Сразу после первого выстрела группа майора Левина через центральный вход ворвалась в здание. Именно на эту группу возлагалась самая ответственная часть операции: подняться на второй этаж и ликвидировать боевиков, до того как они начнут расстреливать заложников или приведут в действие взрывные устройства. Вбежав в просторный холл, Левин пропустил вперед вспомогательную группу, которой командовал молодой офицер «Сайерет Маткаль» капитан Цвика Либне. Его бойцы должны были подняться на второй этаж и ликвидировать террориста, контролировавшего лестничный пролет и коридор, расчистив дорогу группе майора Левина.
В первые секунды спецназовцы никого не заметили и продолжили движение в направлении лестницы. Первым бежал капитан Либне. Поднявшись на полтора пролета, он в считаных метрах от себя заметил Али Ахмад Хасан Лину. Не останавливаясь, на бегу, он выстрелил в террориста и метнул в его сторону фосфорную гранату. Как позже выяснилось, это была роковая ошибка. Раздался глухой хлопок, и во все стороны полетели шипящие ярко-белые искры. Даже небольшой капли фосфора на теле, как полагал Цвика, было вполне достаточно, чтобы нейтрализовать террориста, поскольку, когда станет гореть его кожа, он меньше всего будет думать о том, чтобы расправиться с заложниками. Несмотря на то что спецназовцев и Лину разделяло всего четыре метра, ему удалось невредимым укрыться в конце коридора. Его место занял раненный в плечо Рахим. Извергая неистовые проклятия на арабском языке, он, не показываясь, высунул из-за угла автомат и дал вниз по лестничному пролету длинную очередь. Пули прошли в считаных сантиметрах от головы Цвики Либне, чудом не задев его. Однако бойцам, бежавшим следом, повезло меньше. Первый спецназовец получил тяжелые ранения. Пули попали ему в живот, бедро и раздробили тазобедренный сустав. Другой боец получил несколько пуль в ногу, и еще один, рикошетом от стены, ранение в лицо. Они скатились по лестнице, своими телами перекрыв проход наверх остальным бойцам. Чтобы не сорвать темп прорыва, капитан в одиночку бросился преследовать террористов, пока остальные бойцы подтягивались к нему. Он выбежал на второй этаж и осторожно выглянул из-за угла. Перед ним, как он и ожидал, открылся длинный Т-образный коридор. Пока спецназовцы пробирались наверх через тела своих раненых товарищей, фосфорная граната стала извергать плотные клубы дыма, которые мгновенно заполнили весь коридор, ослепив как террористов, так и бойцов «Сайерет Маткаль». Дым был настолько плотным, что ничего невозможно было различить уже на расстоянии полуметра. Спецназовцы успели наизусть выучить планировку здания и могли действовать практически вслепую. Справа по коридору, примерно в 16 метрах, находилась дверь в класс, где удерживались заложники и, по всей видимости, укрылись боевики. Согласно первоначальному плану на этом этапе операции группа капитана Либне должна была уступить место бойцам майора Левина, однако тех до сих пор не было. Не понимая, что происходит, капитан Либне дал несколько коротких автоматных очередей и засел за углом, оставшись прикрывать коридор.
А группа майора Амирама Левина в это время бежала наверх по лестнице. Из-за плотной дымовой завесы Левин ошибся и вместо того, чтобы подняться на второй этаж, пробежал лишь один пролет и оказался на первом этаже. Ему понадобилось не менее 15 секунд, чтобы понять ошибку, но именно эти секунды оказались критическими.
Агонизирующий Рахим вбежал в класс, чтобы расправиться с заложниками. Ему навстречу бросился 17-летний паренек, попытавшийся своим телом преградить террористу дорогу. Силы были неравны, предводитель террористов быстро повалил школьника на пол и в упор расстрелял его. Затем, в ярости, он прямо с порога стал расстреливать детей, не обращая внимания на то, что в классе находятся двое других боевиков, которых он рисковал задеть. Укрыться было негде, бежать было некуда. Размеры класса, в котором набилось около сотни детей, составляли шесть на восемь метров. Дети вскочили с пола и в панике бросились к окну. Девушек и парней террористы намеренно рассадили в разные стороны, и теперь, во время бойни, девушки невольно стали живым заслоном между парнями и Рахимом. Чтобы завершить свое злодеяние, Рахим вытащил осколочную гранату и, сорвав чеку, бросил ее в кучу раненых детей. В первые же секунды погибли 22 заложника: восемнадцать девушек и четверо парней.
Группа Муки Бецера должна была с началом штурма по приставной лестнице, через окно ворваться в класс. Однако не было дано предварительной команды о начале операции. Выстрел снайпера стал такой же неожиданностью для группы опытнейшего офицера «Сайерет Маткаль», как и для террористов. Пока Муки со своими бойцами подбежал к стене и приставил лестницу, практически все уже было кончено. Спецназовцы бросились по приставной лестнице наверх, но в этот момент им прямо на голову стали выпрыгивать школьники, пытавшиеся спасти свои жизни. Вдогонку детям сверху полетела осколочная граната, брошенная Рахимом. Вокруг царили хаос и неразбериха, спецназовцы, растерявшись, не понимали, что следует предпринять. Они замерли на лестнице. Дым был настолько плотным, что две группы «Сайерет Маткаль» рисковали попасть под перекрестный огонь друг друга. В классе продолжали раздаваться автоматные очереди, и бойцы Муки Бецера, как и он сам, в какой-то момент ошибочно посчитали, что это группа майора Левина ликвидирует террористов.
Пока Рахим расстреливал школьников, группы капитана Либне и майора Левина, из-за отсутствия видимости, смешались в кучу у входа на второй этаж. Плотный, едкий дым забил легкие и разъедал глаза, как слезоточивый газ. Спецназовцам пришлось, закрыв глаза и задержав дыхание, бежать на звуки выстрелов и крики детей, доносившиеся из дальнего класса в конце коридора. В конце коридора было несколько окон, которые, к счастью, оказались распахнутыми, дым несколько рассеялся, и спецназовцы смогли увидеть Рахима. С обезумевшим взглядом и перекошенным от ненависти лицом, он стоял в центре класса у школьной доски и возился с автоматом. Одна из гильз застряла, заклинив затвор. Спецназовцы ворвались внутрь и изрешетили его автоматными очередями. Второй террорист стоял у дальней стены. По всей видимости, от всего увиденного он пребывал в глубоком шоке и даже не попытался защищаться. Бойцы «Сайерет Маткаль» буквально размазали его по стене, выпустив в него в упор несколько длинных очередей.
А от увиденного и в самом деле можно было лишиться рассудка. Спецназовцы стояли по щиколотку в детской крови. Где-то здесь, среди школьников, должен был находиться третий террорист. Один из заложников, 15-летний паренек, пытаясь привлечь к себе внимание спецназовцев, поднял руку, поскольку из-за криков и стонов ничего невозможно было разобрать. «Это террорист! Это террорист!» – кричал он, лежа в луже крови, указывая на кого-то, укрывшегося за его спиной. Это был третий член террористической группы Рахима, 19-летний Ахмад Салах Хараби. Он выглядел настолько молодо, что спецназовцы поначалу засомневались, решив, что школьник, обезумев от всего пережитого, ошибочно указывает на другого заложника. Однако все сомнения рассеялись после того, как и остальные дети стали кричать, что это террорист. Подбежав к нему, один из спецназовцев заметил, что террорист сжимает в одной руке гранату, а в другой – пистолет «Беретта». Он был тяжело ранен, но оставался в сознании. Боец подошел к террористу и произвел несколько выстрелов ему в голову.