Однако не только отказ Германии, не желавшей в это время идти на ухудшение отношений с СССР, но и широкая оппозиция такому союзу в Эстонии не позволяла правящим кругам республики взяться за оружие. Признавая непопулярность проектов эстонско-советской войны, Лайдонер говорил: «Нетрудно предсказать, каково было бы влияние коммунистической пропаганды в случае развязывания этой войны… Кроме всего прочего, трудно начать войну, когда тебе предлагают договор об оказании помощи». Эстонский государственный деятель Пийп констатировал: «Народ сейчас не в таком состоянии, чтобы с ним не считаться». Консультации, которые правительство Пятса провело с правительством Финляндии, окончательно убедили его в необходимости принять советское предложение.
28 сентября, в тот же день, когда был подписан советско-германский договор о дружбе и границе, Эстония и СССР подписали договор о взаимной помощи. Как подчеркивал Риббентроп в телеграмме Гитлеру, направленной в тот же день из Москвы, договор не означал «упразднения эстонской системы правления».
Однако на следующий же день Гитлер отдал приказ о перемещении в Германию 86 тысяч немцев, проживавших в Эстонии и Латвии. (Позже Германия подписала договоры с Эстонией и Латвией о репатриации из этих республик лиц немецкой национальности. По договору с Латвией от 30 декабря 1939 года выезду из Латвии подлежали немцы, которые до 15 декабря 1939 года выскажут свое желание отказаться на вечные времена от латвийского гражданства.)
Хотя эстонское правительство знало, что уже не может рассчитывать на поддержку Германии, министр иностранных дел Эстонии К. Селтер в ходе переговоров в Москве старался свести к минимуму усиление влияния СССР на свою страну, а потом отверг советское предложение о размещении в Эстонии 35 тысяч красноармейцев и соглашался лишь на 15 тысяч. Тогда участвовавший в переговорах Сталин предложил ограничиться 25 тысячами, заметив при этом: «Не должно быть слишком мало войск — а то вы их окружите и уничтожите».
В соответствии с пактом о взаимопомощи СССР и Эстония обязывались «оказывать друг другу всяческую помощь, в том числе и военную, в случае возникновения прямого нападения или угрозы нападения со стороны любой великой европейской державы по отношению морских границ Договаривающихся сторон в Балтийском море или сухопутных их границ через территорию Латвийской Республики, а равно и указанных в статье III баз».
Третья статья определила право Советского Союза «иметь на эстонских островах Сааремаа (Эзель), Хийумаа (Даго) и в городе Палдиски (Балтийский порт) базы военно-морского флота и несколько аэродромов для авиации на правах аренды по сходной цене». Договор закреплял за СССР право держать на участках, отведенных под базы и аэродромы, «ограниченное количество советских наземных и воздушных вооруженных сил, максимальная численность которых определяется особым соглашением».
Участники договора обязывались не участвовать в союзах или коалициях, направленных против другой стороны. СССР обязывался «оказывать эстонской армии помощь на льготных условиях вооружением и прочими военными материалами». В договоре подчеркивалось: «Проведение в жизнь настоящего пакта ни в какой мере не должно затрагивать суверенных прав Договаривающихся сторон, в частности их экономической системы и государственного устройства».
Договор, подписанный в Москве, соответствовал всем нормам международного права и был зарегистрирован в Лиге Наций 13 октября 1939 года за номером 4643 в Официальном Регистре договоров Секретариата в соответствии со статьей 18 Устава этой организации.
И хотя советско-эстонский договор не посягал на суверенитет страны, К.Н. Никитин так характеризовал реакцию верхов Эстонии: «Правящая буржуазная эстонская верхушка, промышленная буржуазия заключали пакт о взаимопомощи с большим недоверием и неохотой. В приходе Красной Армии видели подрыв своего господства, видели начало своего конца». Особенно негативной была реакция эстонских военных. «В правительстве при обсуждении вопроса о заключении эстонско-советского пакта выступали ярыми противниками заключения этого пакта генерал Лайдонер и бывший премьер-министр Энпалу… Эстонское высшее офицерство настроено было все время против СССР, шло всецело за Лайдонером и не сочувствовало пакту. В особенности враждебно настроен кайцелит» (то есть охранные отряды)».
В то же время политический выход Германии из Эстонии и выезд десятков тысяч немцев из страны вызвали искреннюю позитивную реакцию в широких народных массах. Как отмечал К.Н. Никитин, «эстонцы выражают чувство удовлетворения по поводу отъезда немцев из Эстонии. Свое удовлетворение их отъездом они обосновывают тем, что немцы всегда в Прибалтике вели себя как завоеватели и поработители. Вместе с экономическим угнетением они несли с собой и национальное угнетение, они стремились уничтожить национальную культуру и т. п…Фашизм, который упорно прививали немцы в Эстонии и который был по нутру правящей эстонской буржуазии, взятый вместе с воспоминаниями о немцах как завоевателях, родил в эстонских широких кругах чувство ненависти. Хозяйничанье немцев и их заносчивость по отношению к эстонскому населению, угроза полным порабощением, если придет Гитлер, еще больше разжигали у эстонцев чувство ненависти к немцам».
Уход Германии породил в Эстонии надежды на перемены в стране. В рабочем классе усиливались антикапиталистические настроения. К.Н. Никитин записывал в своем дневнике, что в советско-эстонском договоре «рабочие круги, крестьянство и интеллигенция видели… предпосылку и удобный момент для борьбы с реакционным правительством за свои права. Эстонско-советский пакт и вступление советских войск на территорию Эстонии расценили по аналогии с Западной Белоруссией и Украиной. Отсюда различного рода делегации рабочих союзов: текстильщиков, деревообделочников и т. д. с просьбами о смычке с советскими профсоюзами, с жалобами на притеснение профсоюзов эстонским правительством, с жалобами на аресты и усиление режима Пятса — Лайдонера». 9 октября Союз текстильщиков Эстонии направил приветствие Советскому Союзу.
Вскоре после подписания договора с Эстонией, 2 октября, в Москве начались советско-латвийские переговоры. Во встрече с латвийской делегацией принял участие И.В. Сталин. По словам латвийского министра иностранных дел В. Мунтерса, И.В. Сталин заявил: «Прошло двадцать лет; мы окрепли, и вы окрепли. Мы хотим с вами поговорить об аэродромах и обороне. Мы не навязываем вам нашу Конституцию, органы управления, министерства, внешнюю политику, финансовую политику или экономическую систему. Наши требования диктуются войной между Германией, Францией и Великобританией. Если мы договоримся, появятся очень благоприятные условия для коммерческих договоров. Австрия, Чехословакия и Польша как государства уже исчезли с карты. Другие тоже могут исчезнуть. Договоры, заключенные в 1920 году, не могут существовать вечно». Как и в ходе советско-эстон-ских переговоров, СССР требовал размещения своих Вооруженных Сил на территории Латвии. Мунтерс добился сокращения советских войск с 40 до 30 тысяч.
Как вспоминал Мунтерс, Сталин «показал удивившие нас познания в военной области и свое искусство оперировать цифрами». Так, Сталин заметил, что «через Ирбентский пролив легко могут пройти 1500-тонные подводные лодки и обстрелять Ригу из четырехдюймовых орудий», и еще сказал: «Батареи у пролива должны находиться под одним командованием, иначе не смогут действовать… Аэродромов требуется четыре: в Лиепае, Вентспилсе, у Ирбентского пролива и на литовской границе. Вам нечего бояться. Содержите 100 000 человек. Ваши стрелки хороши, а ваша армия лучше, чем эстонская».
