Родители Иова были простыми посадскими людьми, так что путь к светской карьере их сыну был закрыт. Но успехи в церковной карьере зависели гораздо больше от личных качеств человека, нежели от его происхождения. Вспомним, к примеру, что Никон и Аввакум были из одной деревни.
В 1571 г. Иов становится архимандритом московского Симонова Успенского монастыря, а через четыре года — архимандритом более престижного Новоспасского монастыря. 16 апреля 1581 г. Иов был рукоположен в сан епископа коломенского.
По свидетельствам современников, Иов имел достаточно хорошее образование, но был человеком посредственным. Такие люди навсегда задерживаются на средних ступенях служебной лестницы, они являются хорошими исполнителями, но мало подходят на роль главных действующих лиц.
9 января 1586 г., в разгар борьбы с Шуйскими, по велению Годунова Иова перевели из Коломны в Ростов и назначили архиепископом ростовским, ярославским и белозерским. Пробыв архиепископом менее года, Иов уже 11 декабря 1586 г. занял митрополичью кафедру.
В середине декабря 1586 г. Шуйские вновь организовали мятеж московских горожан. О подробностях мятежа официальные летописцы молчат. Но любопытно донесение витебского воеводы польскому королю, отправленное в конце декабря. Воевода писал, что мятеж горожан в Москве возглавил Андрей Иванович Шуйский. Восставшие якобы напали на двор Годуновых и разгромили его. При штурме двора был убит сам Борис и 800 человек его сторонников. На самом деле штурм годуновского подворья не удался, и сам мятеж был подавлен.
Расправа над побежденными на сей раз была жестче. Купец Федор Ногай и шесть купцов — сторонников Шуйских были публично казнены у Кремлевской стены. Десятки торговых людей разослали по разным городам «на житье».
Князья Шуйские были отправлены в ссылку в свои вотчины. Но в начале 1587 г. Борис Годунов приказал взять под стражу Шуйских. Князя Ивана Петровича Шуйского схватили по дороге, когда он ехал в свою суздальскую вотчину. Иван Петрович под караулом был отправлен на Белоозеро. Там его постригли в монахи под именем Иова. 16 ноября 1588 г. старец Иов преставился, причем недруги Годунова утверждали, что его удавили по приказу Бориса. Пока ни современникам, ни историкам не приходило в голову обвинить Бориса в глупости или патологической жестокости. Так зачем же ему понадобилось убивать весьма популярного в народе человека, героя обороны Пскова, который, став монахом, уже не мог участвовать в политической борьбе, даже если бы ему удалось бежать из монастыря.
Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через пол года скончался при невыясненных обстоятельствах. Естественно, и его смерть приписали козням Бориса.
В города Галич и Шую были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Ивановичи Шуйские. Опалы непосредственно не затронули В. Ф. Скопина-Шуйского, который находился «на жаловании в Каргополе» и не принимал участия в мятеже 1586 г.
По отдаленным городам были разосланы и сторонники Шуйских. Так, князя И. А. Татева сослали в Астрахань, И. Ф. Крюк-Колычева — в Нижний Новгород и т. д. На время из столицы был удален и свояк Шуйских князь Д. А. Ногтев-Суздальский. Его ссылка была почетной — он стал воеводой в Свияжске.
Сторонник Шуйских боярин Ф. В. Шереметев не подвергся опале вместе с Шуйскими и сохранил боярский чин. Но в 1589–1590 гг., видимо, не без связи с делом Шуйских он был вынужден постричься в монахи.
Разгромив клан Шуйских, Борис дал ясно понять князьям Рюриковичам, что им и их сторонникам нечего и мечтать о престоле.
Управление Россией из коллегиального, как это было в 1584–1585 гг., постепенно переходит в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584–1586 гг царь Федор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в 1586 г Бориса большой северной волостью Вага.
Англичанин Горсей писал в 1589 г., что годовой доход Годуновых составляет 175 тысяч рублей, и они могли выставить в поле сто тысяч воинов. Цифры эти несколько преувеличены, но они показывают, по крайней мере, порядок цифр богатства Годуновых.
Еще в 1586 г. Борису Годунову пришла в голову мысль учредить патриаршество на Руси. Не будем спорить, чего больше хотел достичь Борис — величия России или усиления своей власти. С началом царствования Федора Борис не разделяет свои интересы с интересами России. Позднейшие историки, в значительной своей части настроенные враждебно к Годунову, не найдут ни одного поступка боярина, а затем и царя Бориса, совершенного в личных целях и шедшего вразрез с интересами государства.
Как известно, Русь приняла крещение от Византии. Главой православной церкви был константинопольский патриарх. Русская митрополия первые три века своего существования рассматривалась в Константинополе как второстепенная периферийная епархия. Флорентийская уния 1438 года (попытка объединения с католиками) и взятие в 1453 г. Константинополя турками необратимо подорвали авторитет константинопольского патриарха. Одновременно Московское княжество стало мощным государством. Греческая церковь превратилась в иждивенку Москвы. В такой ситуации вполне понятно желание Москвы иметь своего патриарха рядом с единственным тогда православным государем — царем всея Руси.
С учреждением патриаршества в Москве надо было спешить, так как польский канцлер Ян Замойский уже поднимал вопрос с константинопольским патриархом о переносе патриаршеского престола в Киев. Вспомним, что к началу XVII века чуть ли не две трети бывшей Киевской Руси с православным населением находилось в составе Речи Посполитой. Учреждение патриархии в Москве было не только задумано, но и лично исполнено Борисом Годуновым. В «черновой» работе ему помогали дьяки братья Андрей и Василий Щелкаловы. Боярская дума и московское духовенство в этой трагикомедии выполняли лишь роль статистов.
В 1588 г. константинопольский патриарх Иеремия прибыл в Москву по приглашению Бориса. Кстати, это был первый визит константинопольского патриарха на Русь. Переговоры с патриархом затянулись более чем на полгода и велись исключительно Борисом и Щелкаловыми. Хитрый грек приехал в Москву за щедрыми субсидиями, а о московском патриаршестве поначалу и слышать не хотел. Казалось бы, ситуация безнадежная, так как учреждение патриаршества без согласия главы православной церкви могло привести к расколу и смуте на Руси. Борис буквально шел по лезвию бритвы. Им был подкуплен один из спутников Иеремии архиепископ элассонский Арсений. После очередных безрезультатных переговоров Иеремия в присутствии Арсения заявил, что патриарха в Москве он ни за что не поставит, а в крайнем случае сам готов остаться в Москве патриархом. Арсений немедленно сообщил об этом Борису. Естественно, такой блестящий дипломат не упустил свой шанс. Московские приставы, охранявшие патриарха, начали просить его стать патриархом в Москве. Вроде бы по секрету передавали, что царь и бояре только и мечтают видеть Иеремию в Москве. Лесть вскружила голову Иеремии, и он, не дожидаясь официального предложения, публично согласился учредить в Москве патриархию и самому стать во главе ее. Патриарх попал в ловушку Бориса. Царь Федор прислал официальную грамоту:
