В такой ситуации Ляпунов решил вступить в сношения со шведским королем, чтобы прозондировать возможность возведения на престол его сыновей — старшего Карла-Филиппа или младшего Густава-Адольфа. К шведам поехал воевода Василий Иванович Бутурлин.
Вблизи Новгорода состоялись переговоры Бутурлина со шведским командующим Делагарди. Бутурлин заявил: «Мы на опыте своем убедились, что сама судьба Московии не благоволит к русскому по крови царю, который не в силах справиться с соперничеством бояр, так как никто из вельмож не согласится признать другого достойным высокого царского сана». Поэтому вся земля просит шведского короля дать на Московское государство одного из сыновей. Переговоры затянулись, так как шведы, подобно полякам, требовали прежде всего денег и городов.
А между тем в Новгороде происходили явления, которые давали Делагарди надежду легко овладеть им. По шведским данным, сам Бутурлин, ненавидевший поляков и подружившийся с Делагарди еще в Москве, дал ему теперь совет занять Новгород. По русским данным, между Бутурлиным и воеводой князем Иваном Никитичем Одоевским Большим было несогласие, мешавшее последнему принять деятельные меры для безопасности города. Бутурлин общался со шведами, торговые люди возили к ним всякие товары, и когда Делагарди перешел Волхов и стал у Колмовского монастыря, то Бутурлин продолжал контачить с ним и здесь. В довершение всего, между ратными и посадскими людьми не было единогласия.
8 июля 1611 г. Делагарди попытался взять Новгород штурмом, но понес большие потери и вынужден был отступить. К шведам попал в плен Иван Шваль — холоп дворянина Лухотина. Шваль знал, что город плохо охраняется, и обещал провести туда шведов. И действительно, в ночь на 16 июля холоп провел шведов через Чудинцовские ворота так, что никто этого не заметил. О присутствии шведов в городе стало известно только тогда, когда они напали на сторожей.
Первое сопротивление шведы встретили на площади, где находился Бутурлин со своим отрядом. Но сопротивление это было непродолжительным — вскоре Бутурлин отступил за стены города, а его казаки и стрельцы ограбили все встретившиеся им на пути лавки и дворы под тем предлогом, чтоб добро не досталось шведам.
Было еще сильное, но бесполезное сопротивление в двух местах. Стрелецкий голова Василий Гаютин, дьяк Анфиноген Голенищев, Василий Орлов и казачий атаман Тимофей Шаров с отрядом из сорока казаков решились защищаться до последнего. Шведы уговаривали их сдаться, но они предпочли погибнуть за православную веру Софийский протопоп Аммос заперся на своем дворе с несколькими новгородцами, они долго отбивались от шведов, перебив многих из них. Аммос был в это время под запрещением у митрополита Исидора. Митрополит служил молебен на городской стене, видел подвиг Аммоса, заочно простил и благословил его. Шведы, озлобленные сопротивлением, подожгли двор протопопа, и он погиб в пламени со своими товарищами: ни один не отдался живой в руки шведам.
Это были последние защитники Новгорода. Митрополит Исидор и князь Одоевский, видя, что ратных людей нет в городе, послали договариваться с Делагарди. Первым условием была присяга новгородцев шведскому королевичу. Делагарди со своей стороны обязался не разорять Новгород и был пущен в кремль. До прибытия королевича новгородцы должны были повиноваться Делагарди.
В находившемся рядом Пскове царило безвластие. Но, как говорится, свято место пусто не бывает. 23 марта 1611 г. в Иван-городе появился «вор» Сидорка, назвавшийся царевичем Димитрием (Лжедмитрий III). Самозванец рассказал горожанам, что он якобы не был убит в Калуге, а «чудесно спасся» от смерти. В Иван-городе на радостях три дня звонили в колокола и палили из пушек.
Лжедмитрий III вступил в переговоры со шведским комендантом Нарвы Филиппом Шедингом. Когда шведский король узнал из донесения Шединга о явлении спасенного Димитрия, то направил в Ивангород своего посла Петрея, в свое время бывшего в Москве и видевшего Лжедмитрия I. Прибыв в Ивангород, Петрей увидел перед собой явного проходимца, после чего шведы прекратили всякие контакты с ним.
Идея возвести на престол шведского королевича вызвала яростное сопротивление казаков. Им куда интереснее было иметь на престоле своего царя, например, того же «воренка» с регентом Заруцким или даже самого Заруцкого. А поведение шведов в Новгороде давало возможность взыграть «патриотическим чувствам казачества».
Не меньшее раздражение казачества вызвали и попытки Ляпунова наладить хоть какое-то подобие дисциплины в ополчении. Воровские казаки из ополчения грабили села и города в ближнем и дальнем Подмосковье с не меньшей жестокостью, чем запорожцы или частные армии польских панов.
Возмущенный грабежами и убийствами мирных граждан воевода Матвей Плещеев поймал 28 казаков и велел их утопить. Однако подоспевшие их товарищи отбили осужденных. Мало того, казаки собрали круг и начали высказывать претензии руководству ополчения. Ляпунов разгневался, решил покинуть лагерь ополчения и уехать в Рязань. По приказу Заруцкого казаки нагнали его у Симонова монастыря и уговорили остаться. Заруцкий боялся, что в Рязани Ляпунов начнет сбор нового и уже однородного дворянского ополчения.
Поляки хорошо знали все происходившее в лагере осаждающих. Гонсевский понимал, что ополчение держится на Ляпунове, а казаков с Трубецким и Заруцким он не боялся. И «староста московский» решил устроить провокацию. Во время одной из стычек поляки взяли в плен донского казака, который был побратимом атамана Исидора Заварзина. Заварзин захотел освободить товарища и вступил в переговоры с Гонсевским, предлагая выкуп. Гонсевский воспользовался этим случаем и велел написать подложную грамоту от имени Ляпунова. Грамота была адресована во все города России. Там говорилось: «Где поймают казака — бить и топить, а когда, бог даст, государство Московское успокоится, то мы весь этот злой народ истребим».
Подделка была отдана освобожденному казаку, а тот, вернувшись к своим, отдал грамоту Заварзину: «Вот, брат, смотри, какую измену над нашею братею, казаками, Ляпунов делает! Вот грамоты, которые литва перехватила». Взяв грамоту, Заварзин ответил: «Теперь мы его, сучьего сына, убьем!»
22 июня 1611 г. казаки собрали круг, зачитали письмо и потребовали на круг главных воевод. Трубецкой и Заруцкий на круг не поехали. Ляпунов тоже отказал посланному за ним атаману Сергею Карамышеву. Тогда круг направил к Ляпунову двух детей боярских: Сильвестра Толстого и Юрия Потемкина. Те поручились, что войско не причинит воеводе никакого вреда. Поверив им, Ляпунов поехал к казакам в сопровождении нескольких дворян.
Когда Ляпунов вошел в круг, атаман Карамышев стал кричать, что он изменник, и показал воеводе грамоту. Ляпунов посмотрел на грамоту и сказал: «Рука похожа на мою, только я не писал». В ответ Карамышев ударил воеводу саблей. Ляпунова пытался защитить дворянин Иван Никитич Ржевский, но озверевшие казаки изрубили саблями обоих.
Заметим, что ни Трубецкой, ни тем более Заруцкий не пытались не только защитить Ляпунова, но даже соблюсти приличия после его смерти. Три дня изрубленные тела Ляпунова и Ржевского валялись рядом с казацким острожком. Тела были сильно обезображены бродячими собаками. Лишь на четвертый день тела бросили в простую телегу и отвезли в ближайшую церковь на Воронцовском поле. Оттуда тела перевезли в Троице-Сергиев монастырь и там захоронили без всяких почестей. Надпись на простом каменном надгробии гласила: «Прокопий Ляпунов да Иван Ржевской, убиты 7119 года июля в 22 день».
