В начале сентября 1915 года обязанности начальника минной дивизии П. Л. Трухачева, вывихнувшего ногу при сильной качке, Канин передал Колчаку. К нему в подчинение перешли и Морские силы Рижского залива. В то время приморский фланг немецких войск доходил до курортного местечка Кемери. Для того чтобы приостановить движение немцев к Риге, Колчак и командующий 12-й армией генерал Радко-Дмитриев разработали план совместных действий армии и флота. К этому времени неприятель уже захватил Кемери. Выполняя этот план, части 12-й армии при огневой поддержке канонерских лодок и эсминцев выбили войска противника из Кемери с большими для него потерями и приостановили наступление на Ригу. 7 октября под руководством Колчака была выполнена смелая операция по высадке морского десанта в немецкий тыл в районе мыса Домеснес (Калкасрагс). Десантный отряд навел панику на неприятеля, уничтожил роту немцев, разрушил все мосты и объекты военного назначения и благополучно вернулся на корабли. За эту операцию Колчак по представлению генерала Радко-Дмитриева был награжден Георгиевским орденом 4-й степени. Кроме того, он был удостоен ордена Владимира 3-й степени с мечами и подарка «из кабинета его императорского величества».
Вступив в должность начальника минной дивизии (а это произошло в середине ноября), Колчак задумал поставить минные заграждения у Либавы и Мемеля. 24 декабря, в сочельник, он на «Новике» в сопровождении двух таких же новых эсминцев вышел из Ревеля. Операция, однако, сорвалась. По выходе из Финского залива один из эсминцев – «Забияка» – подорвался на мине, и его, полузатопленного, пришлось буксировать обратно на базу. Это была первая неудача, постигшая Колчака на Балтике.
В январе 1916 года наступили сильные морозы, и образовавшийся толстый лед в заливах и прибрежных районах моря прервал навигацию. Балтийский флот завершил свою боевую деятельность в кампанию 1915 года с неплохим итогом. Германский флот потерял (больше всего от русских мин): броненосный крейсер, 2 легких крейсера, 7 миноносцев, 9 тральщиков, 5 сторожевых кораблей, подводную лодку, прорыватель заграждений и 26 транспортов. Потери русского флота были намного меньше: 2 канлодки, 2 минзага, 3 тральщика, подводная лодка и 5 транспортов. Совокупные потери военного и транспортного флотов составили: у Германии – 83 500 тонн, у России – 17 800 тонн.
С начала 1916 года Балтийский флот перешел в непосредственное подчинение Ставке Верховного главнокомандующего, при которой был образован Морской штаб. Командующий флотом приобретал большую свободу действий и мог по своему усмотрению использовать корабли всех классов. Главную задачу флота – защищать столицу – Ставка оставила без изменений. В то же время разработанный штабом флота по ее директиве оперативный план на кампанию 1916 года предусматривал как усиление обороны Финского залива (путем создания дополнительной минно-артиллерийской позиции по линии остров Эре – мыс Тахкона), Моонзундского и Або-Аландского районов, так и активные действия флота: продолжение минных постановок в водах и на коммуникациях противника, уничтожение его отдельных кораблей и небольших отрядов в открытых боях и расширение масштабов боевого использования подводных лодок.
Минная дивизия к 1916 году состояла из семи дивизионов, укомплектованных не полностью. В первые три входили (по мере вступления в строй) эсминцы типа «Новик», а четыре других составляли разнотипные миноносцы. По дивизиону эсминцев имели отряд судов Або-Аландской позиции и дивизион сторожевых судов. Начальник минной дивизии капитан 1-го ранга Колчак зимой находился в Ревеле, изредка выезжая в Петроград, где проживала его семья.
28 марта А. В. Колчак из Ревеля на ледоколе вышел в море. До Моонзунда его сопровождали три ледокола, затем один из них с осадкой, превышающей глубину Моонзундского морского канала, вернулся в Ревель, а два других прошли за флагманом в Рижский залив. Спустя неделю Александр Васильевич получил телеграмму от командующего Балтийским флотом, в которой сообщалось, что «высочайшим» приказом капитан 1-го ранга Колчак производится в контр-адмиралы с оставлением в должности начальника минной дивизии и командующего Морскими силами Рижского залива.
По мере освобождения от льда Рижского залива развертывались и его Морские силы: линкор «Слава», миноносцы, канонерские и подводные лодки. 23 апреля был дополнительно заминирован и загражден баржами Ирбенский пролив, а для артиллерийского прикрытия этого комбинированного заграждения на мысе Церель (Сырве) началось строительство батареи. В конце мая Морские силы Рижского залива произвели первые проверочные стрельбы по берегу. Тогда же минный заградитель «Урал» приступил к минным постановкам в Ирбенском проливе. Всего в 1916 году здесь дополнительно было поставлено около 5,5 тысяч мин. Производились работы по сооружению артиллерийских батарей на островах Эзель и Даго. Командование флота усилило морские силы Рижского залива старым линейным кораблем «Цесаревич», двумя броненосными и двумя легкими крейсерами. В Ботническом заливе было поставлено 800 мин. На Або-Аландских островах дополнительно установили 12 батарей.
Около 22 часов 31 мая отряд Трухачева находился между шведским маяком Лансорт и банкой Коппарстенарне, примерно в 50 милях к северу от острова Готланд. Впереди отряда в кильватерном строю шли три эсминца: «Новик», «Победитель» и «Гром» во главе с контр-адмиралом Колчаком. За ними, тоже в кильватерной колонне, следовали крейсера «Богатырь», «Олег» и «Рюрик», охраняемые справа и слева эсминцами 6 дивизиона (по четыре с каждой стороны). В 23 часа 23 минуты на подходе к бухте с эсминцев был обнаружен караван противника из 13 транспортов, шедших в охранении конвоя вдоль шведского берега на юг. Все суда и корабли охранения не соблюдали светомаскировку и отчетливо различались в ночной темноте.
Увеличив ход до 30 узлов, русские миноносцы быстро нагнали караван. Учитывая, что конвой был шведский, Колчак решил предупредить его двумя выстрелами. Однако шведские военные корабли не только не оставили конвоируемые суда, но и предприняли попытку атаковать русские эсминцы. В 23 часа 38 минут «Новик», «Победитель» и «Гром» по сигналу флагмана открыли залповый огонь. В итоге боя, длившегося 37 минут, противник потерял вспомогательный крейсер «Герман», два вооруженных траулера и пять транспортов. Остальные корабли и суда укрылись в шведских территориальных водах. Огонь же неприятеля был малоэффективен и никакого вреда русским эсминцам не причинил. 2 июня отряд благополучно пришел к своим берегам.
Нападение русских морских сил на конвой «нейтральной» Швеции и транспорты противника близ Норчепингской бухты произвело сильное впечатление на шведов и самих немцев и заставило на некоторое время прервать морские перевозки. В дальнейшем свои транспортные суда немцы стали сопровождать более усиленным конвоем. Блестящий же успех русских моряков еще выше поднял авторитет Колчака как боевого адмирала.
Вернувшись в Рижский залив, Колчак продолжил подготовку вверенных ему Морских сил для использования их огневой мощи против неприятеля, занимавшего юго-западное побережье залива. Получив от командования 12-й армии уточненные данные о месте сосредоточения противника на приморском участке фронта, начальник минной дивизии выделил три группы кораблей артиллерийской поддержки, определив для каждой из них огневую позицию. 19 июня по согласованию с сухопутным командованием эти группы кораблей приступили к систематическому обстрелу приморского фланга неприятеля.
