однако с началом войны маршруты были изменены, кроме того, немцы считали кампанию скоротечной и попросту приостановили многие перевозки, рассчитывая возобновить их после разгрома СССР. Поэтому трофеи с «Клауса Рикмерса» оказались по большому счету бесполезными.
Несколько позже, в 1:12, 22 июня нарком направляет на флоты куда более пространную директиву № зн/88. В ней во многом копировал документ, направленный сухопутным войскам приграничных округов. В ней говорилось: «В течение 22.6—23.6 возможно внезапное нападение немцев. Нападение немцев может начаться с провокационных действий. Наша задача — не поддаваться ни на какие провокационные действия, могущие вызвать крупные осложнения. Одновременно флотам и флотилиям быть в полной боевой готовности встретить возможный удар немцев или их союзников. Приказываю, перейдя на оперативную готовность № 1, тщательно маскировать повышение боевой готовности. Ведение разведки в чужих территориальных водах категорически запрещаю. Никаких других мероприятий без особого распоряжения не проводить».
Тем самым предыдущий простой и всем понятный приказ во многом дезавуировался. В директиве появляется лукавое словосочетание «не поддаваться на провокации» и предложение тщательно маскировать повышение боевой готовности. В обстановке перехода от мира к войне это могло привести к весьма печальным последствиям. Но к счастью, советский флот не был приоритетной целью немецкой авиации в первые часы войны.
Первый день войны в Таллине прошел очень спокойно. Ю. С. Руссин, служивший на подводной лодке типа «М» («малютки»), вспоминал: «В субботу, 21 июня, 1941 г. личный состав подводных лодок жил по обычному распорядку дня. Вечером одна часть личного состава находилась в увольнении на берегу, другая — несла дежурно-вахтенную службу и отдыхала в кубриках на плавбазах. Никто не мог предположить, что это последний мирный день, что следующий день станет поворотным в судьбе каждого, в судьбе всей страны.
В 23 часа 37 минут на кораблях флота прозвучали колокола громкого боя. Должен заметить, что мы нередко слышали такие сигналы и были в какой-то мере привычны к ним. Еще 19 июня по приказанию из Москвы Балтийский флот был переведен на боевую готовность № 2. Ранее тревоги проводились как учебные, и личный состав выполнял свои обязанности в установленной последовательности. Но на этот раз боевая тревога всех насторожила. Она отозвалась в сердце каждого. И действительно, в ту ночь флот переходил на боевую готовность № 1.
В течение всей ночи личный состав „малюток“ не смыкал глаз, ожидая боевого приказа. Многие догадывались, что назревают чрезвычайные события. В Таллине было тихо, но, как мы узнали позже, в предутренние часы гитлеровцы уже бомбили с воздуха советские города и военно-морские базы».
Блокирование выходов из Финского залива требовало большого числа мин и даже при постановке сотен мин было неплотным. Поэтому минные заграждения «Апольда» и «Корбета» были дополнены постановкой минных полей у выходов из баз советского военно-морского флота. Минирование подступов к Кронштадту и Таллину при начертании границы в июне 1941 г. было для Люфтваффе практически невыполнимой задачей. Аэродромы в Восточной Пруссии находились слишком далеко, за пределами дальности полета бомбардировщиков. Задача могла быть решена только с помощью финнов. Операция была заранее подготовлена Люфтваффе совместно со штабом военно-воздушных сил Финляндии. Самолеты-минзаги поднялись в воздух раньше основных сил Люфтваффе, их полет начался в 00:10 22 июня. 14 «Юнкерсов-88» из состава Kampfgruppe-806 поднялись с аэродрома в Восточной Пруссии и взяли курс на Кронштадт. Внезапность была достигнута за счет того, что на заключительном этапе полет выполнялся на малой высоте и заход на Кронштадт был осуществлен со стороны Ленинграда. Застигнутая врасплох советская зенитная артиллерия не сделала ни одного выстрела. 28 магнитных мин были сброшены как на полигоне. Находившийся в ведущем самолете финский офицер связи вывел группу на аэродром Утти для дозаправки. Вечером 22 июня немецкие самолеты вернулись в Восточную Пруссию.
Достижение договоренностей о сотрудничестве с финнами позволило не только предпринять дерзкий рейд на минирование Кронштадта, но и высадить 22 июня диверсионную группу на советской территории. Целью диверсантов были шлюзы Беломоро-Балтийского канала. К операции были привлечены 16 финнов-добровольцев, входивших в состав отряда глубокой разведки финского Генерального штаба. Поскольку официально Финляндия еще не вступила в войну, участники рейда не должны были носить финскую форму и финское оружие. Им были выданы гражданская одежда, немецкое оружие и взрывчатка. На советскую территорию диверсантов должны были доставить две большие немецкие летающие лодки «Хейнкель-115». Они стартовали с озера Оулуярви 22 июня в 22:00 и взяли курс на восток. «Хейнкели» шли на бреющем полете, далеко обходя известные немцам советские аэродромы. Отряд был высажен ранним утром 23 июня на Конь-озере, к востоку от канала. Однако подойти к хорошо охраняемым шлюзам диверсантам не удалось, и они вернулись, израсходовали взрывчатку на несколько подрывов на Мурманской железной дороге. Немецкие гидросамолеты на обратном пути прикрывались финскими истребителями Брюстер «Буффало» американского производства. Они пролетели над советской территорией свыше 200 километров за два дня до официального вступления Финляндии в войну с СССР на стороне Германии.