Власти явно торопились. Следствие по его делу было закончено в рекордные два месяца. Адвокатом Ходорковского был Генрих Падва. Тот самый, которому суждено было стать адвокатом и Анатолия Сердюкова, когда его вызовут в Следственный комитет в ноябре 2012 г. Вскоре после ареста Ходорковского Генпрокуратура РФ начала генеральное наступление» на ЮКОС, предъявляя все новые обвинения, а служба Сердюкова изыскивала все новые и новые дела об уклонении ЮКОСа от уплаты налогов. Сумма налоговой задолженности росла как снежный ком, и для того, чтобы покрыть ее и все штрафы, не хватило бы даже всех активов компании. ФНС в общей сложности предъявила ЮКОСу к апрелю 2004 г. налоговые претензии на 27,5 млрд. долларов, что в итоге привело к распродаже активов империи Михаила Ходорковского, а затем и к ее банкротству.
Судебное преследование Лебедева и Ходорковского началось в апреле 2004-го, но, по существу, рассмотрение дела стартовало в июле. К маю 2005 г. список обвиняемых по делам ЮКОСа превысил уже 30 человек, большинство из которых находились за границей и были недосягаемы для следствия. Все активы и счета ЮКОСа и его дочерних компаний были заморожены. Средства разрешено было снимать лишь на уплату налогов и зарплаты сотрудникам, все же остальное уходило государству в счет долгов. Компания стала постепенно сокращать персонал, через некоторое время прекратила экспорт нефти в связи с отсутствием средств на таможенные платежи. Самая крупная нефтяная компания России начала разваливаться. В мае 2005 года Мещанский районный суд Москвы признал Ходорковского виновным в мошенничестве, присвоении чужого имущества, неуплате налогов и других преступлениях. Он был осужден на 9 лет лишения свободы по нескольким статьям Уголовного кодекса. Кассационным определением Московского городского суда от 22 сентября 2005 года срок был снижен до 8 лет. Аналогичные сроки дали Лебедеву. В итоге основные нефтедобывающие активы компании «ЮКОС» перешли в собственность государственной нефтяной компании «Роснефть», а сама компания «ЮКОС» подверглась процедуре банкротства. Но и этого властям показалось мало. К их делу вернулись в 2009 году и добавили каждому еще один срок. 30 декабря 2010 года судья Хамовнического суда Виктор Данилкин признал Ходорковского и Лебедева виновными по статьям 160 и 174 часть 1 в части сделок с нефтью и приговорил каждого из них к 14 годам лишения свободы, с зачетом ранее отбытого срока.
Только уже после завершения процесса Ходорковского-Лебедева стало ясно, что государство от решения Мещанского суда, отправившего руководителей ЮКОСа за решетку, меньше выиграло, чем проиграло. По решению Страсбургского суда Россия уплатила миллионы долларов только некоторым западным акционерам ЮКОСа. Затем были выставлены иски на миллиарды долларов. И их тоже придется выплачивать. В администрации президента вспомнили ту самую басню Крылова, где сказано, что «услужливый дурак опаснее врага». А услужливых дураков в деле ЮКОСа было более чем достаточно.
На Лебедева дело было заведено по депутатскому доносу депутата В. И. Юдина, бывшего руководителя профкома Кировского завода (С. — Петербург). Именно он в середине июня 2003 года направил в Генпрокуратуру запрос относительно законности приватизации АО «Апатит». Уже 2 июля председатель совета директоров МФО «МЕНАТЕП» и один из крупнейших акционеров НК «ЮКОС» Платон Лебедев был задержан и препровожден в «Лефортово» по подозрению в хищении пакета акций «Апатита». Подобрали питерские этого провокатора явно неудачно. Юдин прославился тем, что распространял подметные письма против А. Собчака, обвиняя его в махинациях с квартирами, и своей готовностью обращаться в Прокуратуру с депутатскими запросами по любому поводу по наводке властей. Известно его верноподданническое заявление: «Мы, земляки Владимира Путина — должны первыми поддержать его в очень важном и трудном деле консолидации общества, создании сильной России» («Радио Свобода», 05.07.03).
На Ходорковского в Прокуратуру настучал другой парламентский отморозок — депутат от КПРФ Николай Дайхес, который не был допущен ЦИК к очередным выборам, т. е. дал неверные сведения о своих доходах и имуществе. Дайхес был известен в Думе, как активный лоббист ряда нефтяных компаний и автор поправки в закон «О естественных монополиях». Поправка, которую он проталкивал, сильно облегчала жизнь вполне конкретным нефтяным компаниям, в частности, ОАО «Роснефть-Дагнефть». Интересы «Роснефти» Дайхес защищал и в ряде других своих «законодательных инициатив». Юдин всячески пытался убедить представителей прессы в том, что он действовал не по чьему-то заказу, а по собственному почину. Когда же журналисты спросили Юдина, почему он, будучи избранным от Санкт-Петербурга, занялся вопросами, которые касаются избирательного округа в Мурманской области, он ответил: «Санкт-Петербург — центр Северо-Запада, поэтому кишит бизнес-элитой со всего региона. Бизнесмены очень многие вопросы решают в Питере».
Очевидно, что оба эти думские «казачка» — засланы были с самого верха, откуда было заказано и дело ЮКОСа.
Никто не спорит с тем, что приватизация в России была проведена с грубейшими нарушениями закона всеми участниками этой всероссийской аферы. Но почему решили наказать именно ЮКОС, а остальных не тронули?
В июле 2003 года я встречался с Михаилом Ходорковским в штаб-квартире ЮКОСа неподалеку от Павелецкого вокзала. Лебедев уже был арестован. Тучи сгущались и вокруг самого Ходорковского. Он понимал, что обложен со всех сторон, но все же мужественно держался, хотя и выглядел в тот день неважно. Я достал диктофон, и мы начали наше интервью. В августовском номере журнала «Финансовый контроль, где я был главным редактором, оно было опубликовано. Вот отрывки из него:
В. Большаков: Вокруг «дела ЮКОСа» много кривотолков. Говорят, в частности, будто бы вам мстят за активное участие в российской политике. Считаете ли вы, что бизнес и политика неразделимы, или здесь надо действовать по известному принципу «мухи отдельно, а котлеты отдельно»? Должен ли крупный предприниматель идти по пути активного лоббирования устраивающих его законов или он не должен вмешиваться в законотворческий процесс? Где кончается бизнес и где начинается политика? Как вы относитесь к докладу о готовящемся «олигархическом перевороте», согласно авторам которого, олигархи готовятся взять политическую власть в России в свои руки?
Михаил Ходорковский: Этот доклад об «олигархическом перевороте» я считаю обычной заказной статьей, мы знаем, кем это профинансировано, насколько нам известно, это одна из государственных компаний (Уже позже стало ясно, что он имел ввиду «Роснефть», а статью написал известный провокатор Белковский. — В. Б.). Мы знаем, в интересах какой группировки в правительственных структурах это сделано, мы считаем, что авторы этого доклада действовали, исходя из неправедных целей, что это вредно, как для нашей страны, так и для президента страны. То, что касается бизнеса и политики. Я считаю, что здесь нам не надо ничего выдумывать, искать здесь некий особый российский путь, как у нас принято. На Западе цивилизованное лоббирование со стороны, как бизнеса, так и общественных групп, политических партий, отдельных граждан, организаций — это часть демократического процесса. Другое дело, что нельзя это делать тайно, мы должны откровенно выходить к политикам, к лицам, принимающим решения, и говорить: «В своих интересах я хочу отстаивать такую-то позицию в таком-то законе. Я считаю, что это полезно обществу из таких-то и таких-то соображений». Другой кто-то может считать правильной другую позицию, он тоже не должен действовать под столом, он должен откровенно выходить и говорить: «Я считаю правильной другую позицию». Это нормальная практика. Говорить о том, что какая-то из сторон должна быть лишена возможности представлять обществу свое мнение, означает отрицать сам принцип построения гражданского общества…