Документы собора дошли до нас почти полностью. Однако как раз обилие документов привело историков к разночтениям и, соответственно, к разным их толкованиям. Нет даже единства в числе участников собора. Н. М. Карамзин насчитал 500 избирателей, С. М. Соловьев — 474, Н. И. Костомаров — 476, В. О. Ключевский — 512, а современная исследовательница С. П. Мордовина — более 600.
По мнению автора, дело в том, что в разные дни заседаний присутствовало разное число членов собора (посмотрите вечером по телевизору заседание Государственной думы — сколько там пустующих мест!) Видимо, были и споры, кого из приехавших представителей городов считать полноправными представителями, а кого — нет. Даже если предположить, что какие-то документы собора были позже скорректированы, все равно собор 1598 г. был правомочным и легитимным.
Поданным С. М. Соловьева, на соборе из 474 человек 99 были духовными лицами, 272 человека — бояре, дворяне и дьяки, 33 человека — выборные от горожан, 7 стрелецких голов, 22 купца, 5 старост гостиных сотен и 16 представителей черных сотен.
Согласно официальным документам, собор открылся речью патриарха, который заявил, что после смерти царя Федора предложено было царство царице Ирине, но та не согласилась, и тогда просили ее благословить брата, просили и самого Годунова. Борис также отказался, и тогда отложили дело на 40 дней, до приезда выборных. «Теперь, — говорил Иов, — вы бы о том великом деле нам и всему освященному собору мысль свою объявили и совет дали: кому на великом преславном государстве государем быть?» И, не дождавшись ответа, продолжал: «А у меня, Иова патриарха, у митрополитов, архиепископов, епископов, архимандритов, игуменов и у всего освященного вселенского собора, у бояр, дворян, приказных и служилых, у всяких людей, у гостей и всех православных христиан, которые были на Москве, мысль и совет всех единодушно, что нам, мимо государя Бориса Федоровича, иного государя никого не искать и не хотеть». На что советные люди громко ответили: «Наш совет и желание одинаково с твоими отца нашего всего освященного собора, бояр, дворян и всех православных христиан, что неотложно бить челом государю Борису Федоровичу и, кроме его, на государство никого не искать».
После этого на соборе началось перечисление прав Бориса Годунова на престол: «Царь Иван Васильевич женил сына своего, царевича Федора, на Ирине Федоровне Годуновой, и взяли ее, государыню, в свои царские палаты семи лет, и воспитывалась она в царских палатах до брака. Борис Федорович также при светлых царских очах был безотступно еще с несовершеннолетнего возраста, и от премудрого царского разума царственным чинам и достоянию навык. По смерти царевича Ивана Ивановича великий государь Борису Федоровичу говорил: Божиими судьбами, а по моему греху, царевича не стало, и я в своей кручине не чаю себе долгого живота; так полагаю сына своего царевича Феодора и богом данную мне дочь царицу Ирину на Бога, Пречистую Богородицу, великих чудотворцев и на тебя, Бориса. Ты бы 06 их здоровье радел и ими промышлял. Какова мне дочь царица Ирина, таков мне ты, Борис, в нашей милости ты все равно, как сын. На смертном одре царь Иван Васильевич, представляя в свидетельство духовника своего, архимандрита Феодосия, говорил Борису Федоровичу: тебе приказываю сына своего Феодора и дочь Ирину, соблюди их от всяких зол. Когда царь Федор Иванович принял державу Российского царства, тогда Борис Федорович, помня приказ царя Ивана Васильевича, государское здоровье хранил, как зеницу ока, о царе Феодоре и царице Ирине попечение великое имел, государство их отовсюду оберегал с великим радением и попечением многих, своим премудрым разумом и бодро-опасным содержательством учинил их царскому имени во всем великую честь и похвалу, а великим их государствам многое пространство и расширение, окрестных прегордых царей послушными сотворил, победил прегордого царя крымского и непослушника короля шведского под государеву высокую десницу привел, города, которые были за Шведским королевством, взял. К нему, царскому шурину, цесарь христианский, салтан турецкий, шах персидский и короли из многих государств послов своих присылали со многою честию. Все Российское царство он в тишине устроил, воинский чин в призрении и во многой милости, в строении учинил, все православное христианство в покое и тишине, бедных вдов и сирот в крепком заступлении, всем повинным пощада и неоскудные реки милосердия изливались, святая наша вера сияет во вселенной выше всех, как под небесем пресветлое солнце, и славно было государево и государынино имя от моря и до моря, от рек и до конец вселенной».
В субботу, 18 февраля 1598 г., и в воскресенье, 19-го, в Успенском соборе в Кремле торжественно служили молебны, чтобы бог даровал православному христианству по его прошению государя царя Бориса Федоровича.
20 февраля, в понедельник, после молебна патриарх с духовенством, боярами и множеством народа отправились в Новодевичий монастырь, где находились Борис и Ирина (инокиня Александра). Они со слезами молили Бориса принять престол, но получили отказ.
Патриарх Иов опять призвал всех православных христиан на следующий день, во вторник, устроить празднество Пречистой Богородице в Успенском соборе, а также по всем церквям и монастырям, после чего с иконами и крестами идти в Новодевичий монастырь. Тут же Иов тайно договорился с духовенством о том, что если царица благословит брата своего на царство и Борис будет царем, то простить его и забыть, что он клялся в нежелании своем быть государем. Если же опять царица и Борис откажут, то отлучить Бориса от церкви и самим снять с себя святительские саны, сложить панагии, одеться в простые монашеские рясы и запретить службу по всем церквям.
21 февраля крестный ход двинулся к Новодевичьему монастырю. Навстречу ему, под звон колоколов, вынесли икону Смоленской богоматери, за иконой вышел Борис Годунов. Он подошел к иконе Владимирской богоматери и сказал громко со слезами: «О милосердая царица! Зачем такой подвиг сотворила, чудотворный свой образ воздвигла с честными крестами и со множеством иных образов? Пречистая Богородица, помолись о мне и помилуй меня!» Борис долго лежал возле иконы и плакал, потом приложился к другим иконам, подошел к патриарху и сказал ему: «Святейший отец и государь мой Иов патриарх! Зачем ты чудотворные иконы и честные кресты воздвигнул и такой многотрудный подвиг сотворил?» Иов отвечал ему: «Не я этот подвиг сотворил, то Пречистая Богородица с своим предвечным младенцем и великими чудотворцами возлюбила тебя, изволила прийти и святую волю Сына своего на тебе исполнить. Устыдись пришествия Ее, повинись воле Божией и ослушанием не наведи на себя праведного гнева Господня». В ответ Годунов только плакал.
После этого Иов пошел в церковь, Годунов — к сестре в келью, а бояре и весь народ пошли в монастырь, а кому не хватило места в монастыре, стояли возле ограды. После обедни патриарх и все духовенство, в священных одеждах, с крестом и иконами, пошли в келью к царице и долго со слезами били ей челом, стоя на коленях. С духовенством пришли и бояре, а дворяне, приказные люди, гости и весь народ, стоя по всему монастырю и вокруг монастыря, упали на землю и долго с плачем и рыданием вопили: «Благочестива царица! Помилосердуй о нас, пощади, благослови и дай нам на царство брата своего Бориса Федоровича!» Наконец царица заплакала и сказала: «Ради Бога, Пречистой Богородицы и великих чудотворцев, ради воздвигнутая чудотворных образов, ради вашего подвига, многого вопля, рыдательного гласа и неутешного стенания даю вам своего единокровного брата, да будет вам государем царем».
