В тот же день КЛ-12 поднялась вверх по Свири к селу Вязостров, где прикрывала эвакуацию населения, препятствуя переправе противника на левый берег. КЛ-12 и КЛ-14 успешно вели огонь по врагу в районе деревни Гакручей. Деревню заняли советские бойцы, высадившиеся с буксира «Лосось».
21 сентября КЛ-13 обстреляла окраину деревни Гакручей. Прямым попаданием был уничтожен склад боеприпасов и снаряжения. Противник отступил. 22-24 сентября КЛ-13, КЛ-14 и буксир «Лосось», на котором находились 72 бойца отдельного дорожно-строительного батальона и 27 бойцов народного ополчения, вышли на боевую позицию в районе Вязостров и Гакручей. Они получили приказ занять деревню и не допустить переправы противника на левый берег Свири. Но атака советских войск была отбита.
С 26 по 28 сентября канлодка КЛ-13 обстреливала деревню Прошино, выпустив более 180 снарядов. Со 2 по 5 октября дивизион канлодок, заняв позиции в Свирской губе, в течение четырех дней обстреливал скопление живой силы противника, израсходовав 511 снарядов.
7 октября финны заняли Вознесенье и были остановлены южнее города в районе реки Ошты. 8 октября командир 272-й стрелковой дивизии генерал-майор М.С. Князев, возглавивший сухопутную оборону по реке Оште, поставил перед Онежской флотилией задачу огнем корабельной артиллерии воспрепятствовать продвижению противника на участке Вознесенье – Ошта. Канлодки КЛ-11 и КЛ-13 нанесли удар по огневым точкам противника на мысе Куликов и Каменной гряде. 10 октября, при поддержке огня канлодок советские войска отбили атаки финнов.
С 11 по 24 октября канлодки КЛ-11, КЛ-13 и КЛ-15, находясь в Онежском обводном канале и у южного берега озера, обстреливали огневые точки противника, поддерживая атаки сухопутных частей. Они также препятствовали переправе противника через Свирь, продвижению подкреплений, подвозу боеприпасов и снабжения. Было израсходовано 1375 снарядов. Советские войска удержали оштинский рубеж.
8 ходе отступления советских войск на Свири, в Петрозаводске и Повенце были брошены свыше 20 исправных пароходов и буксиров. В начале октября 1941 года финны начали переоборудовать их в канонерские лодки и сторожевые корабли. Главной базой финской флотилии стал Петрозаводск.
В середине октября в Вытегру прибыл отряд бронекатеров в составе БКА-35, БКА-63, БКА-64 и БКА-65, перечисленных из состава Ладожской военной флотилии.
Но вскоре бронекатера по Вытегре и Мариинской системе отправились на зимовку в Молотов (Пермь). Канлодки тоже должны были идти в Молотов, но ледостав задержал их в городе Горьком. 28 ноября 1941 года приказом наркома ВМФ Онежская флотилия была расформирована, а ее корабли переданы Волжской военной флотилии. 30 апреля 1942 года по приказу наркома ВМФ из состава Волжской военной флотилии был сформирован Онежский отряд кораблей. Он состоял из штабного корабля «Московский комсомолец» (бывший сетевой заградитель «Исеть»), 6 канонерских лодок (КЛ-11, 13, 14, 15, 40,41), 8 бронекатеров (БКА-11,12, 31, 32, 35, 63,64, 65), 7 сторожевых катеров и катеров тральщиков, 4 глиссеров, сил охраны водного района, 31-го отдельного батальона морской пехоты, службы наблюдения и связи, отдела тыла, складов и производственных предприятий. Онежский отряд кораблей непосредственно подчинялся наркому ВМФ, а оперативно – командующему 7-й Отдельной армией. Местами базирования для его судов стали река Вытегра, Обводной канал, реки Андома и Водла.
7 июня все суда, кроме бронекатеров, прибыли в город Вытегра, и отряд приступил к выполнению боевых задач. Дивизион бронекатеров, состоявший из двух отрядов по четыре катера, прибыл на Вытегру 16 июня и 21 июня начал боевую деятельность.
На Онежском озерном театре к этому времени сложилась следующая оперативная обстайовка. В руках противника находился западный берег озера от Вознесенье до Повенеца с бухтами и пристанями, удобными для стоянки кораблей. Северная и южная части этого берега были укреплены системой береговой обороны, состоявшей из отдельных гарнизонов и батарей. В северной части озера на полуострове Заонежье и некоторых островах финны установили дальнобойные батареи и держали под огнем весь берег от мыса Оров-Наволок до Оров-Губы.
Восточный берег озера охраняли части 7-й Отдельной и 32-й армий (разграничительная линия по реке Водла). На севере от реки Водла до губы Черной занимал оборону 80-й стрелковый полк войск НКВД, входивший в состав 32-й армии. Южнее реки Водла до реки Вытегра стоял 185-й отдельный стрелковый батальон войск НКВД.
Побережье от реки Вытегра до устья реки Ошта занимали части 369-й стрелковой дивизии. В деревне Девятина базировалась 1-й гвардейская эскадрилья бомбардировщиков Пе-2.
В соответствии с задачами, поставленными командованием 7-й Отдельной и 32-й армий, выявились два самостоятельных направления боевой деятельности отряда: южное и северное. В дальнейшем отряд кораблей обеспечивал оборону города Вытегра и конвоирование судов на участках Вытегра – Шала; Вытегра – Андома.
Северная (шальская) группа кораблей в составе трех бронекатеров, двух канлодок и сторожевого катера обеспечивала левый фланг 32-й армии (80-й стрелковый полк), охраняя восточное побережье Повенецкого и Заонежского заливов. В задачи группы входили разведка, дозор, охрана коммуникаций, высадка разведгрупп. В ходе боевой деятельности наибольшее значение приобрела высадка разведгрупп. Для этой цели использовались катера КМ и бронекатера. За два месяца в тыл противника были высажены 126 человек. Одновременно снимались с берега ранее высаженные группы. С июня по октябрь северная группа совершила более 70 боевых выходов, в том числе 27 в дозор, провела 5 артиллерийских обстрелов, высадила 15 разведгрупп.
Южная группа кораблей поддерживала фланг 368-й стрелковой дивизии совместно с 31-м отдельным батальоном морской пехоты, оборонявшим побережье от мыса Черные Пески до устья реки Вытегра (затем до Тудозера), вела разведывательные, поисковые и артиллерийские набеговые действия, несла дозорную службу. Важное значение приобрели набеговые действия, в которых участвовали канлодки и бронекатера самостоятельно и во взаимодействии с авиацией. Корабли и катера 30 раз вели огонь по береговым объектам противника. На южном направлении с июня по октябрь было совершено 160 боевых выходов, в том числе 30 – для артиллерийских обстрелов, 3 – для поиска, 107 – в дозор.
31 июля 1942 года канлодка КЛ-13 (бывший буксир «Ижорец-18») произвела высадку разВедгруппы в районе острова Василисин, а затем пропала без вести. По данным популярной советской литературы она погибла в шторм, по закрытым данным причина гибели неизвестна. В середине ноября 1942 года Онежский отряд кораблей по Мариинской системе отправился зимовать в город Рыбинск. 31-й отдельный батальон морской пехоты был оставлен оборонять юго-восточное побережье Онежского озера.
К началу 1943 года оборона побережья Онежского озера, занятого финнами, состояла из отдельных гарнизонов, узлов сопротивления, имевших в своем составе подвижные и стационарные батареи, а также двух укрепленных районов. В первый укрепрайон входил участок от города Петрозаводск до поселка Вознесенье (обороняла 1-я онежская бригада береговой обороны), во второй – полуостров Заонежье и остров Большой Климецкий (обороняла 2-я онежская бригада береговой обороны). Финская артиллерия располагалась побатарейно или поорудийно.
