Вскоре Шахт вылетает самостоятельно. К каждому новому полету готовится очень серьезно. Доверяя техникам, он тем не менее не поднимался в воздух, пока лично не проверит, все ли в порядке.
Однажды при возвращении на аэродром Шахт увидел, что с земли ему подают знаки. Оказалось, что у самолета отвалилось правое колесо. Летчик не растерялся и пошел на посадку. Только коснулся земли — сразу выключил мотор. Потеряв скорость, машина остановилась и мягко «присела» на правый бок.
Шахт освоил немецкие «фоккеры», английские «мартинсайды», стрельбу по воздушным целям.
В аттестации по окончании школы отмечалось: «Военную школу летчиков окончил успешно. Личные качества хорошие. Решителен, инициативен, собран. Всегда летал с большим желанием».
После окончания авиашколы Шахт служил летчиком в Липецке. С ноября 1925 г. по апрель 1926 г. по совместительству он работал в школе, где в то время готовили немецких летчиков. Затем продолжил службу в 35-м отдельном авиаотряде, который вскоре перевели в город Ташкент Среднеазиатского военного округа.
В аттестации 1927 г. наряду с такими важными чертами характера, как отзывчивость, сердечность, общительность, особенно подчеркиваются его командирские качества: «Выдержанный, дисциплинированный командир. Выдвижение на должность командира звена считаю нецелесообразным, так как продолжительное время тов. Шахт фактически нес в отряде обязанности командира звена и зарекомендовал себя с самой лучшей стороны. Вполне достоин и заслуживает выдвижения во внеочередном порядке на должность командира отряда».
Командир отряда Э. Шахт принял участие в жарких схватках с басмачами. Приказом командующего войсками округа за № 49 от 28 февраля 1928 г. «За выдающуюся работу в боевых условиях» Комиссией наград при РВС СССР он был награжден револьвером «Маузер» за № 355813 с надписью «Стойкому защитнику пролетарской революции», а 26 ноября 1930 г. — орденом Красного Знамени.
Его подразделение считалось одним из лучших. Вскоре Шахта послали на учебу для овладения техникой «слепого» полета, а затем — на курсы усовершенствования начсостава при Военно-воздушной академии.
В ноябре 1932 г. Э. Шахт был назначен командиром эскадрильи особого назначения, обслуживавшей Управление ВВС РККА. Некоторое время он был шеф-пилотом у начальника ВВС Алксниса. В мае 1936 г. за выдающиеся успехи по овладению боевой авиационной техникой и умелое руководство учебно-боевой работой и политической подготовкой личного состава майор Шахт был награжден вторым орденом Красного Знамени.
В числе первой группы советских летчиков-добровольцев, в сентябре 1936 г. Шахт прибыл в республиканскую Испанию. 6 октября он возглавил 1-ю интернациональную бомбардирочную эскадрилью «Испания». Со второй половины октября Шахт в Картахене помогал в разгрузке самолетов, прибывших теплоходами из СССР, организовывал их сборку на авиационных базах Лос-Алькасарес и Сан-Хавьер, недалеко от Картахены. Первые 30 бомбардировщиков «СБ» были собраны менее чем за 10 дней. Из них были сформированы три эскадрильи. Шахт возглавил 1-ю. Штурманом 1-й эскадрильи был назначен Г. Прокофьев.
Летчики и техники осваивали «СБ» в ходе их сборки. После руления и облета самолет считался освоенным даже теми, кто раньше его в глаза не видел.
Шахт, от природы скромный, даже застенчивый, с трудом понимал русский язык и, несмотря на то, что прожил в Советском Союзе 14 лет, говорил с сильным акцентом. Это становилось особенно заметным, когда Шахт волновался. Путая русские слова с немецкими, он спешил скорее произнести всю фразу, как правило, заканчивал ее на немецком языке. Сознавая за собой этот недостаток, Шахт хотел иметь такого помощника, который бы схватывал его мысль, развивал ее, облекая в необходимую словесную форму. В Прокофьеве он видел того человека, в котором нуждался. Постепенно он переложил вопросы организации боевых действий эскадрильи на Прокофьева, оставив за собой право их контроля и вождения группы.
В конце октября 1936 г. эскадрилья бомбардировщиков «СБ», под командованием Шахта перелетела из Лос-Алькасареса на аэродром сосредоточения Альбасете, а затем, чтобы избежать бомбардировки, перебазировалась на полевой аэродром вблизи селения Томельосо.
В ускоренном темпе велось комплектование экипажей и переучивание почти половины летного состава.
28 октября впервые «СБ» его эскадрильи появились над аэродромом в Талавере (160 км западнее Мадрида) и сбросили бомбы, уничтожив 15 самолетов мятежников. Бомбардировщиков попытались атаковать истребители мятежников, но у них не хватило скорости догнать.
29, 30 и 31 октября все три эскадрильи «СБ», взаимодействуя друг с другом, подвергли мощной бомбардировке аэродромы противника в Саламанке, Талавере и Севилье. Часть самолетов бомбила фронтовые позиции противника западнее Мадрида.
На аэродроме в Севилье скопилось большое количество немецко-итальянских самолетов. Погода была неважная. Низкие рваные облака застилали небо. В эскадрилье к тому времени имелось восемь исправных самолетов. 7 ноября все они под командованием Шахта вылетели на задание. До цели около 400 км, из них 160 км над территорией, занятой противником. Штурман экипажа самолета Шахта Г.М. Прокофьев вспоминал: «Горы пересекли на высоте 2 тыс м, летим над облаками. Впереди показалась долина, облака стали редеть и подниматься, и мы увидели вдали город. Обошли его с востока и легли на боевой курс, высота бомбометания 1200 м. Кроме цели, я ничего не замечаю. Командир эскадрильи четко выполняет все мои команды. Но вот бомбы полетели вниз…»
Отбомбившись по цели, эскадрилья подверглась обстрелу зенитных орудий, а затем атакам истребителей. Скоростные «СБ» могли легко оторваться от них, но был подбит один из бомбардировщиков, и Шахт упорно держал пониженную скорость, чтобы прикрыть его пулеметным огнем всей группы. Испанский летчик Ромос, понимая это и не желая разгрома эскадрильи, прощается и переводит машину в пикирование. Уже над своей территорией пошел на вынужденную посадку еще один самолет, но экипаж остался цел. Это был один из самых тяжелых боевых вылетов.
12 ноября 12 «СБ» эскадрильи Шахта пытались нанести удар по аэродрому Авила. На маршруте погода стала портиться. Не достигнув цели, самолеты звеньями стали разворачиваться на обратный курс. Два самолета на аэродром не вернулись: врезались в гору на своей территории.
И так день за днем. Боевые задания эскадрилья выполняла четко, строго по плану. Шахт воспитывал своих подчиненных личным примером. Летчики восхищались его мастерством, пластичностью пилотажа, точностью выполнения поставленных задач.
О Шахте в документах отмечалось: «Храбрый командир. Руководитель и участник всех боев, выполненных эскадрильей «СБ» на поле боя и в глубоком тылу противника. Своими смелыми нападениями на аэродромы противника и метким огнем вывел из строя десятки вражеских самолетов, в том числе 20 тяжелых бомбовозов».
31 декабря 1936 г. Э. Шахту было присвоено звание Героя Советского Союза. Он был как раз в Валенсии, когда объявили о награждении. Шахт вспоминал: «Мне звонили ночью. Было собрание, и все мы возмущались, что наш летчик Несмеянов награжден орденом Ленина, когда он летал 4 раза, а другой, как Линде, который работал гораздо лучше, награжден орденом Красного Знамени…» В беседе с Алкснисом, отчитываясь после командировки, он ставит вопрос о порядке награждения: «Над Мадридом наш стрелок сбил истребителя, я представил экипаж к награждению, а тут получилось, что поощряли всех, и за что конкретно — не чувствуется. Один летал 50 часов, а другой 9 часов».
