С 1994 по 2001 гг. был Управляющим директором компаний «IPP OY Finland» и «IPP AB Sweden»; с февраля 1997 года – генеральный директор «IPP OY Finland».
С ноября 1996 – совладелец-бенефициар ЗАО «Кин-экс-инвест», учрежденного компанией ОАО «Кинэкс» и ставшего ядром Группы «Кинэкс» (другие совладельцы —
А.Смирнов, А.Катков, Е.Малов; гендиректор ЗАО «Кинэкс-инвест» – Ерофеев Юрий Анатольевич), а также швейцарской фирмы Kinex-lnvest Holding GmbH. В 1997–2001 гг. «КИНЭКС-Инвесту» принадлежало 19.879 % ОАО «АБ «Россия (в 1997–2004 гг. А.Катков занимал пост председателя правдения банка).
В 1997 году вместе с Юрием Пыриковым учредил ЗАО «Югтраст», работавшее с ценными бумагами.
С 24 октября 1997 – совладелец-бенефициар фирмы ООО «Скане» (руководитель – Сорокин Сергей Викторович), учрежденной компанией ОАО «Кинэкс»; с 27 октября 1997 – компании ООО «Линк Ойл» (железнодорожный оператор «Кинэкса»; руководитель – Прокофьев Владимир Николаевич), учрежденной компанией ОАО «Кинэкс» совместно с эстонской фирмой АО «Пактерминал».
С ноября 1997 – бенефициар ООО «Фиш-маркет» (руководитель – Соловьев Геннадий Георгиевич; в феврале 1998 ОАО «Кинэкс» передало учредительские права Корпусову Николаю Николаевичу).
Был владельцем ресторана «Сегун» в Санкт-Петербурге (ул. Восстания, д. 26).
В 1997 году зарегистрировал на Британских Виргинских островах компанию Gunvor Energy, бенефициарами которой были вместе с ним Катков, Малов, Юрий Никитин, эстонец Ааду Луукас и Торнбьорн Торнквист (Русский Форбс, 23 декабря 2010).
Гунвор – древнескандинавское имя, означающее «осторожная в войне». Возможно, компания была названа в честь Гунвор Ховик – сотруднице МИДа Норвегии, работавшей на КГБ с конца 40-х гг. и до января 1977 года, когда она была арестована. По другой версии, «компания получила название в честь матери Торнквиста, ее вроде бы тоже звали Гунвор» (Ирина Мокроусова. Друзья Путина. Новая бизнес-элита России. М., 2011).
В 1998 году входил в совет директоров АКБ «Токобанк» (председатель совета директоров Борис Гузанов, председатель правления – Павел Нефидов).
11 февраля 1998 учредил и зарегистрировал фирму ООО «Успех» (в тот же день А.Смирнов зарегистрировал ООО «Союз», А.Катков – ООО «Новые технологиий», Е.Малов – ООО «Февраль»), которые в мае 1998 г. совместно учредили ЗАО «КИНЭКС Санкт-Петербург» (по 25 % у каждой фирмы-учредителя).
3 июня 1998 ОАО «Кинэкс» учредило фирму ООО «Северо-Западная строительная компания» (ООО «СевЗапСтрой»; гендиректор – Геннадий Соловьев).
23 июня 1998 Г.Тимченко вместе с А.Катковым зарегистрировал Фонд «Спортивный клуб дзюдо «Явара-Нева», который возглавил бывший спарринг-партнер В.Путина на тренировках по дзюдо Аркадий Ротенберг. Почетным президентом клуба является Владимир Путин.
В июле 1998 г. четыре ООО – «Успех», «Союз», «Новые технологии» и «Февраль» – учредили ООО «Бриз» (гендиректор – Геннадий Соловьев), которое в свою очередь учредило в июле 1998 фирму ООО «Карелия плайвуд» (гендиректор Курчик Б.А.).
В августе 1998 г. ОАО «Кинэкс» вошло в число учредителей ООО НПК (руководитель – Рочев Владимир Маратович) – вместе с Валерием Ледовских (сыном главы администрации Гатчинского района Спб Анатолия Ледовских; с 2004 года АЛедовских – директор Федерального агентства по недропользованию в составе Министерства природных ресурсов).
В октябре 1998 ОАО «Бриз» сменило ОАО «Кинэкс» в качестве учредителя ЗАО «Кинэкс-инвест», в ноябре 1998 – в качестве учредителя «СевЗаСтроя» и в списке учредителей «Кинэкс-проект-сервиса», в декабре 1998 – в учредителях 000»Линк Ойл»; в апреле 1999 г. ООО «Бриз» учредило компанию «Линк Ойл СПб».
В 1998 году владельцы группы «Кинэкс» создали компанию Premium Nafta Products ltd (PNP) с офисом в Санкт-Петербурге, но зарегистрированную на Британских Виргинских островах); бенефициарами компании стали Ю.Никитин (через вошедшую в PNT его фирму Kirishi Shipping), Малов, Катков, Тимченко и Смирнов (долю которого после смерти в 2004 году унаследовал Тимченко). К концу 1990-х PNT переваливала в месяц около 1 млн т груза, фрахтовала около 200 судов за год (Русский Форбс, 23 декабря 2010).
К концу 90-х гг. Группа «Кинэкс» стала основным экспортером сургутской нефти («По данным инвестиционной компании Hermitage Capital Management, фирма Тимченко не только экспортировала 60 % нефтепродуктов «Сургута», но и начала прибирать к рукам основной источник дохода нефтекомпании – экспорт самой нефти. В 2000 году доля «Нафта-Москвы» в экспорте «Сургута» сократилась почти в полтора раза, а доля «Кинэкса» более чем в полтора раза выросла – до 15 %. К концу 2001-го она достигла 18 %.
[…] По данным Hermitage Capital Management, ссылающейся на статистику ГТК, «Кинэксу» нефть доставалась по удивительно низким ценам. В 2002 году разница между среднемировой ценой на российскую нефть и ценой, уплаченной «Сургуту» посредником, составила более $5 за баррель, то есть более $35 за тонну. […] В результате такой работы с посредниками, по подсчетам Hermitage, «Сургут» за четыре года начиная с 1999-го потерял $1 млрд. прибыли.» (Мария Игнатова. Сургутский пасьянс. Глава «Сургутнефтегаза» Владимир Богданов отдал посредникам $1 млрд. Зато сохранил власть над компанией стоимостью $27 млрд.// «Русский Forbes», № 1, апрель 2004).
В 1998 году зарегистрировал в Швейцарии компанию Gunvor Services SA (Женева, Рю дю Рон, д. 63; гендиректор Торбьерн Торнквист).
В июне 1999 г. ОАО «Кинэкс» была заменена в списке учредителей ООО «НПК» компанией ООО «Карелия плайвуд».
В феврале 1999 г. ЗАО «Кинэкс» вместе с Ассоциацией взаимодействия территорий Северо-Запада, Страховой компанией «Альма» и шестью частными лицами учредило Международный фонд спортивного движения инвалидов и ветеранов «Эллада», руководителем которого стал Масарский Марк Вульфович (один из учредителей – частных лиц).
С 2001 года – владелец 25 % акций ЗАО «Кинэкс-инвест». В 2001 году принадлежавшие «Кинэкс-инвест» акции банка «Россия» были поделены между четырьмя его совладельцами».
В 2002 году на о. Тортола (Британские Виргинские острова) была зарегистрирована офшорная компания Gunvor International Ltd. Швейцарский Gunvor стал контролироваться через эту компанию, в число владельцев и менеджеров Тимченко не включил Малова и Каткова («…руководят ею Торбьерн Торнквист, три швейцарских адвоката и проживающий в Таллине Сергей Барашев. У Gunvor International три филиала и куча аффилированных фирм. […] В России нет ни одной крупной нефтяной компании, которая бы не работала через Gunvor или IPP» – «Русский Newsweek», 15 января 2007).
По утверждению Т.Торнкиста, у Gunvor'a было три совладельца: Тимченко, Торнквист и некий «частный бизнесмен, никак не связанный с политикой». Торнквисту и Тимченко «принадлежат равные доли, третий акционер получил миноритарную долю в 2005 г. в обмен на финансовую поддержку» («Ведомости», 15 мая 2008). «Новая газета» убедительно предположила, что третьим совладельцем являлся Петр Колбин.
В марте 2003 г. вместе с П.Колбиным основал и зарегистрировал в СПб фирму «Сургутэкс» (гендиректор – Владимир Исаев, замгендиректора – Андрей Спиридонов). В июне 2003 зарегистрировал ООО «Трансойл СНГ» (первоначальные учредители – два юрид. лица, в т. ч. люксембургская фирмой Maples, три физических лица – В.Исаев,
