Тем временем Советская власть в Эстонии также поставила вопрос о создании самостоятельной Эстонской Советской республики. Как следует из воспоминаний эстонских большевиков, В.И. Ленин дважды предлагал взвесить вопрос о провозглашении Эстонии Советской республикой. Наконец, 31 декабря 1917 года на совместном заседании Эстляндского комитета РСДРП(б) и большевистской фракции Исполкома Эстляндского Совета рабочих и солдатских депутатов было решено: провозгласить Советскую республику, оставаясь в составе России. В январе 1918 года был разработан проект конституции Эстляндской Трудовой Коммуны, в котором говорилось, что «Эстляндия — автономная республика в составе Советской России, но с правом выхода из России».
После состоявшихся в ноябре 1917 года выборов в Учредительное собрание Эстонии был намечен его созыв на 15 февраля 1918 года. Однако, как сказано в «Истории Эстонской ССР», «в связи с раскрытием антисоветского заговора немецких баронов и эстонской буржуазии было установлено, что заговорщики приурочили выступление к этому дню». Было решено отложить созыв Учредительного собрания.
Тем временем германские оккупанты стали создавать видимость независимости установленного ими марионеточного режима в Литве. Через два дня после начала переговоров в Бресте, 11 декабря 1917 года, Тариба опубликовала декларацию, в которой провозглашались «вечные, прочные и союзнические связи с Германской империей». В декларации говорилось о том, что эти связи должны быть закреплены военной конвенцией по вопросам сообщения, общности таможенного дела и валюты.
Несмотря на протест члена советской делегации и руководителя комиссариата по литовским делам СНК Советской России В. Капсукаса 10 февраля 1918 года о неправомочности Тарибы говорить от имени литовского народа, Германия требовала признания независимости Литвы. Одновременно Германия ставила вопрос об установлении подобных режимов на территории всей Прибалтики. Глава германской делегации Рихард фон Кюльман 27 декабря настаивал на включении в текст договора пункта об отделении Польши, Литвы, Курляндии и части Эстляндии и Лифляндии.
События в Прибалтике после начала 1918 года представляют собой непрерывную череду резких смен власти. Свержение Советской власти сменялось установлением режима оккупантов, созданием правительств из их пособников, а затем — падением этих режимов и правительств и восстановлением власти Советов. Эти перемены сопровождались вооруженной борьбой, гибелью тысяч людей, разорением хозяйств и домашних очагов и в конечном счете кардинально изменили социальную и политическую обстановку в Прибалтике.
Срыв Л.Д. Троцким переговоров о мирном договоре в Бресте помог германским войскам возобновить военные действия на Восточном фронте. 20 февраля началось наступление немецких войск на Северную Латвию и Латгалию, которые были быстро ими захвачены. Одновременно был предпринят десант немецких войск с оккупированных ими островов Моонзундского архипелага на континентальную часть Эстонии. 21 февраля интервенты взяли город Хаапсала, 22 февраля — Валгу, 24 февраля — Выру и Тарту, 25 февраля — Пярну, Вильянди и Пайде, 27 февраля — Раквере.
Еще до вступления немцев в Таллин Советская власть там была свергнута — 24 февраля 1918 года — и захвачена «Комитетом спасения». Была провозглашена независимость Эстонской республики.
Как в Литве и Курляндии после 1915 года, в Эстонии и Лифляндии были такие, кто пресмыкался перед оккупантами. В «Истории Эстонской ССР» говорится: «В Таллине, куда интервенты вступили 25 февраля, расчувствовавшиеся дамы лобызали даже коней кайзеровских офицеров и со слезами умиления расхваливали их «благородную немецкую стать». (Между прочим, как вскоре выяснилось, это были реквизированные у эстонских крестьян лошади.) Видные деятели буржуазных партий, такие как К. Пяте, Я. Поска, Ю. Вильмс и другие, в письме германскому генералу Зекендорфу писали: «Мы рады тому, что миссия, которую Вы, Ваше превосходительство, на себя приняли, — вернуть нашей стране мир и порядок — полностью отвечает нашим стремлениям. Вот почему мы от имени тех слоев, представителями которых мы являемся, заявляем о своем желании помочь в этом отношении военным властям любыми возможными средствами». В своем обращении к эстонскому народу эти же деятели призывали население «всегда и везде соблюдать корректность» по отношению к немецким войскам. В поддержку оккупантов была создана военизированная организация из местного населения «Бюргервер».
Опираясь на помощь эстонских пособников, интервенты стали наводить «порядок». В Таллине было арестовано более тысячи рабочих и матросов. Многие из них были расстреляны. В Тарту сторонников Советской власти расстреливали и бросали в прорубь на реке Эмайыги. Сотни людей были отправлены в концентрационные лагеря в Германии.
Приобретя опыт хозяйничанья в Литве и Курляндии, оккупанты устанавливали свои порядки, не считаясь с планами эстонских верхов о создании «независимой Эстонии». Для удобства управления Эстония была разделена на бецирки, а те, в свою очередь, делились на крейсы. Последние разделялись на амтбецирки, которые состояли из оргбецирков.
Поднаторевший в управлении Курляндией и Литвой генерал Людендорф так излагал свои планы административной организации значительной части Прибалтики: «Эстляндию, Лифляндию и Курляндию надо было объединить в один военный округ «Балтика». Я предполагал распространить на Лифляндию и Эстляндию политику, которой мы до сих пор придерживались в Курляндии. Я стремился тем самым объединить эстонцев и латышей… в одно государство, которым управляли бы немцы».
О том, как германские оккупанты старались реализовать эти планы, свидетельствовали последовавшие события. 9 апреля был созван съезд «представителей Эстляндии», названный ландеферзаммелунг. Из 52 делегатов всего 19 были эстонцами (волостные старосты). Генерал Залендорф откровенно заявлял: «Германские войска не уйдут из Эстонии, они останутся здесь для обороны навечно, и численность их в ближайшие дни будет еще увеличена».
10 апреля в Риге был созван съезд представителей населения Лифляндии, Риги и эстонских островов. На нем также доминировали немцы.
12 апреля в Риге открылось заседание «объединенного ландесрата Лифляндии, Эстляндии, города Риги и острова Эзель (Сааремаа)». Из 58 делегатов ландесрата большинство составляли прибалтийские немецкие бароны, немецкие пасторы, немецкое бюргерство. Ландесрат провозгласил создание Балтийского герцогства, которое связывалось персональной унией с Пруссией. 13 апреля ландесрат приветствовал брата Вильгельма II — принца Генриха, претендовавшего на престол Балтийского герцогства.
Еще за пару месяцев до этих событий — 16 февраля 1918 года — литовская Тариба выступила с новой декларацией независимости. Хотя теперь не говорилось о вечном союзе с Германией и военной конвенции, 5 июня Тариба избрала королем Литвы вюртембергского герцога Вильгельма фон Ураха. Его собирались короновать как литовского короля Миндаугауса II. 23 марта 1918 года Германия признала Литовское государство.
Тем временем оккупанты откровенно грабили новые захваченные земли Прибалтики, как они до этого делали в Литве и Курляндии. Только за март — май 1918 года из Прибалтики было вывезено металлических изделий на 3 миллиона марок, железа — на 5,5 миллиона марок, льна — на 20 миллионов марок, сукна — на 20 миллионов марок, пеньковых веревок и мешковины — на 8 миллионов марок, различных машин и древесины — на 15 миллионов марок. Как отмечалось в «Истории Эстонской ССР», «даже церковные колокола сбрасывались с колоколен и в качестве медного лома отправлялись в Германию». Значительная часть сельскохозяйственной продукции направлялась в Германию. Оккупационные власти объявили собственностью Германии Таллинские портовые мастерские, Петровскую верфь, судостроительный завод Беккера, Русско-Балтийский судостроительный завод, торпедное депо, морские и сухопутные транспортные средства.
