Собор практически единогласно избрал Федора Ивановича на царство. 31 мая 1584 г. Федор торжественно венчался на царство «по греческим обычаям». Долгая церемония утомила его. Не дождавшись конца коронации, Федор передал шапку Мономаха боярину Мстиславскому, а державу (тяжелое золотое яблоко) — Борису Годунову. Этот в принципе незначительный эпизод произвел гнетущее впечатление на всех присутствовавших.
Царь Федор мало походил на своего отца. Он был небольшого роста, приземист, одутловат, имел нетвердую походку. С его лица не сходила блаженная улыбка. Федор был крайне набожен. Ежедневно он подолгу молился, любил сам звонить на колокольне. Раз в неделю царь отправлялся на богомолье в ближние монастыри.
Набожность у Федора сочеталась с любовью к диким забавам и кровавым потехам. Федор буквально упивался зрелищем кулачного и в особенности медвежьего боя. На его глазах вооруженный рогатиной охотник отбивался как мог, от медведя в круге, обнесенном стеной, из которого некуда было бежать. Потеха редко обходилась без крови. Кроткий царь Федор периодически бил палкой ближних бояр, доставалось и шурину Борису.
Положительно отзывался о Федоре лишь патриарх Иов, который видел в нем разумного политика и образец государя. Все остальные современники и особенно иностранцы были беспощадны к новому царю. Английский посол Флетчер писал: «Царь прост и слабоумен… мало способен к делам политическим и до крайности суеверен». Папский нунций Поссевино писал об идиотизме царя, граничащем с безумием. Польский посол Лев Сапега, вернувшись из Москвы, заявил на сейме: «Напрасно говорят, что у этого государя мало рассудка: я убедился, что он вовсе лишен его».
При царе Федоре постепенно стал исчезать страх, вызванный террором его отца. По этому случаю дьяк Иван Тимофеев записал: «Бояре долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле. Как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после паря сыном Федором, считали, как будто и нет его…»
Перед коронацией началась жестокая борьба сильнейших кланов (родов) за награды и пожалованья, которыми обычно сопровождалось восшествие на престол великих князей московских. Больше всех получил Борис Годунов. Федор возвел шурина в чин конюшего, то есть сделал старшим боярином. В 1565 г. царь Иван казнил последнего конюшего — князя А. Б. Горбатого-Шуйского — и упразднил этот чин. Восстановление чина конюшего и назначение 32-летнего боярина означало укрепление позиций клана Годуновых. В начале мая 1584 г. боярином и дворецким стал Григорий Васильевич Годунов. 31 мая получили боярство Степан и Иван Васильевичи Годуновы. В июне 1584 г. и в апреле 1586 года Иван Васильевич Годунов упоминается как «боярин и дворецкий казанский и нижегородский и наместник рязанский». Таким образом, уже к лету 1584 г. в Боярской думе было пять бояр Годуновых, трое из которых занимали особые дворцовые должности.
Дума продолжала пополняться сторонниками клана Годуновых. Князья Хворостины всегда были на хорошем счету у Годуновых. В первый же год царствования царя Федора окольничий князь Д. И. Хворостин получил чин боярина, а его брат Ф. И. Хворостин, занимавший должность дворецкого, стал окольничим. К началу 1585 г. боярами становятся князья Никита и Тимофей Романовичи Трубецкие, которые были также сторонниками Годуновых. К ноябрю 1585 г. чин думного дворянина получил Андрей Петрович Клешин — человек, преданный Борису Годунову. В 1584 г. чин окольничего получил князь Петр Семенович Лобанов-Ростовский, приближенный Годуновых. В 1585 г. боярином становится свояк Бориса Годунова, родовитый и богатый князь Иван Михайлович Глинский.
Однако с воцарением Федора существенно усилился и клан Шуйских. Перед коронацией боярство получил Василий Иванович Шуйский. К апрелю 1585 г. боярином стал Александр Иванович Шуйский, а в начале следующего года — Дмитрий Иванович Шуйский.
В 1584–1585 гг. в Боярской думе оказалось и много сторонников Шуйских. Так, в 1584 г. из окольничих в бояре попал Ф. В. Шереметев, а окольничим и царским казначеем стал В. В. Головин.
Коронация Федора дает клану Романовых гораздо меньше, чем Годуновым и Шуйским. К сентябрю 1584 г. боярство получает князь Федор Михайлович Троекуров, сын которого Иван был женат на Анне Никитичне Юрьевой-Захарьиной. К февралю 1585 г. боярином стал князь Иван Васильевич Сицкий, женатый на Евфимии Никитичне Юрьевой-Захарьиной. Одновременно с ним стал боярином князь Федор Дмитриевич Шастунов, женатый на Фетинье Даниловне Захарьиной-Юрьевой.
Сразу после смерти Ивана Грозного возникает союз между Годуновыми и Романовыми-Захарьиными. Союз этот был вынужденным. И те и другие были родственниками царя Федора по женской линии, и для обоих кланов стало бы катастрофой воцарение Димитрия и приход к власти Богдана Бельского и шайки наглых и жадных Нагих.
После коронации Федора и ссылки Нагих и Бельского союз Годуновых и Романовых-Захарьиных не только не распался, а наоборот укрепился в борьбе с кланом Шуйских. Оба семейства были «плебеями» перед «принцами крови», как Шуйских называли в Польше. Был тут и субъективный фактор. Никита Романович стал уже стар и серьезно болел. В августе 1584 г. Никита окончательно слег в постель и не мог выполнять свои служебные обязанности. Сыновья Никиты Романовича были еще сравнительно молоды и не имели пока большого политического веса.
Современники сходятся во мнении, что Никита Романович осенью 1584 г. сам искал дружбы Бориса Годунова и вверил ему своих совсем еще молодых сыновей. Троицкий монах Авраамий Палицын, очевидец событий, утверждал, что Годунов обещал Никите Романовичу «соблюсти» его семью. Автор «Сказания о Филарете Романове», использовавший семейные предания Романовых, авторитетно подтвердил слова Авраама Палицына. Согласно «Сказанию…», Борис Годунов проявил любовь к детям Романова и дал страшную клятву, что всегда будет почитать их за братьев. В конце 1585 г. Никита Романович постригся в монахи под именем Нифонта и скончался 23 апреля 1586 г.
Годуновы и Романовы постепенно стали оттеснять Шуйских от ведения государственных дел. Это хорошо заметно в дипломатии. Так, боярин Ф. М. Троекуров трижды (осенью 1584 г., летом 1586 г. и летом 1587 г.) отправляется послом в Польшу. Летом 1586 г. русские послы по указанию Бориса Годунова собирали в Польше сведения о связях Шуйских с «изменником» М. И. Головиным. В апреле 1586 г. Борис Годунов отказал польскому послу М. Гарабурде в аудиенции «всех бояр» и назначил вести переговоры доверенных лиц — «ближней думы» бояр И. В. Годунова, князя И. В. Сицкого и «ближних» дьяков Щелкаловых и Е. Д. Вылузгина.
Во внутренних делах наибольшую остроту приобрела борьба за Казенный приказ — центральное финансовое ведомство государства.
Обычно владеть царской казной назначалось два казначея, которые контролировали друг друга. Опираясь на поддержку бояр, главный казначей Петр Иванович Головин добился того, что вторым казначеем был назначен его родственник Владимир Головин. Более века Головины из поколения в поколение служили главными казначеями при московских государях. Но теперь, при царе Федоре, они распоряжались государственной казной бесконтрольно. Казенный приказ оказался вотчиной сторонников Мстиславского и Шуйского.
