В том же 1954 году вступил в строй новый литейный цех, причалы № 13, 14, 15. В 1955 г. были сданы в эксплуатацию корпусный цех и трансформаторная подстанция № 3. В эти годы активно велось строительство жилья для работников завода. Были построены и сданы 12 жилых домов на 156 квартир и 33 комнаты в общежитии.
В 1958 г. было отремонтировано 26 объектов, освоен ремонт эсминцев проекта 30бис и подводных лодок пр. 613. Завод приступил к изготовлению артщитов пр. 435 и 436бис, гидроакустических щитов ГЛЩ-2, отражателей Б-6, сегментов якорей и металлических вех. В 1959 г. на заводе проводилось переоборудование судна «Илеть» — на его борту смонтировали пусковую установку и аппаратуру управления для испытательных пусков крылатых ракет П-35. Работы велись под наблюдением НПО «Машиностроение» (город Реутов). Опытовое судно перевели по каналу Волга — Дон в Каспийское море для проведения испытаний, которые обеспечивали специалисты завода.
В 1960 г. по проекту СКВ-172 13-й завод переоборудовал плавмастерскую «Металлист» в современную мастерскую М-127, ставшую затем основным подразделением по обеспечению докового ремонта кораблей в ПД-16.
9 марта 1961 г. Судостроительному заводу № 13 ВМФ было присвоено открытое название Морской завод № 13 ВМФ и условное наименование — в/ч 87069.
В 1968 г. на заводе был построен стенд размагничивания, а в последующие годы возведена электростанция, реконструированы водопровод и канализация, создан причал длиной 100 м с портальным краном грузоподъемностью 30 т и глубиной у кордона 7 м. Началось строительство цеха ремонта РЭВ и автоматики. Завод стал называться 113-м судоремонтным.
В 1969 г. завод был переведен на работу по принципам и условиям полного хозяйственного расчета и самофинансирования предприятия. В том же году на заводе прошел переоборудование малый десантный корабль пр. 106К в корабль для тренировки космонавтов. Тогда же завод приступил к строительству девяти специальных подводных лодок серии СПЛЦ по проекту 1720КТБ.
В начале 1970-х гг. судоремонтный завод занимался переоборудованием лесовоза «Донбасс» пр. 596П в специальный корабль для поиска и доставки космонавтов. Его оснастили радиолокационной станцией дальнего обнаружения МР-500. Грузовые трюмы были переоборудованы для перевозки спускаемых аппаратов, а все помещения оборудованы микроклиматом.
В 1971–1972 гг. на заводе изготовили опытную рейдовую бочку ОРП-71 для заправки кораблей на внешнем рейде без захода их в базу. ОРП-71 погружалась и всплывала по командам, подаваемым с берега. Бочки подобного типа активно использовались 5-й оперативной эскадрой на Средиземном море.
Весной 1980 г. завод получил плавдок ПД-30 подъемной силой 30 тыс. т. Морская инженерная служба ЧФ углубила и раскрепила док в Троицкой бухте. После проведения подготовительных работ и швартовых испытаний, 15 августа 1980 г. в плавдок поставили в ремонт первый доковый комплект, состоявший из кораблей проектов 61, 394Б и 532.
В 1982 г. в ходе Фолклендской войны англичане всего за неделю переоборудовали в авианесущие транспорты (импровизированные авианосцы) четыре контейнеровоза типа «Атлантик Конвейер» и разместили на каждом по 10–20 самолетов с вертикальным взлетом «Харриер».
Наши адмиралы решили собезьянничать, и в середине 1985 г. завод № 13 получил правительственное задание переоборудовать в кротчайшие сроки крупнотоннажные сухогрузы в авианесущие корабли по теме «Скорость». Для переоборудования Черноморское пароходство выделило два сухогруза. На сухогрузе «Михаил Черкасов» провели полномасштабную модернизацию. Всего за неделю на месте трюмов судна оборудовали ангары для базирования вертолетов, палубу накрыли металлическими, покрытыми теплоизолирующими плитами листами, изготовленными тем же заводом. На судно поместили электрооборудование для предполетной подготовки вертолетов и для их безопасной эксплуатации при взлете и посадке на палубу судна. В ходовой рубке были установлены посты навигации и радиосвязи с летательными аппаратами.
После проведения испытаний с выходом в море все оборудование с «Михаила Черкасова» было снято и законсервировано, а сам сухогруз в своем первоначальном виде передан Черноморскому морскому пароходству. Опираясь на опыт переоборудования сухогруза «Михаил Черкасов», КБ ВМФ разработали типовой проект переоборудования сухогрузов-контейнеровозов в авианесущие корабли.
В 1987 г. после взрыва детонаторов торпеды, находившейся в кормовом торпедном аппарате подводной лодки Б-36, на ней была сильно деформирована прочная сферическая переборка между 6-м и 7-м отсеками и повреждена труба торпедного аппарата. На заводе № 13 был успешно произведен ремонт Б-36, и после глубоководных испытаний подводную лодку допустили к эксплуатации без ограничений.
С 1975 по 1990 г. завод отремонтировал и сдал флоту 35 подводных лодок, 31 противолодочный корабль, 6 эсминцев, 14 сторожевых кораблей, 41 тральщик, 8 десантных кораблей, 120 вспомогательных судов — всего 250 единиц в объеме текущего и среднего ремонтов без учета навигационного ремонта и подготовки кораблей к несению боевой службы.
А всего с начала XX века предприятие освоило комплексный ремонт 11 проектов подводных лодок и 84 проектов надводных кораблей и судов флота. Через завод прошло 5 линкоров, 9 крейсеров, 139 подводных лодок, 28 канонерских лодок, 78 эсминцев, 15 больших противолодочных кораблей, 75 больших и средних десантных кораблей, 55 тральщиков, 96 сторожевых и малых противолодочных кораблей, 25 малых ракетных кораблей и катеров, 176 судов обеспечения.
Кроме того, построено 11 корпусов подводных лодок специального назначения, переоборудовано 11 кораблей и судов в корабли специального назначения, переоборудовано более 10 судов в опытные корабли для испытаний нового вооружения.
В мае 1997 г. по соглашению между Россией и Украиной 13-й судоремонтный завод остался в составе Российского флота и продолжал работать в Севастополе на правах аренды.
В том же 1997 г. московский мэр Юрий Лужков изыскал средства на окончание ремонта ракетного крейсера «Слава» пр. 1164, уже давно стоявшего у стенки завода «Имени 61 коммунара» в Николаеве. Корабль получил новое имя — гвардейский ракетный крейсер «Москва». Делегация руководителей 13-го завода отправилась в Николаев на завод имени 61 коммунара для проведения переговоров о возможности использования мощностей 13-го завода при ремонте крейсера «Москва». Но николаевские руководители отказали, мотивируя свой отказ тем, что севастопольский судоремонтный завод не в состоянии выполнить ремонтные работы на крейсере.
В июле 1997 г. директивой Главного штаба ВМФ России 13-й судоремонтный завод перешел из состава Главного управления судоремонтных заводов в подчинение технического управления Черноморского флота. В результате централизованное руководство заводом было нарушено и обеспечение технической документацией прервалось. Сократился и коллектив сотрудников завода с 2875 чел. в 1991 г. до 1314 в 1998 г.
Украинская администрация не только не помогала заводу, но и всячески старалась разорить его. Так, в 2000 г. против руководства завода было возбуждено уголовное дело якобы из-за неуплаты 25 млн. рублей в бюджет Украины. Были заблокированы расчетные счета предприятия в банках Севастополя и наложен арест на его имущество.
